黄篇（漫画4——7卷）
故事舞台：关东地区
故事梗概：
两年后，神秘的训练师小黄来到了因为小赤失踪而骚动不安的大木研究所。小黄一路追寻小赤的消息，不了以渡为首的关东四天王出现在她的面前，在深红岛战役中，小黄最终粉碎了四天王的野心。
具体时间轴：
两年后。
事件一：小赤收到了来自关东四天王之一，志霸的挑战书。
事件二：小赤来到了月见山，与志霸战斗。四天王的科拿和橘子邀请他加入队伍，小赤拒绝，便被三打一整个人冻在了月见山的山底。唯有皮卡丘逃了出来。
事件三：一个月后，皮卡丘伤痕累累的跑回大木研究所。同时草帽训练家小黄（11岁）来到了这里，初始精灵是小拉达和嘟嘟，接手了小赤的精灵图鉴和皮卡丘，宣言要找到失踪的小赤。
事件四：小黄在常磐森林遇到了观察精灵的正辉，并在这里遭到了科拿的袭击。
能力曝光：小黄拥有感知精灵想法并治愈精灵的力量——出生在常磐市的人，每隔十几年就会有人拥有这样的力量。
事件五：小黄从常磐市逃到了彩虹市，在那里遇到了假扮小赤的理科少年的袭击。途中小霞小刚夏伯莉佳都赶来帮助，引出了关东四天王之一的橘子。
事件六：小绿出面解决了橘子的鬼斯，小黄跟着小绿开始学习战斗的技巧。临走前，得到了小刚的隆隆石和小霞的菊石兽。
事件七：小黄特训中，捕捉了绿毛虫。
事件八：小拉达进化成了拉达，小黄不愿意让自己的精灵进化，从此，每次精灵要进化的时候，她都会按取消键取消精灵的进化。
事件九：小黄离开了小绿，来到了枯叶市的圣安奴号，在那里击退了火箭队的残余分子。
事件八：小黄得知当年小赤的蚊香蛙之所以会进化，是因为枯叶市的海底有着可以无限使用的进化石。小黄潜入海底探索，却发现可以无限进化的火之石，水之石，雷之石已经被拿走了。
事件九：小蓝为了搜寻小赤的下落来到了正辉家，但中途却被四天王的精灵军团袭击，线索全灭。
事件十：小黄为了渡海，参加了哈克龙为奖品的大赛。但四天王首领的渡却出现接手了哈克龙。
事件十一：皮卡丘就这样学会了冲浪，小黄用皮卡丘追击渡，对他使用十万伏特，渡暂时撤退。
事件十二：小刚在月见山发现了小赤的冰雕，但冰雕里早已经没有了人。
事件十三：小黄用冲浪来到了红莲岛，遇到了夏伯。同时四天王的军队开始袭击关东地区。
事件十四：夏伯调查到了四天王的隐藏地，准备和小黄一起趁军队袭击关东地区的时候对总部发动突袭。
事件十五：小绿赶到红莲岛，小蓝和正辉赶到红莲岛，与此同时火箭队的三干部，马志士，娜姿，阿桔也赶到红莲岛。兵分四路前进。
事件十六：阿桔和小绿遇到了橘子，激战后将其打败。
事件十七：娜姿和小娜遇到了科拿，激战后将其打败。
事件十八：马志士和正辉遇到了志霸，激战后精疲力尽，此时小赤赶到。
事件十九：小黄是女孩这件事暴露。
事件二十：小黄和夏伯遇到了渡，并与之开始激战。
事件二十一：夏伯使用了超梦，一开始占上风，但迫于时间限制最后败给了渡。
事件二十二：回忆杀，小黄是小蓝派过来的。同时，小黄是小赤三年前救的一个女孩子，小黄的小拉达就是小赤给她的。
事件二十三：小赤与志霸战斗，小赤用三个可以无限使用的进化石让伊布改变形态战斗从而获得了胜利。
事件二十四：小黄与渡战斗，面临危机，此时赶来的坂木老人出手相助，之前救了小赤的人就是他。
事件二十五：坂木与渡对战，打败了渡。但渡却巧妙的利用坂木身上的徽章凑齐了八个徽章召唤出了洛奇亚。
事件二十六：渡的目的便是要利用洛奇亚的力量解放精灵，创造出只属于精灵的美好世界，准备捕捉洛奇亚。
事件二十七：小黄为了阻止渡需要更强大的力量，感受到她心意的精灵们纷纷因为进化多次的取消直接进化成了最终形态。嘟嘟进化成嘟嘟利，隆隆石进化成隆隆岩，菊石兽进化成多刺菊石兽，绿毛虫进化成铁甲蛹进化成巴大蝴。
事件二十八：小赤，小绿，小蓝三人会和，三人将力量传给了小黄，皮卡丘使出了一百万伏特打败了渡。
事件二十九：坂木老人再度失踪，其余的火箭队三干部重新回来到了各自的道馆工作。四天王事件由此结束。
小黄的队伍：皮卡丘，拉达，嘟嘟利，隆隆岩，多刺菊石兽，巴大蝴。