第二，张居正专权。张居正自从正式担任内阁首辅后，所有的权力一把抓。不但在内阁说一不二，而且开始插手其他衙门机构的事务。张居正的强势虽然让一些人畏惧，但是更加让大家开始厌恶和反感张居正。张居正已经成为了大家的目标，所有的人开始猜测张居正的结果。张居正要求各级衙门特别是在京的各个衙门必须定期想自己做汇报，任何一件大事都必须让自己第一时间知道并由自己亲自决定。虽然内阁名义上是最高衙门，就算是六部衙门也需要在内阁的指挥下办事，但是六部衙门历来是只听从自己衙门一把手尚书大人的。可是张居正当上内阁首辅后，直接越过六部尚书管理六部衙门事务，几乎架空了六部尚书。这种做法不但引起了六部尚书等人不满，也让大家觉得张居正太过了。可是张居正一点也不觉得自己做错了，他觉得自己帮六部尚书做了不少事情，六部尚书还要感谢自己。多次在给秦泰的书信里面，张居正提到自己事情多看得六部尚书太清闲，其实当时秦泰就已经察觉到不对劲了。张居正这样霸着权力不放手，将来会给他自己带来许多的麻烦。
官场上的事情不能只看表面，有一句老话叫“不干不错，越干越错。”当年三国时期的诸葛孔明就是这样一个人，他担任蜀国丞相的时候，不但事必躬亲而且管的事情特别多。他总觉得别人干不好，自己做了才放心，所以就连一个地方任命一个仓场官员也需要亲自过问。事多心烦导致诸葛亮身体每况愈下，其实诸葛亮是被自己累死的。死后大量事情没有人处理，大家手忙脚乱了好久，更多的事情爆发出来。要是诸葛亮还活着的话，他要为这些事情承担后果，可能又要再一次自请降职处理了。张居正也一样，管的事情多了不但忙，而且出了问题直接责任人就是张居正。张居正干好了大家谁也不会感激张居正，但是一旦出事的话张居正就是最倒霉的一个，谁叫他是内阁首辅又是一个爱事必躬亲的一把手呢。
第三，就是越权。张居正插手了历来历任内阁首辅都不敢插手的皇家事务。就算是和嘉靖皇帝朱厚熜关系最好的前任内阁首辅严嵩，也不敢直接过问皇家家事。而这个自幼有神童之称的内阁首辅张居正却要硬是插手皇家事务，更要在大庭广众之下不给皇帝留面子。这已经不光光是失了君臣礼数的问题，而是真正的越权问题。秦泰听黄锦说过一件事情，秦泰听了后一直未张居正担心。万历七年小皇帝因夜与宦官张鲸游玩时行为不检，遭到李太后训斥，张居正为皇帝写了罪己诏，由此埋下日后的祸根。又有一次小皇帝在读《论语》时，误将“色勃如也”之“勃”字读作“背”音，张居正厉声纠正：“当作勃字！”声音太大，吓得小皇帝惊惶失措，在朝的大臣无不大惊。沈德符在《万历野获编》中说：“（张居正辅政）宫府一体，百辟从风，相权之重，本朝罕俪，部臣拱手受成，比于威君严父，又有加焉。”晚年张居正的权势之大，连皇帝都有所忌惮，其父病逝，他奉旨归葬，坐着32人抬的豪华大轿，内附有清洗排泄等设备，吃饭时菜肴过百品，“居正犹以为无下箸处。”。通州县知县张伦拍足张老太太马屁，老太太对张居正说：“一路烦热，到了通州一憩，才有如游清凉国。”张居正提拔张伦为户部员外郎。对于晚年的生活有人指责其骄奢、专权，两个儿子分别中状元、榜眼，为世人非议。明士大夫素有议政传统，但张禁止批评时政。张居正为统一思想，维护官方程朱理学地位及统治阶级利益。下令禁毁各名山书院。自王守仁（亦称王阳明）创立心学，经数十年发展，部分激进者否定封建秩序，宣扬人****如何心隐、李贽等。
最令秦泰想不到的事情是张居正竟然干涉小皇帝娶老婆的事情。不顾小皇帝和太后的反对，硬把一个要相貌没相貌，要学问没学问，出身、品德等等都一般的女孩子扶上皇后宝座。这一行为不但让大家知道了张居正这个内阁首辅的霸道，更让皇家的人看清张居正的权力野心。就算是一个孩子的亲生父亲，也不能这么不管不顾地给自己的孩子订下亲事，何况结婚对象是小皇帝，一个将来的乾纲独断的人。张居正这么做不但害了一个无辜的女孩子，更让小皇帝从心底恨死了这个对他有恩的老师。《明神宗实录》说张居正：“性沉深机警，多智数。……及赞政，毅然有独任之志。受顾命于主少国疑之际，遂居首辅，手揽大政，劝上力守（行）祖宗法度，上亦悉心听纳。十年内海寓（内）肃清，四夷詟服，太仓粟可支数年，冏寺积金至四百余万，成君德，抑近幸，严考成，综（核）名实，清邮传，核地亩，询经济之才也。……惜其偏衷多忌，小器易盈，钳制言官，倚信佞，方其怙宠夺情时，本根已断矣。威权震主，祸萌骖乘。何怪乎身死未几，而戮辱随之。”其中“威权震主，祸萌骖乘”可以道出为何张在身后即招致灭族之祸。张居正本人经常对下属说：“我非相，乃摄也。”
不守孝道，不敬尊长是张居正的私德有亏，专权是张居正热爱权力的表现，越权是张居正权力yù_wàng的结果。历来每一个读书人都以修身、齐家、治国、平天下为宗旨的。张居正这样修身不明、齐家不严、治国不利、平天下不行，将会给自己和家人带来极大的麻烦。张居正不可能一直当