李渊更加高兴了，又给李靖升官，任命他为岭南道抚慰大使兼桂州总管。没过多久，李靖接到随同李孝恭平定辅公祐叛乱的命令。在这场战争中，李靖已经升为二把手，早已不同往日了。
辅公祏盘踞在长江下游，虽然在名义上投降了大唐，但大唐在这里并没有太大的控制力，因此辅公祏基本处于半独立的状态。通过平息这场叛乱，辅公祏的地盘才真正掌握在大唐的手里。至此，长江流域的全部纳入大唐的控制范围。
李靖在此战役中严明军纪，安抚百姓，使江南各地迅速平定下来，成为头号功臣。李渊评价李靖，认为他比得上古代的韩信、白起、卫青、霍去病等名将。这个评价很高，而且还是出于和李靖有私仇的李渊，可见李靖无愧于大唐的“军神”“武圣”之称。
全国统一之后，北方疆域仍面临严重威胁，突厥陈兵边境，不时南下侵掠，严重干扰着大唐国内的经济建设。于是，李靖再次奉调北上，担负起抗击突厥的重任。
后来，李二利用突厥内乱的有利时机，下决心灭掉突厥。而李靖因为战功卓著，以前从事过防守突厥的任务，现在又长期驻守北方边境，对突厥事务比较熟悉，而被任命为六路大军的总指挥，全面负责这场战争。
李靖也因为这场战争，达到了他人生最辉煌的顶点。
北伐突厥取得了重大的胜利，最大的功臣是李靖和李世勣，尤其是李靖，每次都是他做正面攻击，瓦解了颉利的抵抗，对整场战争起了至关重要的作用。李二为了庆贺这场战争的胜利，下令长安放假五天，普天同庆，热烈欢迎北征将士的归来。
李二亲切接见了两位功臣，君臣三人首先进行了亲切会谈。在会上李二首先慰问了那些远征的将士，表示自己很关心他们，对他们所取得的胜利表示极大的满意，并对李靖等人的领导工作做出了充分的肯定……而李靖、李世勣则连连谦虚，表示自己能取得胜利全因为皇帝陛下的洪福齐天和英明指导，否则自己也不会胜利……愿意在陛下的领导之下，再取得佳绩。
就在君臣几人热乎劲还没过去的时候，李二突然脸色一变，说道：“下面有人弹劾你啊，李靖。说你漫无军纪，纵兵抢掠，还中饱私囊，侵吞战争财产，这个你怎么解释？”李靖做梦也没想到皇帝老儿的脸变得这么快，扑通一声，就跪在地上，口中忙称有罪，乞求饶恕。
这里我们能看出，以往的经历让李靖明白了很多道理，包括政治中的斗争和自我保存。因此，当时在玄武门之变中，李靖采取中立态度，没有支持李二。因为，在那个时候中立也是一种自保，不管最后谁输谁赢，自己都稳赚不赔，而对李二来说，别人中立，对他也是一种帮助，中立，总好过去李渊、李建成那儿告他谋反。
而现在李靖并不像以前那帮武夫那样，哭天喊地地表示自己冤枉，李靖明白这就是政治，这就是君王的御下之术，自己不要去争辩，而要表示自己的确做错了，很后悔，希望您能饶恕的态度。
这就是古代的政治。之所以会出现这种情况，不过因为四个字：功高盖主。
打仗还是需要武将的，而皇帝总是用文臣来平衡武将的势力。当一位武将立下很大战功的时候，皇帝高兴的是自己的江山安稳些了，可又会担忧这人会不会造反，枪杆子里出政权，大家谁都明白。能混到这一步的人，没一个是智商低的。只不过看你怎么对待这些。
刘邦、朱元璋采取的措施很简单，但也很有效，一个字，“杀！”这些功臣宿将都死了，当然不会再去造反，要反也是跑到地府里反去了，那就不关他们这些皇帝的事了！而以李世民、赵匡胤为代表的皇帝，则是采取温和态度对待。这两位皇帝一生基本上和自己的这些老战友过得都很愉快，大家也没闹什么别扭。
但即使是李二这样的君主，在大将立下大功的时候，还是要鞭策鞭策的，而文臣也明白这些，揣摩圣意可是一位政治家的必修课。因此每次总会在战后，出现几份弹劾报告，很明显和当时的气氛不符合，但也是那时候皇帝最喜欢看到的东西。
李二很严厉地批评李靖，李靖一直在那儿认错，其实大家都在演戏，心里也明白这是怎么回事，但该走的过场还是要走的。最后，皇帝表示，你看你立下这么大功劳，但也犯下这么多的罪，本来是不能当这个官的，但我知道你的为人，你也不是有心的，所以还是升了你的官，以后自己多注意点啊！不能每次都让我维护你吧，有时候我也很为难的……反正就是让你感恩戴德，自己卖命换来的东西，只是皇帝施舍给你的纪念品。碰上不明了的武将当然对文臣恨之入骨，不过这正是皇帝喜欢看到的；碰上明白的，像李靖这样的，以后做什么事尽量小心翼翼，不能让自己没个善终。
事后，李靖被封为代国公，接替死去的杜如晦担任尚书右仆射。
李世勣则被李二任命为并州大都督，负责镇守北方边境。
谁留在外，谁留在身边，看来李二心里还是有数的！
李靖的功绩大概罗列下他最大的四次军功，每次都至关重要，可以说成败可以影响到历史的发展。
第一次，大破地方割据势力萧铣，并擒萧铣到长安。
第二次，大