紫苑镇中，一名少女正在神奇宝贝中心大发雷霆……
“所以说为什么不阻止哥哥？”少女对着神奇宝贝中心的通讯电话大吼道。
电话的另一头传来了温婉而弱气的声音：“可、可是……孝三郎他说……”
“他说什么话妈妈你就信什么吗？”听道自己母亲的回答，少女气不打一处来的怒道：“三年前就是因为他自作主张才害得……害得哥哥他变成这样子。你还嫌哥哥被他害得不够惨吗？”
“够了，我会自己去找哥哥的。妈妈一个人呆在家里听那个男人的鬼话好了！只要你不要把我的行踪暴露给他，其余什么的我都不管了！”甩下这句话，还不等母亲回答，少女就十分暴力的挂断了电话。
看到这里也知道了，这个少女就是真维的妹妹爱莉了。而被挂掉电话的那个女人自然也就是真维在这个世界上的母亲华代子了。显然现在爱莉对自己的母亲很不满，这是为什么呢？
自从三年前在病床边，爱莉和其母亲被医生告知了真维不仅丧失了所有的记忆，甚至还会出现记忆障碍时，爱莉才知道眼前一直对待自己和妈妈很温柔的男人的真实面目是多么可憎！
哥哥由我来保护就够了！
爱莉在病床前默默起誓后，不顾妈妈的反对独自一个人开始了旅行。没有初始小精灵的爱莉直到出了家门才知道，这个世界的天空不一定那么蓝，云也不一定这么白。
好在可能是遗传原因，爱莉也拥有着一部分异于常人的能力，再一番奋斗后被火箭队找了上来，加入后很快了成为小队长。
年幼的自己曾以为获得了与父亲抗衡的能力，而在组织里呆的越久越加发现，那个男人的阴谋竟然席卷近乎整个世界！
无法抵抗的少女，三年来最大的愿望就是带着自己的哥哥和母亲远走高飞，然而哥哥长时间处于休眠状态，母亲因为听信那个男人的鬼话而不赞同自己的意见。
力量啊！归根究底还是太弱小了！
少女在心中暗自叹息，花了这么长的时间都没找到哥哥的行踪，不知道会不会已经到金黄市了。如果还没到的话，一定要阻止哥哥才行，绝对不能让他见到那个女人，否则一切又将跟着那个男人的步调走了。
这样想着的爱莉重新燃起了斗志，准备继续自己的寻亲之旅。怎料……
今日的神奇宝贝中心可真是喧嚣，这大概是所有还在神奇宝贝中心休息的训练家们的共同心声吧。
在爱莉准备离开时，神奇宝贝中心突然闯进了两个不速之客……
“所以说你有完没完，不要再跟着我了。”这时爱莉突然听到了自己十分怀念的声音，但是其语气却不像自己的记忆那般。
“你破坏了我的演出，怎么可能就这么算了。”说话的人是一个粉发的美少女，能让真维感到这么烦躁的少女也就只有华蓝市三姐妹之一的牡丹无疑了。
“都说了那不关我的事情，你就不能晚几天再演出吗？”真维也是被这个疯女人给缠怕了，一副只找茬不打算解决问题的态度，果然女人啊……
“不能。我这一次出来旅行可是有重要事情的。”牡丹出人意料的坚决。
“你旅行还能有什么重要事情啊？明明连一个合格的训练家都不是。”真维可谓是怕什么来什么，本来之前听说她出来旅行也没太在意，心想别碰上就行，碰上了躲着走总行吧。没想到出门忘了看黄历，烦啥碰啥。
“要不是为了找……你说我不是一个合格的训练家，我要和你进行小精灵对战！你赢了我就放你走！”牡丹话出一半突然想起了什么，连忙又开始扯起了真维的话茬。
“可我真没办法和你打啊！”真维那是一个郁闷啊，这个女人说了半天又把话绕回去了。总而言之就是要打一场，要是平时也就算了，可是现在是真不能打啊！
究竟是怎么一回事呢？
自从昨天发生了那么多事儿以后，见到天色已晚真维只好在那个鬼地方呆了一晚。当然不可能是去发电厂那里过夜，对臭臭泥印象犹新的真维坚决不同意再去那个地方。
最后圣代和真维以及病号马志士在那里随意搭建了个帐篷过夜，第二天起来后发现马志士已经不见了。
圣代和真维也只是感叹一句，又匆匆的继续了旅行。托了系统地图的帮助，真维发现原来翻过眼前这座山就能到达紫苑镇了，所以当天真维决定翻越这座山，还引来了圣代的各种抗议。
原本真维和圣代是用不着那么麻烦的，但是好巧不巧的是可以直接通往紫苑镇的岩山隧道不知道什么原因发生了坍塌，居然堵住了整个洞口。无奈之下才不得不选择翻山越岭这样的高消耗运动。
不过由于真维不能用装备飞跃，身上也没有什么飞行系小精灵……哦有一个却不能用。不过想起闪电鸟身上钢钉般的羽毛，想必就算能用真维也不会选择的吧。另一方面由于圣代的体力不佳等问题，结果竟然花了一天一夜才成功到达紫苑镇。
而好巧不巧的是，刚进这个小城镇真维就发现自己和圣代走散了。由于之前在与闪电鸟一战中，受伤的小精灵不少。所以真维这两天也都将他们交给了圣代进行保管并治疗，哪里想到刚走出大山小精灵没了，妹纸也没了。
万分无奈之下，真维只能在镇里一个个人去寻找，结果一个好心的镇民建议下，真维来到了前身为神奇宝贝塔，现以改