6月中旬，冈村宁次奔赴南京，担任中国派遣军司令官，全面指挥中国战场日军作战。由于冈村宁次在华北强化治安、政治斡旋，清剿根据地作战方面表现出色，因此日军大本营根据整体战略进行调整，即在中国战场由战略进攻变为战略防御。以夷制夷、以战养战等策略，面冈村宁次这位中国通显露出卓越的军事、政治才能，因此担此大任顺理成章。
冈村宁次上任还有一个原因，那就是太平洋战场日海军在中途岛遭到重创，无情的现实宣告，此役成为太平洋战争的转折。此前，日海合联合舰队成功偷袭珍珠港，重创美国太平洋舰队，顺利完成第一阶段战略任务。毋庸置疑，如此骄人的战绩，蒙蔽了日本人的眼睛。
日本人清楚，美国战争潜力巨大，但是转入战时状态需要一个过程，日本人的目的非常明确，就是让美国人服软。日军大本营预计美国43年夏季才可能组织反攻，因此日本联合舰队还沉寂在胜利中，错误的估计了美国人的意志。
日本海军的战略是，利用美国疲软这段时间，进一步推进战线、扩大防御圈。采用强力手段，控制澳大利亚是这一战略的重心。日陆、海军一致认为，澳大利亚将是美英反击的最大据点，可是苦于日本陆军身陷中国战场，根本没有多余的兵力发动澳大利亚登陆作战，因此切断珍珠港与澳大利亚联系迫在眉睫。日军的战略无可非议，可这不是一厢情愿的买卖。
珊瑚海海战，美日海军打成平手，由于美国航母战舰的阻扰，日军的战略计划不得不推迟。珊瑚海海战是双方舰队不约而同寻找对手，并在珊瑚海爆发航母舰队对决。这是首次航母战舰之间的较量，完全利用舰载机决定胜负，对于双方来说是公平的。远距离攻击，充分反映出双反战斗力。此役，日军损失一艘轻型航母，损失战机77架。美国损失一航母一艘驱除舰，损失战机66架，美国小胜。
此后，美国在航母战舰上出动舰载轰炸机偷袭东京，虽然这次空袭战果不大，但是足以引起日本举国震动。由此，在珊瑚海海战结束一个月后，日军大本营迅速拟定了攻击中途岛的作战计划，企图引诱美国海军太平洋舰队残存的战舰汇集中孤岛，一举而歼之。日海军必须孤注一掷，集中了全部主力战舰，与美国太平洋舰队决战。
如果日本海军能达到战役目的，那美国西海岸就会直接遭到日海军威胁。由于美国其余战舰都部署在大西洋，美国海军在短期内无法在太平洋实施有效反击。日本深知美国的军事潜力，美国巨大的工业制造能力一旦纳入战争轨道，日本几乎没有获胜的希望。所以日本期望在这种情形没有出现之前，逼迫美国坐在谈判桌前，迅速结束与美国的战争。
然而令人深感意外，此番中途岛大海战，美国海军创造了以少胜多的经典。6月5日至7日，短短3天时间双方浴血拼杀，日海军损失惨重。是役，美国海军损失了一艘航母，1艘驱除舰。147架飞机。日海军损失4艘航母，1艘巡洋舰，332架战机，阵亡3500人（包括上百名优秀的飞行员）。中途岛惨败，是日本海军驰骋大洋以来第一次毁灭性的失败。
中途岛海战惨败，沉重的打击了日海军的士气。海战的真实情况被隐瞒，当心情灰暗的日海军官兵回到东京湾海军基地，为了掩人耳目，还像模像样搞了一场盛大的庆祝活动。日海军即便隐瞒真相，但无情的现实是不会更改的，日海军主力航母战舰被击沉4艘，美日在太平洋的海军实力迅速拉近，战争的天平开始向美方倾斜，美日海军力量对比形成转折。
日本国民不知道真实情况，外人也不知道真实情况，可是作为冈村宁次心里非常清楚，中途岛海战的惨败，意为着帝国海军前途一片黑暗。而这个时候让他就任中国派遣军司令官，目的就是稳定中国战场的战局。冈村宁次在南京上任后，参谋长板横征四郎职务没有变。且不说日本海军遭到惨败，缅甸进攻失利，陆战同样令人忐忑，让日军雪上加霜。
此时，板横征四郎喋喋不休大骂海军无能。帝国把大量资金投向海军，居然出现如此惨败。如果把投向海军的资金分出三分之一给陆军，帝国陆军也不至于败绩连连，说不定中国大陆已经被攻占。看到板横征四郎义愤填膺的模样，冈村宁次不动声色、保持沉默。他心里清楚，海军惨败已经无法更改，在太平洋战场，日本海军由战略进攻转为战略防御已成定局。
中途岛海战美国大获全胜，已经不可能再回到谈判桌上，企图于美国快速结束战争已经不可能。下一步要与美国这个庞然大物奋战到底，然而鹿死谁手，冈村宁次心里明镜，日本唯一生存的希望寄托在德国人身上。可是德军在莫斯科城下的惨败，又让他心灰意冷，可是内心的真实想法又不能告诉别人。良久，冈村宁次道：“缅甸战役失利后，大本营制定了空中封锁的战略。”
“这个战略是可行的，在缅甸南部部署强大的空军部队，封锁印度至中国的陆路、空中运输线，最大限度阻止中国政府获得外援。可是情报显示，中国西部铁路已经通到新疆迪化，虽然这条运输线路程远但是安全。下一步美国会利用强大的空中运输能力由印度向新疆迪化运送军需物资。一旦中国政府获得大量军援，中国军队必然要进行大规模反攻。”
“岗村君，情报本部