混元子也以清剿异族为己任，不料因为此界的生命普遍比中维度要弱小，所以异族在此界更加横行无阻，它们也变得更加的狡诈，辗转逃到了荒凉的边缘星域之中藏身，伺机捕食人族。混元子一路追击它们到此，但是发现它们的族群已经相当壮大，相继消灭了好几个星体上的人族和其他动物，趁机壮大了族群。他便带领部下设计引诱它们到附近的一处星体，以绝大的法力引爆了那颗星星，重创了异族。但人算不如天算，中间出了岔子，自己也受了重伤，又损失了一些手下。这时他想联络大自在天魔和他的部属，但是此界地处偏远，当初的空间裂缝又基本弥合，再无法联系到中维度宇宙。
无奈之下，他只好带着手下魔族勇士就近在找了一颗星星留在上边养伤，却不料发现了此地已有一些比较原始的人族出现，其中一些还是从中央星域迁徙过来的修士。于是他就收编了一些人，传授他们一些天魔法门，成立了混元宗，准备日后对抗异族。不过人算不如天算，当时这里的一些达到真仙境地的修者，他们既不知道他的意图，又不满意他霸道岛湍侵旨附残酷的训练方式。很自然的产生了抵触心理，而混元子对于此界的人族也是视为低等民族，也不屑于与之太多的交流。
这样一来其他人把他当成是要在此地称霸的魔头，便联合起来对付他。混元子其人本来就性格孤傲，加上他法力惊人，也不屑于把事情的来龙去脉告诉那些在他眼中是蝼蚁一般的存在。外人也不知道正是因为混元子一直在保护他们，才使他们没有被异族奴役和残杀。不久之后混元子发现异族又准备蠢蠢欲动，而新组建的宗门中新生力量还不足以与之对抗，此时自己的伤势始终未愈，便想抽取一部分此处星体的生命本源之力消灭来犯之敌。没想到他的举动被别人误以为是要毁灭这颗星体，于是这些人在惶恐之下纷纷联合起来，对抗混元魔宗，给他捣乱。这时异族也浑水摸鱼，在暗中挑动局势，误导本地的修士。结果最后混元子腹背受敌，最终中了异族的暗算，他在最后关头牺牲了自己，抽取了星体的一小部分元能，点燃了自己的生命和法力，消灭了很多的异族。但是他和许多来自中维度宇宙的手下也都身死道消了。
那次大战之后异族元气大伤，这时本地的那些修道者也意识到了异族的危险和混元宗真正的用意。于是再也没有人和混元宗冲突了，转而合力攻击异族。之后的几任混元宗宗主吸取了教训，联合了其他势力，再接再厉把他们打的又一次龟缩起来。因为常年大战异族，混元宗和本地修士也都是元气大伤，开始收缩势力进入蛰伏的状态。同样的异族也是损失巨大，因此沉寂了很长时间，双方进入了一段比较平和的时期。直到第六代混元宗主时又再次来袭。可惜的是，第六代宗主向无前，是一个极为厉害的角色。
他早年没有担任宗主时，在游历星海的时候曾遇到一处有奇特修士的世界。他斩落了那星体的一角，并搬运回来。将它变成了这颗星体上的第四个大陆，他命名其为天星洲，并与天星洲的修士立约，以天星洲作为对抗异族的主战场，他把混元宗的力量都集中在了天星洲上。天星洲上的各个家族和宗派在混元宗的率领下对抗异族，混元宗在天星洲上建立了多个据点，扼守整个大陆。在向宗主的带领下，异族在本地的残余势力扫除一空，混元宗也开始将天星洲作为自己的本部道场。又经过了几代之后，混元宗始终变得更加兴盛，但是门中的各个分支也开始产生了分歧，除了直属宗主的三大部之外，其他的堂口支脉开始了内部的明争暗斗。到了第九代宗主——灭世金灯东方云起的时代，玄天帝君率领着一群神州族的真仙流落到了此地，在东天部洲建立了天庭。很快也和混元宗也起了冲突，双方大打出手，结果处于低潮的混元宗吃了点小亏。最后双方达成了一致，天庭不染指天星洲，但是混元宗也允许了天庭的龙王——四海君，掌控包括天星洲海域在内的东海。后来四海君还特意把自己的宫殿——水晶宫就设置在了离天星洲不远的海底。在东方云起掌舵混元宗的末期，异族曾经又一次来犯，在混元宗和东海龙族的合力回击之下，异族再次被重创。而东方宗主和混元宗三大部，还有九大堂的主力却在最后一战中被异族骗入了埋伏，全都牺牲了。其实混元宗在向宗主之后的时代就已经开始出现了分裂的迹象，但是因为历代宗主都不是善茬，所以下边的那些堂主还不敢太造次。但是东方宗主陨落的太突然，没有来得及指定接班人。而宗内原本最有机会成为下任宗主的战部大统领——翻天捣海镇万域——刘真君也随宗主一起道消了。几大之派的当家人也都一起陨落，剩下的中下层弟子互相都不服气彼此，因而最后也没能选出一个能让众人都敬服的掌门。拖了两年，混元宗的士气本来就已经十分低迷了，最后更是干脆分裂成十多个势力，各自独立了。而此时原本直属于宗主的一小部分人不满这种情况，便拥立了一位东方宗主的弟子，在几位长老的操持下占据了混元宗本宗的地盘，仍以混元宗自居。但是后来没过多长时间，他们便被一伙不明身份势力所偷袭，新的第十代宗主赵器轩才只是个不到元神级别的修为，当场死于非命。最后只有一位长老拼死逃离，带走了混元宫和在混元宫