在研究所的研究期间，大蛇丸算是真正见识了索斯在这些稀奇古怪的忍术上的造诣，封印之书他也研究过了，但对于各种忍术的理解，查克拉的运用，他甚至有些地方和索斯有着相当大的差距，这让他感到震惊不已，同时既提高了警惕，也暗自觉得自己的选择没有错，果然如同自来也说的那样，索斯就是忍术上的天才。
每当研发出新的术，或者是禁术的新使用方法，他们几乎不用寻找实验体，索斯一个人就能搞定所有的问题，他几乎所有的术都是一学就会，大蛇丸为了实验这些甚至讲一些自己的独门忍术教给了索斯，包括潜影蛇手之类的术，而他也很快就学会了。
总体来说，两人的相处还算融洽，索斯并不是那种善恶观念特别强的人，他是从野蛮人社会走出来的，自然不会拥有所谓的明确的正邪观念，这一切在他眼里都不过是可以相互转化的事物罢了，所谓的善恶都会因为情势，角色的变化而转化，只有中间的那部分才是永恒的，索斯确信自己现在就处于中立状态，而大蛇丸也觉得索斯和其他人似乎有些不一样，这是个我行我素的家伙，有点儿像自来也，但他的心底绝对没有自来也那么善良，这是大蛇丸的感触，这也恰好符合他的预期，毕竟不管是出于什么目的，偷盗封印之书的人，怎么想都不可能是良善之辈，就是这样性格的两个人，合作起来还算是颇为顺利，无论是秽土转生的研究，还是对于血继限界的开发都取得了一定的成效，只是还需要更多的时间而已，在人手上也很不足，他们毕竟只是人，两个人能顾及到的方面还是少的，整个研究所如果能够拥有足够的人手，那么研究的效率将不可同日而语，但目前为止暂时是不可能了，他们不可能让别人知道他们在研究禁术，但日后还是有机会的，如果大蛇丸成了火影，那么限制就会少很多，到时候成立一个什么秘密的科研机构还是不在话下的，索斯也能看出来大蛇丸有着这样的期待，他也不说破，只是静静等待着，在他看来应该快了。
就这样又过了一年，木叶村的样子没什么变化，但整个的面貌已经焕然一新，人们仿佛都从战争的创伤中走了出来，走在大街上的时候，能够看到的是人们的笑脸，和一些陌生的旅人，虽然作为忍者村依然戒备十足，但已经不如战时那样严格管控了，这个村子正在一点点恢复起来，就如同索斯预想的那样，没有什么伤痛是时间抹不平的，所有的一切最终都将会被时间的洪流冲刷干净，或许只有这一点是永恒不变的。
但终究还是发生了出乎索斯意料之外的事情，三代火影退位震惊了整个木叶村以及周边的各大忍村和大名，但是接任的人并不是大家以为的赫赫威名的三忍之一大蛇丸，也不是其他两个纲手或自来也，相反，而是自来也的弟子，被称为金色闪光的波风水门，他接任火影的时候，还不满三十岁。
索斯能够非常明显的感受到大蛇丸的变化，如果说从前的他还只是表面上阴暗内心涉足并不深切的话，当知道消息后，再次见到大蛇丸的索斯彻底感到有些事情已经不一样了，现在的大蛇丸，给人的感觉就如同一条真正的毒蛇，潜伏在暗处，嘶嘶吐信，观察着你，随时等待毫不犹豫地出击一样，被他看着的时候，那感觉真的非常不舒服，索斯自然明白是怎么一回事，大蛇丸的话也变得更少了，而且更多的时候总是用一种阴测测的腔调说话，索斯对此没有什么意见，他是无所谓，只要研究继续就好了，只不过大蛇丸如果当不上火影的话，那么他们这个研究所多半是没办法扩大了，甚至还要提心吊胆地小心不知道什么时候，就被别人给发现了，那样的话，他们两个就都完蛋了。
好在波风水门刚刚接任火影，他的势力还没有建立，各方面的事务都需要他去处理，自来也也回到了忍村之中，索斯并不知道具体内情如何，他只知道自来也似乎找大蛇丸单独谈过话了，他或许以为自己已经成功说服了大蛇丸，接受波风水门/ei的事实，但每天在研究所里和大蛇丸呆在一起的索斯清楚，现在谁都没法劝说大蛇丸了，从第一天起，他就堕入一个索斯都不明白的深渊之中了，谁都无法涉足，只有他自己能够清楚自己在干什么，但也许这就是大蛇丸的天性吧，索斯隐隐觉得，大蛇丸和他是一样的，也许现在还有些不透彻，但迟早，迟早他会明白，他非善非恶，只是绝对中立的存在罢了。
研究所开始逐渐出现新鲜面孔，许多小孩子出现在研究所里，大蛇丸常常会一出去就是很长时间，然后带回来自己小孩子，索斯自然不会天天来照看这些自己都不知道从哪冒出来的孩子们，他们就互相自己照顾对方，索斯并没有问大蛇丸为什么带小孩子回来，他依稀记得大蛇丸最后是创立了一个新的忍者村来着，如果记得没错的话，自己并没有影响到历史的改变，大蛇丸依旧没有当上火影，那说不定这些小孩子就是未来建立忍者村的那批。
他是很分得清楚的，大蛇丸是大蛇丸，自己是自己，研究所是研究所，虽然在研究所和大蛇丸一起合作研究，但也不代表自己就完全倒向大蛇丸，他只是想在木叶安安稳稳地生活而已，所以绝不多问其他事情，以后大蛇丸如果真的有离开的念头，自己也能够脱身。
而让索斯感到兴奋的是，他们研究的新忍术已经逐