赦令一出，果然收到奇效，第二天曾经率领东宫、齐王府卫队攻打玄武门的冯立、谢叔方等人，从逃亡的路上掉头回长安自首了。连钻进终南山的薛万彻，也在世民屡次遣使宣谕的诚意感召下，从山里走了出来。
其他人一看当初与世民激战玄武门的人都能得到赦免，知世民确实心胸宽广，于是纷纷投案，而各地本想抓捕余党的行动也被世民制止了下来。
之后世民见了魏徴，与其交谈中发现此人谈吐不凡，不卑不亢，果然是个人才，于是按照子轩说的将他留在身边重用。同时也启用了原东宫属人王珪，韦挺等人，这些人都在后来的贞观时期成为了一代名臣。
武德九年六月七日，李渊正式册封李世民为皇太子，并下诏重申：“至今日起，无论军事，政治及其它一切大小政务皆交由太子裁决之后再行奏报。”
世民如愿以偿地入主东宫，并于六月二十一日开始组建自己的东宫班底：宇文士及为太子詹事，长孙无忌，杜如晦为左庶子，高士廉，房玄龄为右庶子，尉迟敬德为左卫率，程咬金为右卫率…...随后又迅速提拔了原太子集团的骨干人物，任魏徴为东宫詹事主簿，任王珪和韦挺为谏议大夫。这样既表现出世民既往不咎的政治和解姿态，又表现出他即将成为一代帝王的宽大胸怀。
子轩搬到东宫之后一直陪世民住在丽正殿，后背的伤势已见轻，只是时常觉得浑身乏力，胸口发闷。（作者注：历史上陪世民住在丽正殿的是长孙皇后，本文为了情节需要黑化了一代贤后长孙无垢，请各位读者且莫当真。历史上的长孙皇后是个胸怀宽大之人，与李世民真心相爱，并且帮助世民做了很多事，贞观时期跟魏徴一起劝谏皇帝，绝对做到了母仪天下。）
丽正殿被世民布置得十分温馨，他希望营造这样一个环境来缓和子轩失去亲人的伤痛。似画经常将李治抱来给她看，李恪也常常围绕在床边“母妃，母妃”地叫着。子轩看到两个孩子心情好了很多，虽然她没能救下一心爱她的建成，又失去了至亲至爱的姐姐，但是她还有世民，还有孩子。两个孩子粉嫩的小脸、清澈的笑容冲淡了玄武门的血腥之气。
世民初为太子，需要处理的事情很多，但他每晚都会回到丽正殿陪着子轩。哪怕她已睡下也会和衣躺在她的身边静静地看着她许久，盼望她早日康复。
这一天傍晚，世民回到丽正殿，见子轩正和似画一起逗着治儿。似画见世民回来，赶紧抱着治儿退了下去。子轩笑着问他；“世民，吃饭了吗？”
“还没有，想回来与你一起吃，我已让秋实去备了。”世民拉起她的手，关切地问：“伤势好些了吗？”
子轩温和地笑了笑，“我没事，不用担心，这几日朝中的事很忙吧？”
世民答道：“是啊，是很忙，我做了几件事。第一是废除了父皇此前发布的宗教改革令。当时我就觉得父皇这么做不对，怎么可以为了减少财政负担而令各地大量拆除寺庙，强迫几十万僧侣还俗。”
子轩点头道：“这个裁汰令本是对国家有利的，但是你父皇做的过急，容易引起佛、道中人强烈的不满，从而引发社会动荡。”
世民又接着说：“我做的第二件事便是释放宫中豢养的各种飞禽走兽，罢停各地进贡的奇珍异宝；同时广开言路，令百官畅所欲言，各抒己见，使他们的想法有机会直达天听。”
子轩看着他笑道：“能听取各方意见是明君所为。”
世民受到了鼓励，继续说道：“我做的第三件事便是放归掖庭宫宫女三千，让她们各自回到家乡择夫而嫁。”
“这是为何？”子轩问。
世民搂过她说：“我们如此恩爱，却让那三千宫女独守空闺，按你的话说就是太不人道了。”
子轩说：“你这三项政策好是好，但无异于给你父皇一记重重的耳光。这些都是武德时期的弊政，一下子全改了，让你父皇颜面何存？”
世民道：“你不是说我即将成为皇帝，应以天下为重，既然是弊政，当然要及早除去。我不应只在意秦王府众人的感受，又怎么能因父皇一个人的感受而置天下人的感受于不顾呢？”
“也对……”子轩正说着，突然剧烈地咳嗽起来，咳得她几乎喘不过气来。
世民拍着她的背，帮她顺着气，“子轩，这是怎么了？好点了吗？”
子轩摆摆手，“我没事……”可话还没说完只觉得喉头一阵腥甜，一口鲜血涌了上来，竟吐了世民一身。
世民惊愕地看着子轩，“子轩，这是怎么回事？后背的伤不是已经见好了吗？”
子轩也不明所以，“是见好了，伤口都已经开始结痂了，只是最近一直浑身无力，胸口发闷。我也不知道是怎么回事，也许是姐姐离世太过伤心所致。”
世民道：“这怎么行，要请个御医来看看。”
子轩点了点头。
晚上，御医从丽正殿走了出来。
世民急忙上前问道：“杨妃怎么样了？”
御医答道：“杨妃此刻已睡着了。”
“她到底为什么会吐血？”世民追问道。
御医道：“回殿下，杨妃吐血乃是此前受杖刑所致。”
“杖刑？杖刑的伤不是已经结痂，不是已经见好了吗？”
“殿下，外伤是好了，可是背部所受的杖刑已伤及五脏六腑，所以杨妃才会吐血。”
世民道：“