次日，段思廉留下赵拴柱与吴信、罗大刚二人暂居襄陵，与女儿赶到郡城，直入郡衙面见讨捕大使樊子盖，不及寒暄便问道：“汾水北岸焚村坑降之事，可是樊公所为？”
樊子盖见段思廉一上来便责问自己，心中有气，也不客气地回道：“正是。..流贼混杂民间，怙恶难悛，非行此酷法不能殄灭遗类，斩草除根。汤公至此便出言责问，莫非欲为反贼张目否？”
为反贼张目，好大的帽子。段思廉却不为所动，道：“流贼为乱，皆因不堪徭役之重，逃亡山野，聚而为盗之故。公身为民部尚书，理当急民生计，安抚人心，善加疏导，何期竟不察祸乱之源，而以酷法弹压，草菅人命，岂不知杀之愈多，抗之愈烈？似此饮鸩止渴，抱薪救火，本为疥癣之疾，不出旬月，必成心腹大患！”
樊子盖猛地一拍案，起身斥道：“征战之事在吾，量汝有何职权，安敢在此妄言？”
段思廉凛然道：“段某奉诏抚慰河东，兼领太原留守，左骁卫大将军，守土安民，责无旁贷。公于河东肆行烧杀，思廉岂可忍气吞声，坐视不理乎？”
樊子盖大怒，拔剑在手，喝道：“陛下手敕，与本帅便宜行事之权。有敢违抗将令，阻挠征伐者，得先斩后奏之！汝欲试吾剑之利否？”
“我的剑未尝不利！”段婉曦见樊子盖咄咄**人，勃然大怒，剔起剑眉，就要亮剑出鞘。段思廉及时按住了女儿的手，注目摇了摇头，段婉曦方才忍气收手。却被樊子盖看在眼里，见段婉曦目光凌厉，心中也自犯怵，问道：“汤公身后所立何人，竟敢出言顶撞本帅？”
段婉曦道：“左骁卫属骁骑营，虎贲郎将穆清。”
樊子盖心中一惊，他出身边郡太守，一向重视军队，近来颇闻骁骑营出塞游击，屡挫胡寇之事，是一支令人忌惮的奇兵，眼前这个年轻的虎贲郎将更是?*?*人，非等闲之辈。若与段思廉公然闹翻，后果难以想象。只得收回宝剑，缓了缓口气，对段思廉道：“本帅将令已出，汤公不必多言。如有异议，可上疏朝廷陈辩。”
樊子盖话已经说到这个份上了，段思廉也算得了个台阶下，不便进**，便道：“既如此，思廉当上疏朝廷，请陛下圣裁。裁决未下前，望公暂息扰民之事。有自首者，不妨樊公费心，段某自有处置。告辞！”抱拳行了个礼，带着女儿出门离去。
段思廉与樊子盖的争执很快在军中传开，加上此前吴信、罗大刚的离职风波，将领们都议论纷纷。樊子盖见军心浮动，不得不停止进剿，暂取守势，上疏东都，弹劾段思廉干扰剿匪作战。段思廉也同时上疏力陈樊子盖的失误及其后果，并提出自己以抚为主，剿抚并用的对策。
此时史元**因雁门许诺的封赏无法兑现，招致将士嗟怨，又闻当年杨行敏之乱的余党李深投奔瓦岗，助翟让重振军威；江淮、河北两大战场已被李世明、窦融两位不世出的豪杰搅得天翻地覆；西北的金城郡也发生了叛乱，豪强薛举挟持县令郝瑗竖旗造反。朝廷虽调兵遣将全力扑杀，却是摁下葫芦翘起瓢，令他焦头烂额。此时接到段思廉与樊子盖互相攻讦，河东平叛受阻的消息，更加恼火。纳言高辅恰好伴驾在侧，进言道：“将帅不和，素为用兵大忌。段、樊不睦，岂能齐心协力讨平贼寇？必去其一，使二公不得相互掣肘，事乃可成。”
“段思廉本无征讨之责，却来多管闲事，便命他速归太原，不得干预。征剿之事，仍命樊尚书总之。”
高辅道：“樊公专征虽有敕在先，但焚村坑降之事，已令百姓怨声载道，如此进剿，恐如汤公所言，愈剿愈烈，平定无期。”
史元**不**地瞥了一眼，问：“莫非欲朕罢免樊子盖，以段思廉代之乎？”
高辅道：“临阵易帅，本兵家大忌。然臣以为，饮鸩止渴，何如釜底抽薪？舍汤公之策，更无他法。”
史元**虽然素来猜忌段思廉，但目下各地叛乱令他应接不暇，段思廉抚慰河东成效显著，才干有目共睹，也算不可多得的的救世良才，暂且先用他救一时之急。待鸟尽兔死，再藏弓烹狗不迟。便道：“也罢，命内史拟敕，召樊子盖回京养病，改任段思廉为讨捕大使，平定绛郡之乱。且看成效如何。若不能胜，便将其扰乱纲纪之罪，一并责罚！”
有了朝廷正式任命，段思廉终于得以踢开樊子盖，独任剿匪战事。他一改樊子盖的清乡屠杀之策，公开处决了一批杀戮过重，民怨极大的官兵。并与刘弘毅等地方官员会商，事先制定了详细的招抚安置方案，布告全境：百姓被迫为盗，三十日内前来归顺者，尽赦其罪，田产享有如初，免本年徭役；擒得贼之头目来献者，lùn_gōng行赏；犯****、抢掠、奸**重罪者，自首可减刑二等；家属遭官兵无辜屠戮或房舍土地毁于兵火者，悉可上报本地官府，按成例予以赔偿抚恤；无家可归，无田可耕者，就于太原附近分拨闲置土地为产，贷给农具粮种，免租调一年。三十日外仍不来归顺，视为顽抗，复罪如初，决不宽贷。同时集中有限的兵力，针对流寇中的死硬分子进行重点清剿打击。
以抚为主，剿抚并用，团结多数打击少数的宽大政策很快收到了预期效果。流亡的百姓对樊子盖的清乡之举心有余悸，初见布告，疑惧不敢前来，唯有少数人壮着胆子前来投顺、自首。段思廉言而有信，果然赦罪