海瑞把自己关了起来，想着赵贞吉的话，想着这个国家和朝廷的根源问题。最后海瑞总结出一个道理，之所以严嵩父子敢于明目张胆的侵吞国家资产，大家结党营私，主要是当时的皇帝嘉靖皇帝朱厚熜一心学道，不理会朝政的结果。要是嘉靖皇帝朱厚熜花一半心思处理国家大事的话，严嵩父子就不敢这么做。所以海瑞给嘉靖皇帝朱厚熜写了一份奏章，明面上是指责朝廷有大贪官，危及了国家政权和老百姓的基本利益，其实是在指责嘉靖皇帝朱厚熜听信奸臣，放任奸臣把持朝政危害江山社稷。海瑞等于把嘉靖皇帝朱厚熜和严嵩父子一起给骂了。嘉靖皇帝朱厚熜到那果然不答应了，立即下令抓捕海瑞入狱，并让大家给海瑞按上一个合适的罪名。要是轻了的话，嘉靖皇帝朱厚熜觉得不解恨；要是重了的话，朝廷和嘉靖皇帝朱厚熜的名声都不好。朝廷为什么会任用这么一个有大问题的人当官呢？难道是大家都有问题？还是大家都是一群有眼无珠的人？嘉靖皇帝朱厚熜也瞎了吗？可以大家几次议论，都没有一个合适的答案。其实大家心里觉得海瑞说的不错，只不过海瑞的话太直接了，一点面子也不给嘉靖皇帝朱厚熜留下。
就在嘉靖皇帝朱厚熜准备处理海瑞这个不忠不孝的家伙的时候，秦泰带着一大群禁卫军闯西苑。秦泰比海瑞聪明多了，他抬出历代先帝的画像和灵位，想用代先帝教训后代子孙的方式，直接教训嘉靖皇帝朱厚熜。嘉靖皇帝朱厚熜当然不敢亲自去接驾，更不敢当众被秦泰教训。秦泰也很聪明的把自己的意思转达给了嘉靖皇帝朱厚熜，让嘉靖皇帝朱厚熜明白了自己的处境和错误。嘉靖皇帝朱厚熜决定不再追究秦泰的无礼，当然也顺带着免了海瑞的不敬之罪。
不久之后嘉靖皇帝朱厚熜死了，秦泰和海瑞都有一定的责任。所以秦泰被赶回老家，罢免一切职务；海瑞也被降职，留在工部当一个监工。一年后隆庆皇帝秘密召见了海瑞，问了一些话之后，海瑞依然回到了工部。不过海瑞好像转运了，不但官复原职依然是六品官员，而且被指派为工部督造，监督工部下属工程的营造。隆庆皇帝也暗示海瑞，一旦朝廷需要海瑞的时候，海瑞要像一把出鞘的利剑一样，用自己的锋芒震慑群妖，保护大明江山。
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