原来就在王永安率领舰队返回国内的前一个月，革命先驱黄兴奉孙逸仙之命，前往武汉准备领导武汉的起义军。
先前说过，黄兴是同盟会，而这一次领导武昌起义的是共进会，共进会充其量算是同盟会的分支，名气远没有同盟会大，甚至在胡北省内，很多人也只知道同盟会不知道共进会。
迎接黄兴的不但有起义军军官，还有冯国璋等北洋军，北洋军用大炮给黄兴好好地上了一课，什么叫做“欢迎欢迎，热烈欢迎”。
因为马如龙身体欠佳，冯国璋成为北洋军第一镇第二镇总指挥官，段祺瑞成为总参谋长，此二人下令对起义军进行炮击，炮击持续了三天，杀伤起义军战士无数。
此时黎元洪下令，为了扭转局势，起义军第四协冒着枪林弹雨向北洋军发起反冲锋，但是北洋军火力旺盛，起义军第四协协统谢元恺与统领蔡德懋相继被北洋军打死，第一标标统何锡藩临时担任指挥官，却又被击中受伤昏迷，而敢死队队长马荣、工程队队长李忠孝先后战死，第四协伤亡惨重。
起义军选拔敢死队，冲入汉口与冯国璋的北洋军死战，北洋军起初并没有进入汉口的打算，他们只是在消耗起义军的力量，然而起义军屡屡杀伤北洋士兵，引得北洋军大怒，冯国璋于是下令军队进入汉口，与起义军敢死队交战。
然而汉口街道狭小崎岖，起义军又有很多本地人支持，北洋军士兵进入之后往往被绕晕了，挨上黑枪，甚至有武汉市民瞧别人不注意偷杀北洋军士兵。
冯国璋大怒，下令火烧汉口。
革命党立即在这件事上做文章，说什么北洋军凶残，纵火焚烧汉口，还得百姓流离失所。由于北风袭来，导致汉口大火不灭，北洋军为了安全撤退，革命家趁机进入汉口，并趁机抢到了18箱银子。（国内历史学家喜欢用“抢救”这个词，在灰烬中抢救了18箱银子，也不知道这银子被火烧了之后是不是就成了灰，可能在历史学家眼中，银子都是纸做的，能随便填写。冯国璋火烧汉口的确不怎么样，但是起义军劫掠也不怎么地，为了所谓政治立场就一个劲儿地洗白，颇有现代公关公司的味道。）
黄兴的到来，让革命党士气大振，不过这时候就显示出来革命党的内部矛盾了，毕竟共进会的人少，同盟会的人多，同盟会不好意思抢夺共进会的功劳，才让共进会推荐的黎元洪成为大都督，如今黄兴这个同盟会大佬来了，于是各个同盟会代表立即推荐黄兴担任总司令。尽管共进会等人并不希望黄兴担任总司令，可是这共进会的健将在几个月内死的死伤的伤，剩下的小字辈根本说不上话，黎元洪本来就是被共进会推荐的大都督，如今共进会都闭嘴了，他也只好乖乖地让贤，由得同盟会的人来做主了。
同盟会的党员外战外行，内战内行，黄兴一当上总司令，立即宣布重新向北洋军发起攻击，不过再一次遭到北洋军的痛击。黄兴失望之极，随即巡视部队，最终得出的结果是，胡北起义军都是武汉本地人，夜间回家者甚多。他却没看到对方天上有观察气球，江上有长江舰队，北洋军一个镇有54门标准火炮，而袁世凯这次又带了两个镇到来，总计火炮数量达到216门，反观革命党不过十几门火炮，在这些日子的战斗中有多有损坏，炮弹补充不已，胡北新军士兵用刺刀拼命保卫的武汉，却被他们认为本地人不勇敢。
此时，同盟会内部已然矛盾极深，若不是袁世凯依旧准备对付朝廷，这武汉只需三日便会被攻破。
对此，同盟会认为，北洋军摄于黄兴的威名不敢前进，因此黄兴功劳甚大，应该推举黄兴担任南方革命家总司令，指挥南方所有革命军，湖北新军必须听从黄兴的指挥。
同盟会的宋教仁、蒋翊武、田桐、杨王鹏等人认为，如果推荐黄兴担任南方革命家总司令，可以集中南方各省所有力量，一举打败北洋军，推翻满清。
然而湖北本土的共进会或者文学社孙武、刘公、蔡济民、吴兆麟等人却反对，他们认为黄兴代表革命领袖，如果公然担任南方革命家总司令，凌驾于黎元洪之上，势必会让人认为黄兴只会夺权不会做事，革命党不过是一群争权夺利的小人，且恰恰因为黎元洪不是革命党，所以更要将黎元洪当做一面大旗数起来，以吸引非革命党的反清人事纷纷参加革命。而凭借黄兴的威望，日后竞选总统才是正道，此时实在不易将军队指挥权从黎元洪手中抢走，以让别人挑拨起义军内部不和。
杨王鹏大怒，正要大骂，幸好宋教仁聪明，从中周转，提出不如让黄兴担任战士总司令，管理各省前来湖北支援的部队（主力部队便是黄兴的老乡湖北湘军援军），而黎元洪担任湖北督军，指挥湖北部队（鄂军），这双方指挥军队不同，也不会有任何芥蒂。
黄兴等同盟会认为鄂军不善战，武汉久战未果便是因为湖北人的缘由，因此非常赞同这个意见，而孙武、吴兆麟等人也知道黄兴名望太大，如果不按照宋教仁的办法，真没办法安置这尊大神，于是双方达成协议，黄兴登台拜将，甚至竖起了一面七米高的大旗，上书“黄司令”三个大字，插在汉阳镇最高的楼上，好不威风。
彼时北洋军按照袁世凯的指令后撤三里，众革命党纷纷鼓噪起来，认为黄兴依靠自己的名气吓走“百万”清军，顿时士气高昂起来，扬言杀