清微派在南宋形成之后，至元代，取得很大发展，名目甚多。郑所南《太极祭炼内法序》：“正一法外，别有清微法雷，名逾数百。”元代清微派，仍以黄舜申一系所传最盛，他的弟子分为两支向南、北发展，一支以福建建宁为中心，传行于南，一支以武当山为中心，传行于北，从而使清微道法很快传播于大江南北。南传一系为黄舜申弟子西山熊道辉（号真息），道辉传安城彭汝励（或作砺），汝励传安福曾贵宽（号尘外），贵宽传浚仪赵宜真（号原阳）。因未见熊道辉、彭汝励、曾贵宽等人的传记和其他资料，唯知赵宜真活动于元末明初，故此系在元代的发展情况不详。北传一系的主要传人是黄舜申弟子张道贵，其主要特点是全真道士兼传清微法。
张道贵先为全真道士汪真常的门徒，《武当山志》载，张道贵，名云岩，号雷翁，长沙（今属湖南）人。至元（1264～1294）间入武当，礼汪真常为师。随后又“同（叶）云莱、洞阳（刘道明）谒雷渊黄真人（黄舜申）得先天之道。归五龙宫，潜行利济，门下嗣法者二百余人。行其奥旨，唯张洞渊（张永清）焉，终于自然庵。”可见张道贵是兼传全真与清微的道士。
叶云莱与刘道明也是黄舜申弟子，同样是兼传全真和清微的道士。据上书所载，“叶云莱，名希真，号云莱子。辛亥年（1251）三月初五日巳时生，唐天师叶法善之后裔。生于建宁（今属福建），得清微道法之妙，避兵迁古禳，入武当山。
至元乙酉（1285），应诏赴阙。……至元丙戌（1286），钦受圣旨领都提点，任武当住持。”“刘道明，号洞阳，荆州（今属湖北）人。与叶云莱同师雷渊黄真人，授以清微上道，居五龙（观），搜索群籍，询诸耆旧，纂为一书，命曰《总真集纪胜录》。”
张、叶、刘等人下传张守清，清微法由此更盛。张守清也是一身而二任的道士，先为全真道士鲁大宥（或作有）弟子。陈友珊《长春道教源流》卷七云：张守清，“名洞渊，号月峡叟，宜都（今属湖北）人。幼习举子业，未成，弃去，更为县曹掾。年三十一，……闻鲁洞云（大宥）名，投礼出家。
洞云传以道要。……后由张云岩（道贵），复得叶云莱、刘洞明之道。至大三年（1310），皇后闻其道行，遣使命建金箓醮。
皇庆元年（1312）春，京师不雨，召守清至，祷而雨。逾年春不雨，祷而雨，又祷又雨。两京大悦，赐号体玄妙应太和真人。赐虚夷宫额曰：天一真庆万寿宫。置提点甲乙住持。延皊元年（1314）春，奉旨还山致祭，管领教门公事。”由于张守清在当时颇有名望，所传弟子又多，故被后世清微派北系道士尊为一代祖师，《清微神烈秘法》所列“师派”，在黄舜申之后，即列：叶云莱、张道贵、张守清，张守一。
张守清弟子最著者有张悌、黄明佑、彭通微、单道安等。
从他们开始，清微派的传法即由元入明。张悌，字信甫，号无为子。浙江象山人。奉亲能备孝养，早从方士学。既壮，出游南粤北燕，后止武当，师张守清。守清启以道要，署为首众。三年而化。黄明佑，字太霞，潭州（今湖南长沙市）人。
“早岁抗志烟霞，历诸名岳，礼武当太和张真人（张守清），嗣清微法派，凡有祈祷，无不感应。”彭通微，“原名宏大，号素云，河南汝阳人。大德十一年（1307）二月十五日生。年十二，事刘月渊为师。至正四年（1344）游武当山，时太和张真人主紫霄宫，素云服劳执役三年，得真人授炼气栖神之旨。……明洪武十四年（1381），始至细林山，结茅居之。……
明太祖遍求天下高人，有司以闻。二十七年（1394）秋八月返真。是岁中使入山宣召，以羽化闻”。单道安，“均州人，从南岩张真人（张守清曾住南岩天一真庆宫——引者注）学，精究道法，执弟子礼，勤恳弗怠。……洪武初，游西华、终南诸山，仍居重阳万寿宫。一日，以所授玄秘付与门人而去，弟子李素希携冠履葬于五华仙茔”。但此后传承情况缺乏记载。
明初除张守清弟子传清微法外，还有其他武当道士传清微雷法。如金台人李德渊（号古岩），“自幼入陕西重阳万寿宫出家，《道德》《南华》三教经书，得其要旨。壮年游武当，于紫霄宫礼高士曾仁智为师，授以清微雷法，明先天之理，知体用之源。徙居元和观。洪武二十三年（1390），湘王来谒武当，嘉其有修炼之功，赐住荆州长春观。一日，谓人曰：吾将返矣。作颂曰：“八十余年光阴，不染不著”。黎一泉，均州人，“幼出家于紫霄宫。元末游江右诸名山，访道寻师，……
再谒毛公坛、张公洞，得林屋洞天王无伪授以太极上道清微底（法）妙，仍归紫霄宫，八十余翛然蜕去”。简中阳，字钦和，武昌人。“不喜荣达，得异人授以中黄上道清微秘法。洪