崇祯五年三月十二，官军开始对黄县发动总攻，官军冒着城头火炮，开始了惨烈的攻城战，城头箭雨如飞蝗攻城的官军纷纷中箭倒地，惨叫呼喝声弥漫了整个战场，官军扛着云梯，冲上城头和叛军展开激烈的肉搏战！
在官军的拼死掩护下，攻城车终于靠近了城门，只听“轰”的一声城门被炸开一个缺口，官军欢呼声一片，不用下令看到的官军纷纷朝着城门杀去。城门失陷叛军顿时不能阻挡，黄县终于被攻破了，官军乘势攻入城内，叛军顿时大败。是役官军击败叛军，斩获首级一万三千，俘虏八百，逃亡以及坠海死去的贼兵大约有上万人。
城门被破时，李九成见事不妙，率先一步领着本部人马出城，官军来不及阻拦，刘九成就带人朝着登州方向逃跑了！
官军攻破黄县，登州方向再也没有稍大的城池可依，仅仅剩下一座登州城，由于登州城城高墙厚难以攻破，而且城中还有为数众多的大炮以及西洋炮，朱大典不得不暂停脚步等待援军到来。