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南下的船队全军覆没，任思齐知道再在扬州逗留下去也没有任何意义，必须得尽快撤退了。
现在北面淮安的刘泽清还打着大明的旗号，一旦刘泽清部降清，那么想从运盐河向东安然撤退也不可能了。
于是任思齐当即下令，开放东面城门水门，组织百姓们过河。
此刻督师史可法全军覆没的消息已经在城中传开，南京被清军攻破，现在的扬州数面受敌，是真的守不住了。大部分的百姓们开始响应官府的号召，着手撤出扬州。肃虏侯幕府组织的宣传队日日宣扬清军的残暴，听闻西路清军攻破芜湖时因为靖国公黄得功的抵抗，满酋阿济格下令屠戮了芜湖城，数万百姓被清军残杀。现在扬州抵抗了这么多时日，清兵肯定不会放过城内之人！家园房屋固然重要，可是要是命都没了要这房屋何用？
尽管满满的对家乡不舍，大多数百姓还是在沈廷扬李彦直等人的组织下，开始了撤离扬州。可是哪能说撤就撤啊，家里那么多东西怎么办？对普通百姓来说，破家值万贯，扔掉什么都不舍得，这使得撤退的速度极为缓慢，半日的功夫撤出扬州过运河的才数千人。
沈廷扬带着宣传队员们亲自上门规劝，劝说百姓们仅带金银细软粮食等离开，其他不必要的东西就留下吧，如此撤退的速度才快了起来。
可是离开家乡前途渺茫，很多百姓甚至都不知道该撤往何方，因为这么多人岱山军根本就没法安排，也没有地方安排。沈廷扬等人是这样告诉百姓们的，让他们先撤出扬州，随便找个地方安置下来，先躲过清军的屠杀再说，以后他们可以自行选择自己的去处，就是再回扬州也任由他们。
于是这些百姓们有亲的投亲，有友的投友，过了运河之后各自散去，实在没地方去的随便找个河岔僻静处安顿下来，好在到了夏日，旷野中河道密布，随便抓些鱼虾也不至于饿死，以后怎么办以后再说。
也有一些百姓宁死不愿离开自己的家，他们的房屋，他们的店铺，他们的一切都在这里，失去了这一切和死了又有什么两样？清兵来了又怎么样，他们不需要人帮他们种粮纳税吗？只要自己完全不反抗，跪地投降，清兵应该会放自己一条生路吧！抱着这种想法的百姓不在少数，任凭沈廷扬等人如何规劝就是不听，劝的多了还破口大骂，口口声称若不是肃虏侯部下杀了那么多清兵，若是官府在清兵到来时大家都不抵抗，开门投降，清兵肯定会放过大伙的。投降清兵的城池多了，也没听清兵屠杀了多少？你岱山军既然没本事守住扬州，一开始就不要到扬州来！
这些百姓不知好歹的话惹得随行的岱山军士兵勃然大怒，拔出武器就要教训这些百姓，却被沈廷扬苦笑着阻止了。
现在既然选择了撤退，既然岱山军没有办法安置好这八十万人，原先以家庭为单位成立的乡兵就只有解散了。六万多乡兵轰然解散，除了一些死心塌地跟着岱山军走的以外，其他的乡兵都随着自己的家庭撤离了扬州。
对此任思齐以及肃虏侯幕府众人根本没有任何办法，每个乡兵都有自己的家庭，他们根本不可能抛弃家庭选择跟随岱山军。而岱山军又安置不了这么多人，也就只能眼睁睁的看着他们离开了。
新募的弓兵营倒是没有解散，弓兵营中的士兵都是出身扬州码头扛活的苦力，这部分人的身体素质是很棒的，任思齐许诺他们会妥善安置他们的家庭，使得他们安然留在了军中。
这次撤退，跟随岱山军撤到崇明岛的百姓约有十万余人，已经是崇明岛能安置的极限。这十万百姓多数是加入岱山军的士兵的家属，还有就是扬州的上千户工匠及家人。另外就是隶属于扬州府县的吏员差役及家人，整座扬州城府县所属吏员差役足有七八百人，连同他们的家人也有一两万人。不管是吏员还是差役，都是一些人精，自然看到岱山军撤走后扬州已经呆不下去，便一个个的求到了沈廷扬、李彦直面前。在这一个月的守城中，多亏了这些人的协助，才能有效的组织百姓们协助守城，现在对他们的请求自然不好意思置之不理。而且这帮人大都识字，很多人精通刑法律令税收，是管理百姓们急需的人才。当然其中充斥着大量的贪婪无耻狡诈之辈，可是人无完人，只要能人尽其用并加以管束，将是岱山军管理百姓强大助力！
扬州城内的大撤退很快引起了清军大营的注意，知道了城中的明军要撤退，多铎当即下令进行攻城。北面的水军刚被岱山水军歼灭，南面的船队数量太少，根本没法干扰城中百姓通过运河撤退，也只有攻城一途。寄希望明军撤退之际人心慌乱，好趁乱拿下扬州。
三十门红衣大炮开始炮击扬州，这次他们的目标并不是城墙，而是尽量往扬州城内攻击。
在一个月的守城战中，双方的火炮连日对轰，清军的红衣大炮数量多，城头明军红衣大炮有居高临下的优势，在双方的对攻中炮手均死伤惨重。后来任思齐多次组织士兵偷袭清军炮兵阵地，逼得清军不得不把炮兵阵地后移，移到距离城墙五里之处，这里几乎是红衣大炮能攻击的最远距离，双方这才消停了下来。
在大炮的掩护下，数万绿营兵抬着云梯往城墙走去，然而迎接他们的是城头明