坐在电脑前的甄丹丹，郁闷的掰着手指头算自己的助手还剩多少。
可靠的助手一号咕咕仔被廖古衣抢走了，助手2号萧淑婕也放假回家，现在唯一能和甄丹丹一起坐在电脑前奋斗这庞大工作量的人就只有远在千里之外，最后的小助手三三了。
三三原本是和萧淑婕一起申请成为《最游记》的助手，但是因为不像淑婕的翻译工作那么自由，所以一直靠电脑远距离完成《最游记》的上色、描黑再回传。
《最游记》因为丹丹的断更她也自然转到《名侦探柯南》的助手工作上来，原本是因为爱和想要学习的免费劳工现在也变成了正式的雇佣关系。
身为被雇佣者的三三当初那么快接下《名侦探柯南》助手工作的原因说出来也不怕笑话，她等不了一周就是想尽快知道之后的剧情的发展。
原来神秘的转校生灰原哀和柯南一样是组织收养的孤儿，人体实验的素材。和柯南先天性的疾病不同，灰原现在状态是药物和手术的双重结果，组织为了研究aptx-4869所收养的孤儿不计其数，但是活下来的仅仅只有他们两个。
当初新一偷听到几个黑衣人的对话，之后通过调查了解到这个组织绝对和自己失踪的弟弟有所关联，在通知在国外的黑羽赶快回国后，他就一直请假潜伏在组织在帝都的基地的周围，原本他也想等到黑羽才行动，但是那天晚上不知为何组织的防卫突然松懈了，机会稍纵即逝，他自己回顾大哥交给自己的一些防身招数后，当机立断潜入了那栋大楼。
他早有计划，为了不让弟弟被营救成功后会继续被追杀，他此行营救的第一个任务就是销毁所有试验体的资料，并删除所有备份。
为了混淆敌人的判断他还删除了很多药物效果或者实验成果等重要资料，当然这些组织肯定又备份，不过他也查到了试验体相貌特征身体情况这些初级资料并没有人下载，只要这些原文件销毁，组织依旧可以得到对他们来说重要的研究成果，但是每个试验体长什么样子他们就不可能知道了。
黑客技能点满的新一很轻松的完成了这一预定目标。他也偷听到了组织现在这么混乱的原因。
原来当时某位组织内部人员正巧被发现是fbi的间谍，高层的目光都被那个化名朱星大的探员所吸引，新一这只小老鼠才有机会平安的潜伏进去。
他躲避着来来往往的实验员，根据地图的指示渐渐靠近关押柯南的那件房间。当新一赶到时他震惊的发现柯南正被束缚在简易的手术台上，而整个房间都是白茫茫一片，除了他被下药丢在这的弟弟，其余的实验员都早就逃离这里，躲避因为那个fbi而引发的大火。
当时情形太混乱，大火点燃了整个实验楼，甚至引起了政府的关注。
新一解开束缚带吃力的将弟弟抱在怀里，这时的柯南已经因为药物缘故昏昏沉沉，要不是新一赶到救了他，他恐怕真的会因为被遗忘在这而被活活烧死。
新一虽然是著名的高中生侦探，但他也只是个擅长足球的普通高中生，头脑虽好，体力却不是长项，两人能抱着一个孩子在火海中逃到距离地面不远的地方已经是万幸。可幸运不能永远与他们相伴。
昏昏沉沉中被带出实验室的柯南迷迷糊糊的想到自己大概是在做梦吧，要不怎么会看见自己长大的样子呢？还是那样奇怪的发型。但是这个长大的自己很温暖，就像……就像自己从来没有见过的哥哥一样。
新一在逃离过程中不停呼叫摇晃着柯南，告诉他自己是谁，告诉他他已经被救出来了，现在要振作起来逃出去！
柯南在整个逃离过程记忆都是混乱的，他唯一记得的是那个记忆中的哥哥突然出现在自己的面前把自己带走，基地里面也都是乱糟糟的，火势很大，但却没有伤害到他。因为那个笨蛋一直把他紧紧的抱在怀里，就连最后的枪击都被那个笨蛋用身体挡住了。
“快走！去我告诉你的地方，到时候大哥会来接你的！”决心引开敌人的新一不理会柯南的虚弱的挣扎，捂着尚在留血的伤口，蹒跚离去。
药物再加上火势太大缺氧的影响，柯南连路都走不稳，好在现在已经没有人会管他这个小孩子的，借助浓烟和对基地的熟悉，柯南居然真的逃出了这栋大楼，可是就在他离开后的下一秒，楼塌了。
后来新闻上说，那栋楼因为工程检验不合格，再加上年久失修才会在火灾中轰然倒塌。
可是柯南心里清楚那不是真的原因，组织耗费巨资建造的基地怎么可能连小小的火灾都扛不住，基地塌了唯一的原因是不过是因为火势太大引起了政府和记者的注意，组织为了毁灭证据，启动了大楼的自毁装置。
连柯南自己都说不清，那一晚第一次逃离组织的他是怎么找到新一所说的地点，他在那呆坐了好久，直到有一个和火场中救他的人长的一模一样人出现在他面前。那个人把他带回一个大房子里，替他疗伤，照顾他，等他自己平静下来，然后告诉了他一切。
灰原哀的经历和柯南很像，她同样是被关在自己的房间里，不过她运气比较好，没有被打麻药，人很清醒。她同样在混乱中逃出来，她去找了自己的姐姐，化名田雅美的组织的外部人员。
竟然是雅美，所有的读者看到这里都惊呼，那个温柔而美丽的银行职员可是柯南前期案件中的一大谜团。
雅美