9月3日。
美国西海岸（加利福尼亚州外海）人工岛城市·学芸都市。
白天——
因为学院都市组织的广域社会调查的活动，御坂美琴、白井黑子、初春饰利、佐天泪子四人来到了美国的学芸都市。
四人在岛上与白人女导演毕芭利·希斯露相识。
从海中突然出现的一架奇异的飞行器与学芸都市的空中防卫队“拉碧塞飞行队”进行战斗，美琴在其中使用能力保护普通游客。
奇异的飞行器在战斗中被击毁。
晚上——
对白天的事件充满疑问的美琴决定去探索学芸都市的秘密。
美琴以及偶然跟着她的佐天两人潜入到了影视设施“largelaunc毁飞行器“云海之蛇”的残骸。
两人在设施内部遭遇“工作人员”奥莉弗·赫丽德，不过奥莉弗却遵照上层的指示将两人放走。
9月4日。
白天——
在宾馆内的美琴一早就受到白井黑子（穿着学院都市特制泳衣）的骚扰。
独自在外面的佐天泪子被“云海之蛇”的驾驶员席琪桃尔抓住，受到她的威胁而去商店买泳衣。
买泳衣途中的佐天与毕芭利·希斯露偶遇，最后在毕芭利的推荐下，佐天给席琪桃尔买了一件非常显眼的宝石比基尼。
“云海之蛇”再次袭来，席琪桃尔的同僚托琪托莉出现并将席琪桃尔带回。
晚上——
美琴、黑子、白井三人品尝着晚饭后的甜点。
带着对一系列事件的疑问，佐天泪子决定重回“largelauncbr>佐天刚要窥探到设施内部隐藏区域的时候就被“工作人员”奥莉弗逮住。
9月5日
白天——
因为担心彻夜未归的佐天安危，美琴三人在拥有“读心能力”的风纪委员帮助下得知了佐天的去向。
奥莉弗在上层的指示下准备将佐天泪子秘密“处理掉”。
在最危急时刻下的佐天被乘坐“云海之蛇”而来的席琪桃尔所救，并告知佐天自己隶属的组织（有翼者的归还）即将利用“太阳之蛇（魔法兵器）”发动对学芸都市的毁滅性打击。
晚上——
安然回到宾馆的佐天在自己的房间休息，并将自己的所见所闻告知给了三人。
奥莉弗·赫丽德带领特种兵突袭了佐天的房间，不过却被美琴和白井击溃。
在美琴的请求下，奥莉弗答应疏散滞留在学芸都市的全部游客。
学芸都市的高层“经营团队”五人受到了亚雷斯塔的警告。
9月6日。
避难警报拉响，学芸都市的游客开始登上大型救生艇“红鲑”上逃亡。
学芸都市“拉碧塞飞行队”与“有翼者的归还”展开全面战斗，美琴和白井两人则准备击毁“太阳之蛇”。
在美琴与黑子的攻击下，从天空俯冲而来的三架“太阳之蛇”被毁，但最后也是最具破坏力的第四架“太阳之蛇”却从天而降。
在乘坐“云海之蛇”席琪桃尔的攻击下，美琴与被击晕的黑子困在了一架处于下落中的“太阳之蛇”残骸上面。
通过发动能力对水分子的操控，美琴成功的制造出了一对“水之翼”，并带着白井脱离险境。
在空中的美琴追上席琪桃尔以及最后一架“太阳之蛇”，两人随即展开激战。
在美琴一击漂亮的“超电磁炮”攻击下，最后一架“太阳之蛇”开始解体。
“太阳之蛇”所落下的残骸致使身处地面的佐天泪子陷入危险，席琪桃尔见状则驾驶着“云海之蛇”赶去营救。
在佐天的恳求下，席琪桃尔放弃任务，和自己的同僚托琪托莉前去阻止其他同僚攻击救生艇“红鲑”的行动。
战斗结束后的美琴四人乘坐飞机离开了学芸都市。
不知何时，席琪桃尔与托琪托莉准备前往组织（有翼者的归还）的审判庭，接受组织对两人的审判。
9月8日
上午——
英国·伦敦·圣乔治大教堂（英国清教“必要之恶教会”根据地）
英国清教第零圣堂区“必要之恶教会”最高主教——萝拉·斯图亚特告知史提尔，亚雷斯塔所著的一本魔法原典“法之书”以及能破解此书的罗马正教修女奥索拉·阿奎纳被日本本土教派天草式十字凄教所劫走。另外，原担任此教派的女教皇神裂也不知所踪。
下午——
日本·东京·学院都市第七学区
茵蒂克丝在与土御门舞夏的谈话时被史提尔带走，并留下字条要上条前往都市外面的废弃剧院‘薄明座’遗址。
学院都市外部区域
在‘薄明座’遗址的史提尔以及茵蒂克丝两人与罗马正教派遣支援的修女雅妮丝·桑提斯相见。
上条带着在路上偶然结识的脱线修女奥索拉·阿奎纳赶往‘薄明座’遗址。
在遗址中的众人相见，不过奥索拉·阿奎纳却被突然出现的天草式劫走。
黄昏——
二十一名英国骑士派的骑士秘密登陆日本海岸，但一上岸时就遭到了神裂火织毁滅性打击，全员被击晕，土御门随后赶来善后。
晚上——
雅妮丝·桑提斯带领自己的罗马正教修女部队“雅妮丝部队”进行整备，准备与上条等人突袭天草式要前往的特殊移动魔法“缩图巡礼”的“涡点”，解救奥索拉·阿奎纳。
晚上十一点，营救计划正式开始，众人来到某游乐园内与天草式十字凄教进行战斗。
战斗中，上条救出