之后的事情，就是尼奥回到矩阵中，去拜访一位先知，结果中途遭到了袭击，墨菲斯为了救援尼奥，身陷囹圄，让尼奥安然回到了现实中。
之后尼奥鼓起勇气，带着阿尔托利亚饰演的崔妮蒂，再次回到矩阵，打败了黑衣人，救出了墨菲斯。
嗯，最后的镜头之下，是尼奥穿着一身风衣，缓步走进一个电话亭，拿起话筒，说道：“我知道你们在这儿，我现在能感觉到你们，我知道你们很恐惧，你们恐惧我们，你们害怕改变，我不知道未来，我来这里不是来告诉你们，这一切是怎么快要结束的，……一个任何事物都是可能的，可接受的，不会坏灭的，充满一切可能性的世界。我们从那里而来，回到那里去。这是个选择，我留给你们去决定。”