中期：马耳他骑士团
在欧洲的７年时间里，他们多次迁徙，居无定所。到１５３o年，奉教皇克莱门特八世和神圣罗马帝国皇帝查理五世的命令，医院骑士团来到马耳他岛，每年象征性地向两西西里王国缴纳１马耳他鹰币作为租金，在岛上骑士团建立了马耳他骑士团国（aryorderof）。土耳其人对骑士团的卷土重来显然很不安，１５６５年，土耳其人派出大军进攻马耳他。这场大战一开始和上次在罗德岛的大战很相似：骑士团苦苦支撑，绝大多数城市都被摧毁，骑士团成员有一半战死。就在骑士团眼看要支撑不住时，从西班牙来了一支援军，战场局势顿时扭转，土耳其军队仓惶撤退，损失达到３万余人。这次大胜使马耳他骑士团国获得了一段时间的和平局面。１５７１年，土耳其人自以为海军发展得差不多了，再次起兵，企图消灭骑士团。不过这次他们败得更惨：还没到马耳他，在海上就遇上了西班牙的无敌舰队，土耳其舰队几乎全被击沉或俘虏。此后马耳他骑士团国进入鼎盛时期，帆上标有马耳他八角十字的战船在地中海横行无阻。
骑士团在马耳他岛的统治一直持续到１８世纪，１７９８年６月１１日，拿破仑迫使医院骑士团投降，占领了马耳他岛，岛上骑士团的教堂和修道院被法军洗劫一空。骑士团的大部分成员前往俄罗斯，在那里，俄罗斯沙皇保罗一世给予他们以庇护，而骑士团则选举保罗一世为新的骑士团大团长。
后期与现状
离开了马耳他岛之后，骑士团失去了领土，但作为一个组织仍然存在。１８３４年骑士团在罗马重建总部，终于再次稳定下来。骑士团的军事使命已经完结，此后主要从事慈善事业。今天，马耳他骑士团国仍然是联合国的会员国，它设在罗马的总部马耳他大厦是它唯一的领土——它可能是世界上最小的国家了。
宗教革命后，以德意志为首的新教国家的医院骑士团从骑士团总部独立出去，但仍然保持圣约翰骑士团的称号。信仰天主教的马耳他骑士团则是医院骑士团的直接继承者。
口号与标志
医院骑士团的口号是“守卫信仰，帮助苦难（defenceoftot）”。医院骑士团最初的标志是黑底白色的八角十字，到１３世纪中期开始则普遍使用红底白色的八角十字，这种八角十字也因骑士团之名被称为“马耳他十字”。
政治
马耳他骑士团为一宗教及慈善性质且受国际法承认之主权实体(y)，该组织被赋予发行自己的护照、邮票、公共建筑及司法独立等权利。宪法由骑士团宪章及骑士法规所组成，现行宪法是１９９７年修改过的版本。
首长
大教长(ter)由国务委员会选举出，终身职。大教长必需奉献自己投入组织事务，并且是全体成员对宗教虔诚信仰的表率，与政务会议同为行政中枢。大教长的行政权限并不包括公布骑士团宪章、政府令、医疗事务及向教宗报告骑士需求、选举政务议员、缔结国际条约及召开大议会。与骑士团有建立外交关系的国家均承认大教长为骑士团最高领袖，其头衔是由宗座所赠与的，且罗马天主教会赋予其枢机主教地位。
事务大臣(tander)职责为传播信念、监督管理各教区之骑士与女爵及向教宗报告骑士团事务，同时也管理总部马耳他宫周围之礼拜堂和朝圣事务，也签署公文和大教长之无法律效力文件。
外务大臣(tellor)职掌内政及外交，负责对外一切事务及他国或第三团体与政府沟通的中间人。
医务大臣(taller)职掌卫生、社会、人道援助及国际合作事务，是各地修道院、国际分会及其他组织负责人道援助的最高指挥官，并确保天主教受到尊重。
财务大臣(treasure)职掌财政与预算事务，负责组织与各地分会合作之开销并监督审计部。财务大臣需向审计部和大教长做经济、财政和预算报告，并将讯息传给政务会议，同时也监督组织财产收纳、宴请支出及捐献收入，大教长的礼物也由财务大臣管理，另外骑士团之邮政、居住、科技事务、马耳他宫和其他财产建筑也由财务大臣督导。
行政
其政府系由以下机关所组成：
国务委员会(councilcoe)主要是选举大教长或大教长代理人，根据宪章第二十三条表示，选举系不记名投票，获过半票数者即当选。拥有投票权的成员为大教长代理人或过渡期大教长、政务议员、主教、修道院长、法警及两名代表小型修道院的骑士和十五名国际分会的代表。
大议会(generalcer)主要是每五年召开选举政务议员、政策委员及审计员，负责修改及讨论宪章及法规和一些重要性议题如宗教地位、人道医疗计画及对外关系事务。大议会系由各修道院正副院长及各国际分会代表组成。
政务议会(il)是骑士团的行政中枢，由大教长、事务大臣、外务大臣、医务大臣及财务大臣和由大议会选出之五名成员共十人组成。政务会议由大教长召开，每年最少六次或有特别要求亦需开会。
政策委员会(governil)只是政务议会的建议委员会，提供政治、宗教、医疗合作及外交事务的方