日军5个师团对南京复廓阵地及城垣发动猛攻。中午前后，在日军猛烈炮火轰击下，日军攻破中华门，防守此处的第88师遂即撤走，南京失陷已成定局。当时大批逃难居民与溃退的散兵拥挤在街道上，城中秩序开始陷于混乱。南京守军已开始呈动摇态势。唐生智等决定改在当夜撤退。12月12日17时，卫戍司令部召集南京守军中师以上将领开会，布置撤退行动。唐生智出示蒋介石命守军相继撤退的电令（蒋介石曾在12月11日致电守军司令唐生智：“如情势不能久持时，可相机撤退。”），即由参谋长周斓分发了参谋处已油印好的撤退命令及突围计划。
本来南京国军司令唐生智在战前为了表示破釜沉舟的决心，并没有控制船只。但是唐生智突然在12月12日下令阵前撤退，从后面的结果来看，其所制订的撤退计划毫无可行性可言，并且根本就没有安排撤退船只，并且在撤退安排上带有很大的随机性，甚至也没有人通知担任督战任务的第36师。结果第36师为了阻止国军各部队撤退，双方还发生了交火。马嘶人喊，人员嘈杂，伤兵勉强拄着棍子也跟在后面。码头上的人如同热锅上的蚂蚁，就是没有船。幸亏第74军司令俞济时有路子找了1艘小火轮1次可以装300多人，经过12日1夜的忙活拉走了第74军的5000多人（后又有2000人归队），第88师第264旅的辎重营在下关控制着一批木船把第88师抢运出去2000多人，教导总队突围4000人，第36师突围3000-4000人（南京大屠杀60年祭专辑给出的国军突围撤退的数字是32144人），需要指出的是部分国军将领的提前逃跑更加重了撤退的混乱。
自行决定由下关渡江的军、师长大多未按命令规定的时间开始撤退，而是在散会后立即部署部队撤退。有的单位在接到命令前即已撤走。如卫戍司令部第2军团负责固守乌龙山要塞以掩护其他部队撤退和突围，应最后撤退，但徐源泉于12日下午即率其第41师和第48师从周家沙和黄泥荡码头乘坐其预先控制于该处的民船最早渡至江北，经安徽去江西整顿。乌龙山要塞部队在徐源泉部撤走后，也于当晚毁炮撤去江北。
有的将领只向所属部队打撤退电话，或回去安排一下撤退事宜就脱离部队，先行到达下关，随同卫戍司令部及第36师乘渡船先到江北。如71军军长王敬久、该军第87师师长沈发藻等根本未回指挥所；教导总队队长桂永清回到富贵山地下室指挥所后告知幕僚撤退任务，即留参谋长邱清泉处理文件等，自己单独先去下关；其第2旅旅长胡启儒得知撤退消息较早，不等会议结束，即以奉命去下关与第36师联系为由，电话通知其第3团团长代行旅长职责，独自先去下关。
由于城中各部队多沿中山路向下关撤退，而挹江门左右两门洞已经堵塞，仅中间一门可以通行，各部争先抡过，互不相让，不少人因挤倒而被踩死。如教导总队第1旅第2团团长谢承瑞，在光华门阵地上曾英勇地抗击日军多次冲击，却在挹江门门洞内被拥挤的人群踩死。有的将领，如第83军第156师师长李江见城门无法挤过，就从门东侧用绑腿布悬吊下城出走。
下关情况更为混乱，各部队均已失去掌握，各自争先抢渡。由于船少人多，有的船因超载而沉没。大部官兵无船可乘，纷纷拆取门板等物制造木筏渡江，其中有些人因水势汹涌、不善驾驭而丧生。因乌龙山要塞守军撤走，原停泊于草鞋峡、三台洞（燕子矶南）的“文天祥”鱼雷快艇中队（4艘）也于12日夜驰去大通，12月13日拂晓，日军山田支队未经战斗即占领了乌龙山；日海军舰艇通过封锁线到达下关江面，日军第16师团一部亦乘舟艇进至八卦洲附近江面。大量正在渡江的中国军队官兵被日海军及第16师团的火力和舰艇的冲撞所杀伤。宪兵代司令萧山令（唐生智撤退后由萧山令代理国家宪兵司令一职）指挥未渡宪兵，辗转冲杀，终以弹尽援绝，力竭阵亡，以自己的义举，实现了“誓与南京共存亡”的诺言。日军攻陷南京之后，在南京城区及郊区对平民和战俘进行的长达6个星期的大规模屠杀、抢掠、qiáng_jiān等战争罪行。
与此同时，日军各师已分由中山门、光华门、中华门、水西门等处进入南京城内；原在镇江的天谷支队已渡过长江，正向扬州前进中；国崎支队已至江浦，正向浦口前进中。已渡至江北的中国军队沿津浦路向徐州方向撤退。
12月14日，根据中国大本营的指示，唐生智在临淮关宣布南京卫戍司令长官部撤销，撤至江北的卫戍军部队改隶第三战区。南京保卫战基本结束。
但是赵星星和他的大部队并没有就这样离开，而是继续留守南京城，并且和日军打起了巷战。
当确定了华夏国军真的是全面大溃退后，以及日军进行南京大屠杀后；赵星星才开始出动他的机械化部队，坦克和飞机一起上。
面对突如其来的强经典攻击，日军一时间被打的落花流水，死伤惨重。
而那些身受大屠杀的南京市民，则是热泪盈眶，对赵星星河他的部队是又惊又喜。
因为赵星星他们救下了成千上万南京难民，免受北杀，和糟塌。
所以很多人都和他们一起并肩作战，就连那些女人也是如此。
经过一而过月的孤诚苦战，南京保住了，日