鲍超解决了驻守集贤关外赤岗岭的刘玱琳部，接下来曾国荃就该表现了，他决定解决菱湖北岸的太平军十三垒和南岸五垒，这里有陈玉成留下的一万人。
而菱湖北岸十三垒与南岸五垒互通声气，南岸五垒又与安庆北门石垒互为犄角，相互声援，这条垒链，安庆与外界最后的交通线和补给线，曾国荃有两万人，他决定主动进攻，不仅要干掉菱湖南岸和北岸的堡垒，还要拿下安庆北门，尽早拿下安庆。
曾国荃的作战计划得到了曾国藩的支持，他下令杨载福的水师全力配合曾国荃，封锁菱湖湖面。
对付太平军的连环守垒法，曾国荃决定还是用老办法：挖壕沟，打硬仗。
曾国荃一边命吉字营日夜施工，开挖内外两条深壕，将北岸十三垒包围隔离，一边将营垒延伸到安庆北门，切断安庆城内外的联系，以便将城外十八垒各个击破。
曾国荃的吉字营战斗力也很强，而且人数上有优势，经过两天一夜的大战，菱湖南岸五垒太平军伤亡过半，便被迫撤到安庆城内，菱湖北岸十三垒的数千太平军更加孤立，加上弹尽粮绝，处境十分艰难。
北岸十三垒中的太平军已经得知赤岗岭上惨无人道的大屠杀，他们唯一的活路就是突围出营垒，陆路已经被曾铁桶的湘军封锁，他们只有游过菱湖跑回安庆城里。
此时正是初夏时节，安徽也没什么工业污染，菱湖的湖面澄清平静，看起来水也不深，水里面丛丛菱叶随波起，一些会水的太平军盼望着能快些游到对岸逃生。
那天风高月黑，太平军悄悄跑出石垒，准备游到安庆城里。但好几千人的集体夜游，动静可不小，有一些士兵来自广西山区，根本不熟悉水性，跳进湖里咕咚几下就沉底了，大喊救命。
刚开始，有一些太平军士兵假装是鸭子在叫，但很快，湘军的水师巡逻队就发现异常。
早就接到曾国藩手令的杨载福下令：“马上开炮！”
“轰隆隆！”
顿时，湖面上便立即就响起隆隆的炮声，炸雷一般，可怜在湖水中奋力游动的太平军都成了湘军水师大炮的移动靶，水面上登时漂起密密麻麻的尸体，迷茫的夜色中隐约可见湖面上泛着血腥的红色。不少尸体浮到水面上，跟被炸死的鱼儿一眼漂浮。
曾国荃接到杨载福派人送来的情报，知道石垒里的太平军很多已经跑了，他马上下令吉字营发动强攻，“一举聚歼北岸十三垒的长毛贼“。
“杀！”在湘军吉字营的强攻下，正准备接着跳水的几千名太平军，被湖中那些漂荡的同伴们的尸体摧毁了抵抗意志和侥幸逃生的念头，纷纷向湘军缴械投降。
一下子俘虏了三四千人，全部杀掉的话，曾国荃也是读书明理的人，内心一下子无法接受。曾国荃不知道怎么办才好，毕竟几千人一顿饭就要吃掉很多军粮，而且杀人越货是土匪的勾当，他写信请示曾国藩杀还是不杀。
曾国藩此时的大营里也已经快没军粮了，他回信说：“你为大将，现已独立带兵，自然要以杀贼为志，何惧杀人多？切勿因为一时之仁，坏了拿下安庆的大事。”
曾国荃恼怒这些太平军见了棺材才落泪，又得到了曾国藩的明确指示，于是照搬鲍超对待赤岗岭太平军的做法，将这几千名太平军集体杀害，一时间安庆城外冤魂遍野。
夕阳西下，残阳如血，盛夏的风都是酷热的。
这是曾国荃第一次杀这么多的俘虏，看着太平俘虏一个个如被砍头，血流成河，他也感觉很无奈，大热天的，额头上却直冒冷汗，感叹“天地不仁以万物为刍狗”。
晚上，曾国荃还做起了噩梦，他只好用做大事来安慰自己，毕竟拿下安庆才是他的大事。
安庆城里的太平军见投降不成，更加拼命守城，太平军安庆守将叶芸莱在安庆城北门外增加三垒，对阵曾国荃部。
但是，菱湖北岸十三垒被摧毁后，一万将士含冤而死，陈玉成带着六千人的队伍还被多隆阿一路追杀，狼狈不堪。无法回救安庆，安庆北门便成了安庆最后一道屏障，也是双方争夺的最后焦点。
太平军见曾国荃的湘军杀俘如麻，一个个死战，曾国荃的吉字营久攻不下，伤亡也很大，很是郁闷烦躁。
就在双方僵持不下的关键时刻，一个叫做孙云锦的桐城读书人向他献计，说有一个计谋可以保证攻破安庆北门。
“带他来见本帅！”曾国荃命亲兵将孙云锦带来大帐之中。
“曾大帅，久仰大名。孙某特来道贺！”孙云锦一身青衫，见了曾国荃，不卑不亢地说。
“道贺？本帅何喜之有？”曾国荃问道。
孙云锦说：“将军攻下安庆，指日可待。”
曾国荃道：“拿下安庆?还是拿下安庆北门再说吧。快说，你有何妙计拿下北门？如果有效，本帅就赏你五百两白银！若是浪费时间，就休怪军法处置。”
“我不要你一分钱。只要你答应我一件事。若不然，我宁死不会说的。”孙云锦大义凛然地回答。
“好！”曾国荃道：“难得你不贪财，看来还真是个读书人。说吧，有什么条件？”
孙云锦说：“要你保程学启和安庆百姓的性命。他们都是无辜的，受长毛胁迫，城里已经没有粮食，人吃人的事情都发生了。将军要是攻入安庆，切勿伤害百姓。”
曾国荃说：“这个自然。湘军一向爱民如子，对