清军从同安，海澄，龙溪三个方向调配了八万精兵对厦门形成了三面合围，明军主力已近不再厦门，自然无法抵抗清军这么大的攻势，仅仅半个月的时间，清军就已经打到了文囿山，并在山上建立营地，安置大炮，居高临下轰击明军在厦门城外的据点，明军组织了三次反击，都没能重新攻占文囿山，自身还损兵折将，士气低落。
厦门城的总指挥是王秀奇，他畏敌如虎，消极避战，要把厦门城外所有的军队都调进城中死守厦门，以求金门方面或者台湾的郑成功能够率军来救。
这样一来清军便不费吹灰之力便已经兵临城下，厦门城彻底成了死城，只有东面的海路一个方向可以撤离，但是清军的水军在海面上虎视眈眈，只要明军敢从还路上撤离，清军水军必定会趁机进攻，到时候海面上船只拥挤，一片混乱清军的一把火就能治明军的水陆两军于死地。