4月29日，刘秀封孔子的后代孔志为褒成侯。
4月，邛谷王任贵派遣使者入京，贡献三年之计，被刘秀封为越巂太守。
9月，贾丹杀死卢芳的部将尹由来降。
本年，刘秀下诏：益、凉二州奴婢，自建武8年以来自讼在所官，一律免为庶人。卖者无还值。
西域是汉武大帝刘彻发现的，但是真正全盘接管的是汉宣帝刘询。bc60年，刘询设置西域都护，算是将西域正式纳入汉朝的管辖范围。但王莽篡汉，天下大乱。西域从此脱离。16年，最后一任西域都护李崇被焉耆等国赶出去后，到本年已22年之久了。现在刘秀认为：东汉王朝刚经历了大规模内战，天下刚刚安定，但国力已经萎缩，无法伸展到西域。这西域都护一职还是取消算了。
不设都护，等于把西域拱手让给匈奴。这下西域诸国就不干了！莎车王贤、鄯善王安两国最先向东汉王朝遣使奉献。强烈要求刘秀再设都护，打理西域。他们认为：西域诸国没了汉朝支持，国将不国，国民幸福指数正迅速下降，民怨遮道。为西域诸国着想，请刘秀您还是不要犹豫了，尽快出兵吧…
刘秀这辈子，从不轻言放弃。但在西域这个问题上，他真的是无能为力了。当他看着西域诸国的使者，带着贵重的财物，千里迢迢前来拜见时，心里都不由得替自己悲凉了。但最后，刘秀还是拒绝了莎车、鄯善两国重设西域都护的请求。
建武15年（39）1月23日，大司徒韩歆罢官。汝南太守欧阳歙被任命为大司徒。韩歆担任大司徒仅仅两年不到，好直言，无隐讳，指天画地，常常惹得刘秀动怒。罢官之后，刘秀仍不罢休，派使者宣诏切责。韩歆悲愤自杀，其子韩婴也自杀。天下人为之呼冤，刘秀这才感悟，下令追赐钱谷，厚葬之。
1月，建义大将军朱祜罢免，以列侯奉朝请。
2月，因匈奴屡屡侵犯，刘秀也只得命吴汉率马成、马武等将北击匈奴。然后将雁门、代、上谷三郡的官吏百姓六万余人全部迁徙至代郡常山关、上谷郡居庸关以东，以避胡寇。匈奴人则随之进入长城之内。朝廷患之，但也无可奈何。
4月，刘秀将自己的10个儿子全部封为公爵：右翊公刘辅、楚公刘英、东海公刘阳、济南公刘康、东平公刘苍、淮阳公刘延、山阳公刘荆、临淮公刘衡、左翊公刘焉、琅邪公刘京。几天后，追封自己的大哥刘縯为齐武公、二哥刘仲为鲁哀公。对大哥刘縯留下的刘章、刘兴两个孤儿，刘秀则尽心培养，恩爱甚笃。先任命刘章为py县令、刘兴为缑氏县令。后从县令进为郡太守：刘章为梁郡太守、刘兴为弘农太守。
6月25日，刘秀下令设置屯骑、长水、射声三校尉官。改青巾左校尉为越骑校尉。
因天下垦田多不以实自占，户口、年纪也互有增减，6月，刘秀颁布了东汉历史上著名的‘度田令’命天下州郡详细检核垦田亩数、户口年纪。这顿时引发了天下骚动！刺史、太守们多以度田为名，聚民田中，把百姓们的房屋、里落，都作为田地来丈量。而对地方豪强们，这些官员又都是另一副嘴脸，毫不顾问。
各州郡陆续上报度田结果。兖州陈留郡的吏牍中却有一纸夹入，上面只有两句话13个字“颍川、弘农可问。hn南阳不可问”刘秀询问此纸从何而来？吏人回答“在长寿街上捡到，误嫁入牍中”刘秀又疑又怒。这时刘秀第四子（阴丽华所生长子）12岁的刘阳在旁进言“hn是帝都所在，多近臣。南阳是父皇家乡所在，多近亲。若有田宅逾制，此二郡太守定不敢细问，故有是语”刘秀大悟，命虎贲中郎将对该吏人再行诘问，吏人无从抵赖，只好实话实说，所答便如刘阳所说。
刘秀一方面派谒者巡行天下，纠察二千石长吏，实地钩考，不得徇私。另一方面又对自己与心中女神阴丽华所生的这个爱情结晶宠爱有加，渐渐有了改立太子之意…
11月1日，大司徒欧阳歙被查出“度田不实，受赃千余万”下狱论死。欧阳家是世代《尚书》博士，到欧阳歙已是第八代了，在天下儒生中享有极高声望。但哪怕有千余名儒生集体为欧阳歙求情，甚至有自髡剔者。还有一年仅17岁、叫礼震的儒生甘愿代欧阳歙而死。刘秀都绝不容情，欧阳歙最后死在狱中。
12月17日，关内侯戴涉被任命为大司徒。但戴涉最后也下狱而死！作为百官之首的大司徒，接连三任都被刘秀搞死：韩歆做了2年不到、欧阳歙做了9个多月、戴涉做了4年多…这不能不成为光武皇帝刘秀生涯中的一大污点！
12月，卢芳离开匈奴，入居代郡高柳县。
本年，虎牙大将军盖延去世。
本年，骠骑大将军杜茂因手下军吏冤杀无辜，被连坐免职。由马成代杜茂守边，骑都尉张堪代领茂营，匈奴人听说杜茂去职，乘隙来犯，却在高柳县被张堪击败。随后，刘秀任命张堪为渔阳太守。匈奴高柳被挫之后，竟发万骑来打渔阳郡，结果又被张堪大败。张堪在郡八年，匈奴不敢犯塞。劝民耕稼，以致殷富。有民谣歌颂张堪“桑无附枝，麦穗两歧。张君为政，乐不可支”