【正教派和宗教改革】
正教派并没有经历宗教改革，而且基督新教派教会对正教派的态度从开始就一直不明确。两边开始时维持着一种热忱和友善的关系，但是基本的教条神学歧见仍是突显了出来，尤其是关于神圣传统，圣灵/圣神由父子分出、自由意志、神圣预定、称义（释罪）、圣礼/圣事的数目、洗礼（正教派的“全部浸在水里”相对于马丁·路德的“用撒或是淋水”）以及是否要如同正教派的“在洗礼后马上施行圣油礼和圣餐礼/圣体圣事”，圣餐礼变动的意义以及使用未发酵的面包，教会和大公会议的无错误，崇敬，盛宴，对圣者、圣者塑像和遗物的祈祷，斋戒和其他教会的传统。由于这些歧见，最终导致两者停止来往。
【东正教自主教会与牧首区】
在拜占庭帝国时期，东正教是帝国国教，它在很大程度上依附于世俗政权，大主教的任免，主教会议的召开，对教义的解释，均由皇帝控制掌握。日常领导则由牧首负责。早期主要牧首区有4个，即君士坦丁堡、亚力山大里亚、安提阿和耶路撒冷。15世纪拜占庭帝国灭亡后，各国家、地区和民族先后成立自主教会。16世纪末，莫斯科都主教脱离君士坦丁堡自立，建立牧首区，形成使用斯拉夫语的俄罗斯正教会，东欧各国正教亦陆续宣布自主。各自主教会在法规和行政方面有独立自主权，并可自选大主教，但彼此之间在信仰和圣事上是共同的。东正教自主教会有15个，即君士坦丁堡正教会、亚历山大正教会、安提阿正教会、耶路撒冷正教会、俄罗斯正教会、格鲁吉亚正教会、塞尔维亚正教会、保加利亚正教会、罗马尼亚正教会、塞浦路斯正教会、希腊正教会、阿尔巴尼亚正教会、波兰正教会、捷克斯洛伐克正教会、美国正教会，另外在日本和芬兰也有自治教会。20世纪60年代，东正教各教会曾联合召开了几次世界性会议，讨论使其教义、礼仪符合时代要求，与罗马天主教平等对话以及参加“普世教会运动”等问题。
东正教不承认罗马教皇的权威和领导，它自设牧首区，牧首区下辖数个首府主教区。主教区首脑为主教，以下是司祭和辅祭。东正教各牧首区承认君士坦丁堡牧首为“普世教会牧首”，是教会的精神领袖。但这仅仅是一个荣誉地位，普世牧首并不对其他牧首区具有任何实际的领导权。
君士坦丁堡牧首区原为东派教会首席大主教区。相传使徒安德列始建主教座于此。牧首区首脑驻节座堂。从1586年后，设在伊斯坦布尔北部法那尔的圣乔治教堂（见希腊正教会）。
亚历山大里亚牧首区早期东派教会四大主教区之一。相传圣马可始建主教座于此。总会现设在希腊基菲西亚（见希腊正教会）。
安提阿牧首区早期东派教会四大主教区之一。相传使徒彼得始建主教座于此。现在总会设在大马士革(见希腊正教会)。
耶路撒冷牧首区早期东派教会四大主教区之一。相传耶稣的弟兄雅各始建主教座于此。管辖巴勒斯坦的正教会（见希腊正教会）。
俄罗斯正教会在正教传统的尊称排列上，位居第五。1589年取得自主地位。以后在北美、芬兰、日本、朝鲜和中国相继建立隶属其管辖的教会和教区。俄罗斯正教有其自身的一些特点。目前实行牧首制，总会设在莫斯科。崇拜礼文使用教会斯拉夫语。
格鲁吉亚正教会4世纪时格鲁吉亚教会属安提阿大主教区范围。据史载，罗马皇帝芝诺在位时，它取得自主地位，并得到安提阿牧首“漂布者”彼得的同意。此后，格鲁吉亚教会首脑尊称为卡托利科斯。1801年，格鲁吉亚并入俄国，该教会也于1817年受俄罗斯正教会委派的督主教管辖。俄国十月革命后，教会重建自主的卡托利科斯。
塞浦路斯正教会正教中古老的自主教会之一。教会在塞浦路斯的希腊民族独立运动中起了领导作用（见希腊正教会）。
塞尔维亚正教会其所属教区大部在今南斯拉夫的塞尔维亚和马其顿境内。辖31个教区(其中3个在北美)。
保加利亚正教会927年，保加利亚教会成为大主教区，属君士坦丁堡教会管辖。在保加利亚被奥斯曼土耳其统治的500年中，君士坦丁堡牧首通过希腊神职人员管理该教会。1870年成立的保加利亚督主教区，直到1945年才为君士坦丁堡牧首所承认。1953年牧首区恢复。目前有12个教区。
罗马尼亚正教会1865年，罗马尼亚的自主教会成立。1885年得到君士坦丁堡普世牧首承认。1925年罗马尼亚正教会成立牧首区。1950年，特兰西瓦尼亚的东仪天主教徒重返东正教。现有12个教区。礼仪使用罗马尼亚语。
波兰正教会1924年建立。原属俄罗斯莫斯科牧首区管辖。1948年莫斯科牧首同意其自主。
希腊正教会一般称希腊教会。在拜占庭帝国和奥斯曼土耳其帝国时期，希腊正教会都属君士坦丁堡普世牧首管辖。1850