日本参谋总长等人根据德军突破马奇诺防线的经验，决定加强“华南方面军”的炮兵和航空兵。经日本天皇批准，大本营于第第1炮兵队(以攻城重炮兵为主)配属给“华南方面军”。计有重炮兵第1联队(第第3大队(第2大队(第第5大队(第5联队(测地、标定、音源各中队)和第3汽车牵引队等。
第第第第第98战队(重轰炸机)配属给华南方面军。第第第第91机场大队)配属给“华南方面军”。
为了掌握东南亚地区的军事及地理等情况，194o年日本参谋本部在情报部欧洲课内增设了一个南方班，专门搜集作战资料。6月间向菲律宾、荷属东印度群岛、马来、香港等地派遣参谋进行实地勘察。8月间，根据侦察所得情况，由参谋本部情报部部员濑岛龙三起草了一个《南方作战全面综合计划试行草案》，经参谋本部多次研究后，于1o月下旬制订出南方作战的初步计划，规定在“中国事变尚未结束的情况下实施南方作战时，几个方面的兵力配备应该是：对苏11个师团，对华28个师团，对南方11个师团，加上其他合计第第18各师团作为11个对南方作战师团中的骨干”。第第5师团从法属印度支那北部调到上海，作为大本营直辖师团，“以登陆作战为主，进行训练”。1o月22日，又令近卫师团到汕头(后改为广东中山)集结，令台湾混成旅团到海南岛集结，改编为第48师团。同时将上述3个师团的马匹编制改为汽车编制，并指示“进行热带作战训练，特别是登陆作战的训练”。
日本大本营本来预定至194o年8月准备完毕，后又推迟为年底准备完毕。由于敌后战场动的“百团大战”和正面战场的坚决抗击，日军根本抽调不出进行南方作战所需要的兵力和物资，不得不将南进行动一再推迟。为了执行《处理中国事变纲要》所规定的“特别加强对中国的封锁”，日军将此与登陆作战训练结合起来，在1941年中，进行了一系列的对中国沿海各地的封锁作战。
1941年6月，日美谈判已基本破裂，22日德苏战争爆。日本于25日开始举行大本营与内阁的联席会议，连日讨论了加快南进步伐的问题，拟制了《适应世界形势的帝国国策纲要》。7月2日御前会议通过了这一国策纲要。它的方针是：“不论世界形势如何变化，帝国仍然坚持以建设大东亚共荣圈”为目的，“帝国仍旧努力于中国事变的处理，并为确立自存自卫基础，继续向南方扩展”。“为达到上述目的，坚决排除一切障碍”，“不辞对英美一战”。
1941年9月8日，日本参谋总长杉山元向日本天皇报告了南方作战的全面设想。其作战目的是：“摧毁英美在东亚的主要根据地，占领必要的领域。同时攻占并确保荷属东印度，以确立自足自卫的态势，并利用此等战争成果，迫使中国屈服。”“使用兵力约1o个师团(比预定的少1个师团)、2个飞行集团，开战前在印度支那、华南、台湾、南洋群岛及日本内地展开，大致在5个月内可完成主要作战行动。”攻占的顺序及范围，“计划先对香港、英属马来、英属婆罗洲以及菲律宾、爪哇等地，大致同时开始进攻并迅占领之，然后再占领荷属东印度。”“攻占香港的任务，由中国派遣军隶下第23军司令官以1个师团为基干的兵力承担；攻取菲律宾，以大约2个师团、1个飞行集团为基干的1个军的力量承担。担任攻取英属马来的兵力为大约5个师团、2个飞行集团(其中1个在菲律宾作战告一段落后由该方面调来使用)组成的1个军。该军的一部还需用于维持泰国的治安。对荷属东印度，拟由3个师团(其中2个师团在攻占香港和菲律宾后由各该方面调来)、1个飞行集团为基干的1个军担任。在以上作战期间，尚需以大约1个师团的兵力，协助印度支那部队警戒印度支那半岛上的中**队，以确保该地区的安全。以上除攻占香港外，3个作战军及在法属印度支那的兵团，均由1个方面军司令官统率。对缅甸方面，在以上作战期间，只限于排除我对马来作战的障碍，轰炸并努力取得缅甸南部的空军基地。全面作战告一段落后，根据当时的形势，如有必要再正式攻取缅甸。”“在作战中使用的兵力……在不影响满洲及中国作战的前提下，由该方面抽调转用。其余部分再由日本内地征召补充。”
日本“中国派遣军”对南方作战，特别是对从中国方面调出部队表示反对。畑俊六于9月15日派总参谋长后宫淳回东京向大本营提出自己的意见：“我认为在没有解决中国事变以前，就向其他方面伸手或扩大战线，必犯致命的错误。如果想向南方伸手，就要先解决中国问题