耶路撒冷、罗得岛及马耳他圣若望独立军事医院骑士团是正式全名，但较常称为马耳他骑士团，中国官方译为马耳他军事主权教团。马耳他骑士团在世界各地有许多修道院及分会，但也有部份与骑士团本身无任何关系，包括一些使用马耳他骑士团当组织名的诈骗集团。
组织旗帜分为国家旗及代表旗。国旗是红色长方形内有一白色十字，又叫做圣若望旗。根据约瑟波赛(giuseppebosio)所撰写的骑士团史一书中纪录，1130年教宗诺森二世颁布教令，参与战争的宗教组织均需佩有白色十字的红色盾牌，教宗亚历山大四世后来强迫1259名获准参战的骑士穿上拥有白色十字的红披风，自此之后白色十字渐成为骑士团的正式符号。现在该旗帜飞扬在位于罗马的主权独立机关顶端，且用于大教长或政务议会成员的官方会议上。代表旗用于修道院正副院长、六十四个国际分会及一百多个驻外机构，还有在世界各地的医院、医学中心及门诊部、救护组织、基金会和特殊联合单位。图案是八角十字配红色底，第一次使用八角十字图案是用于第廿五任大教长维拉瑞特时发行的硬币上。
马耳他骑士团骑士徽章教会徽章分为骑士徽章和代表徽章，第七十八任大教长有个人专属徽章。正式骑士徽章图案是八角十字位于红色椭圆形内部，周围被玫瑰经图腾包围，最外围是皇家布幔及顶端有个皇冠。该徽章用于修道院正副院长、国际分会及驻外代表机构。另一个徽章是用于遍布世界各地的医护人员及人道援助工作者，图案是一个白色八角十字位于红色盾型内。
政治
马耳他骑士团为一宗教及慈善性质且受国际法承认之主权实体(y)，该组织被赋予发行自己的护照、邮票、公共建筑及司法独立等权利。宪法由骑士团宪章及骑士法规所组成，现行宪法是1997年修改过的版本。
首长
大教长(ter)由国务委员会选举出，终身职。大教长必需奉献自己投入组织事务，并且是全体成员对宗教虔诚信仰的表率，与政务会议同为行政中枢。大教长的行政权限并不包括公布骑士团宪章、政府令、医疗事务及向教宗报告骑士需求、选举政务议员、缔结国际条约及召开大议会。与骑士团有建立外交关系的国家均承认大教长为骑士团最高领袖，其头衔是由宗座所赠与的，且罗马天主教会赋予其枢机主教地位。
事务大臣(tander)职责为传播信念、监督管理各教区之骑士与女爵及向教宗报告骑士团事务，同时也管理总部马耳他宫周围之礼拜堂和朝圣事务，也签署公文和大教长之无法律效率文件。
外务大臣(tellor)职掌内政及外交，负责对外一切事务及他国或第三团体与政府沟通的中间人。
医务大臣(taller)职掌卫生、社会、人道援助及国际合作事务，是各地修道院、国际分会及其他组织负责人道援助的最高指挥官，并确保天主教受到尊重。
财务大臣(treasure)职掌财政与预算事务，负责组织与各地分会合作之开销并监督审计部。财务大臣需向审计部和大教长做经济、财政和预算报告，并将讯息传给政务会议，同时也监督组织财产收纳、宴请支出及捐献收入，大教长的礼物也由财务大臣管理，另外骑士团之邮政、居住、科技事务、马耳他宫和其他财产建筑也由财务大臣督导。
行政
其政府系由以下机关所组成：
国务委员会(councilcoe)主要是选举大教长或大教长代理人，根据宪章第二十三条表示，选举系不记名投票，获过半票数者即当选。拥有投票权的成员为大教长代理人或过渡期大教长、政务议员、主教、修道院长、法警及两名代表小型修道院的骑士和十五名国际分会的代表。
大议会(generalcer)主要是每五年召开选举政务议员、政策委员及审计员，负责修改及讨论宪章及法规和一些重要性议题如宗教地位、人道医疗计划及对外关系事务。大议会系由各修道院正副院长及各国际分会代表组成。
政务议会(il)是骑士团的行政中枢，由大教长、事务大臣、外务大臣、医务大臣及财务大臣和由大议会选出之五名成员共十人组成。政务会议由大教长召开，每年最少六次或有特别要求亦需开会。
政策委员会(governil)只是政务议会的建议委员会，提供政治、宗教、医疗合作及外交事务的方案，主席亦为大教长，每年最少召开两次会议。委员会由六个经大议会于不同地域选出的骑士组成。
审计部(boardofaudito)负责监督及查核组织收入、支出及财产，由部长、四名常任委员及两名非常委员组成，由大议会选出合法且富有专业经济及财政背景的骑士组成。审计部同时也是财务大臣的建议委员会。
传播部(coioboard)监督组织内部及外部之传播活动，并协助外务大臣之发展宣传事务，由部长及六名由组织选出在传播、管理、公共关系和媒体事务等领域有专业能力的委员。
立法
法务办公室(teneral)是根据法规成立的合法协调机关，由独立且熟悉组织事务的专业法学家及学者组织，成员为法务长和两名办事员，三者均由大教长指派并经政务议会同意任命，每三