就教义和修法而言，显教中的小乘有四谛、十二因缘、十八界、三十七道品等义，大乘有六度、十地等义，而密教则从本体、相状和作用(亦即实践)三方面，建立了由六大(此为体大，指周遍一切法界的本体)、四曼荼罗(此为相大)、三密(此为用大)组成的“三大”学说。
六大，又称六大缘起，指构成宇宙万有本体的六种基本元素，即地、水、火、风、空、识。前五者属于“色法”(物质)，后一者属于“心法”(精神)。而六大中的每一大又互具其他五大，此为异类无碍；构成甲物的六大和构成乙物的六大也互具互遍，此为同类无碍。因此，构成众生的六大和构成佛菩萨诸尊的六大在本质上是相同的，众生和佛的地位也是平等的。为此，密教主张“生(众生)佛平等”。
四曼荼罗，又称四种曼荼罗。曼荼罗(又译曼陀罗)意为坛场、聚集，起初指修作密法时在地上划定的某一区域或建立的供佛菩萨之用的土坛，后来也指按密教经典所说绘制的作供养用的佛菩萨的集体图像。所说的四曼荼罗就是指表现佛菩萨诸尊相状的四种图像：大曼荼罗、三昧耶(意为本誓)曼荼罗、法曼荼罗、羯磨曼荼罗。大曼荼罗，又称尊形曼荼罗，指表现诸尊具足相好容貌的身形图像；三昧耶曼荼罗，指表现诸尊所持的刀剑、轮宝、金刚、莲花等物，以及用手指结成的印契的图像；法曼荼罗，又称种子曼荼罗，指表现诸尊自证法门的种子(象征神秘意义的梵文字母)和真言(陀罗尼，即咒语)；羯磨曼荼罗，指表现诸尊的威仪、事业的图像。
三密，又称三种秘密，指密教的三种修行法门：身密、口密(又称语密)、意密。佛的三密体现在四曼荼罗之中。大曼荼罗为佛的身密，三昧耶曼荼罗为佛的意密，法曼荼罗为佛的语密，羯磨曼荼罗则为“三密”的业用，它包括绘、捏、铸造佛像等事业。对于修习密教的人来说，身密，指的是手结本尊的印契；口密，指的是口诵本尊的真言；意密，指的是内心观想本尊，心住三摩地(即进入禅定的境界)。
密教认为，既然众生和佛菩萨的本体是相同的，众生只要通过加持“三密”(又称三密加持)，与佛菩萨的性德和境界相应，就能即身成佛，由父母所生的肉身，速疾地成就佛果，而无须像显教所说的那样要经历“三大阿僧祗劫”的久远的时间。
“纯密”即正式的密教是在以曲女城(今印度勒克瑙)为都，建立了五印度大一统政权的戒日王(606—647在位)王朝解体之后出现的，并在以东印度孟加拉的奥里萨为基业发展起来的波罗王朝(600—1139)达到鼎盛。波罗王朝共有十八代。其中第一代瞿波罗(600—705)在摩揭陀建立了飞行寺(又名欧丹多补梨寺)，第四代达磨波罗(766—829)建立了超戒寺(又名毗讫罗摩尸罗寺)。飞行寺、超戒寺，连同戒日王时已存在的那烂陀寺，后来成了密教的三大寺院。
纯密分为胎藏部和金刚顶部两大系统。胎藏部以《大日经》为根本经典，因修习胎藏界法而得名。金刚顶部以《金刚顶经》为根本经典，因修习金刚界法而得名。
胎藏界和金刚界，本是纯密在以“六大”为法界的体性和大日如来的三昧耶身(进入禅定境界后的行相)的理论基础上建立起来的、互相配合的两大教门。胎藏界，又称理性平等门、他受法乐门、理门、因门。它以莲花为标志，象征一切众生都平等地含有大日如来的理性种子，只要修持大悲万行，显现净心，自利利他，就能成就佛身。为此，依据大日如来的“三德”——大定、大智、大悲，而立佛、金刚、莲花三部，并依据《大日经》而绘制修法时必备的胎藏界曼荼罗；金刚界，又称智慧差别门、自受法乐门、智门、果门。它以金刚杵等武器为标志，象征大日如来内证的智德坚固无比，不为一切烦恼所动摇。为了使众生能够“即身成佛”，它提出，将有漏的“九识”转变为大日如来的“五智”，即转第九识阿摩罗识为法界体性智，转第八识为大圆镜智，转第七识为平等性智，转第六识为妙观察智，转前五识为成所作智，以除障成身，自乐法乐。为此，金刚界据“五智”而立佛、金刚、宝、莲花、羯磨五部，并依据《金刚顶经》绘制金刚界曼荼罗。
据金、胎两部大法的共同受持者唐代净住寺海云《两部大法相承师资付法记》说，胎藏界法由大日如来付嘱金刚手菩萨，金刚手菩萨经数百年传给中印度那烂陀寺的达磨掬多阿阇梨(意