元朝统一中国后，白莲教受到朝廷承认和奖掖，进入全盛时期。庐山东林寺和淀山湖白莲堂是元代白莲教的两个中心。
白莲教以“普化在家清信之士”为号召，形成了一大批有家室的职业教徒，称白莲道人。
因其“在家出家”，不剃发，不穿僧衣，又被称为不剃染道人或有发僧。元代由白莲道人组成的堂庵遍布南北各地，聚徒多者千百，少者数十，规模堪与佛寺道观相比。
堂庵供奉阿弥陀佛、观音、大势至（合称弥陀三圣）等佛像，上为皇家祝福祈寿，下为地方主办佛事，也有一些修路筑桥之类的善举。
堂庵多拥有田地资产，主持者往往父死子继，世代相传，堂庵的财产实际上是主持者世传的家产。有些头面道人勾通官府，交结豪强，成为地方一霸。
入清以后，白莲教又增加了许多支派，如老官斋、八卦教等，加上前代已有的支派，名目竟达百余种。与明代相比，教义更加芜杂，对无生老母的崇拜则有增无减。
乾隆后期到嘉庆年间是白莲教的极盛时期，不仅活跃于北方诸省，在东北和南方各省也广泛传播。直隶滦州石佛口王姓家族主持的大乘教在各教派中处于特殊地位，影响尤大，传播范围扩及长江中下游地区。
清初白莲教曾受反清复明思想影响，各派与清廷一般处于敌对状态。
乾隆三十九年（1774）清水教徒王伦的起义，嘉庆元年（1796）收元教发动的鄂、豫、川、陕、甘五省农民起义，嘉庆十八年李文成等领导的天理教起义，都沉重打击了清朝的统治。
但是，就这些教派含反封建的革命因素。
道光以后直到近代，白莲教的活动并未消失，但其组织往往为反动阶级所利用。1949年以前在个别地区尚存的少数白莲教支派，已沦为反动会道门组织。
自此白莲教开始沉寂当代社会，只是万万没有想到，如今居然有出现了白莲教的踪影，而且还出现的如此邪门，让人想想都不寒而栗。