吴三桂反叛的消息传到盛京之时，刚刚达成协议推举福临做皇帝的多尔衮，气得嗷嗷大叫，一口气杀了三十余名汉官。罢黜了百余名人，撤消了汉军将领，统由满人担任将军。加强各军种训练，厉兵秣马准备来年开春一战。
春风得意的吴三桂，再次统领十五万明军进攻山西。利用地形地势，采用围点打援，逐步推进的方式。步步为营，逐次推进，占领一地治理一地的方针，用了两个月的时间，即将李自成困于太原城中，公元一六四五年三月，经过三个月的围城之战，太原城破，李自成战败后自此不知所踪，中原再次回归到了朱家天下。吴三桂打下山西之时，一场阴谋再次上演。一封呈递到朱慈烺案头的信件成了这场阴谋的导火索，信件来自满清。用的是中原的繁体字，字体清秀。内容即是清摄政王多尔衮嘱托吴三桂夺下河北之地，开关放清军入关。落款为清摄政王多尔衮、济尔哈朗，但却没有印章。看上去属于私人信件。信是由洪承畴擒获的满人身上搜出来，八百里加急送至南京。朱慈烺看着日期和落款，沉思了许久，才问史可法：“此事爱卿如何看？”。
“回陛下，臣下以为，此信不可信。乃是满清鞑子用的离间计”。
“陛下，臣下以为不然。吴三桂原本是华夏军官，领兵半万，不思皇恩。早在先皇时即与先皇、李自成、吴三桂、满清鞑子暗中往来。为华夏神皇所驱逐，先降清，助鞑子进战山海关，袭扰我北京祖地。因谏言献策有功，被鞑子皇帝册封抚远大将军，领兵部尚书，汉军统领。已是位极人臣，却在我大明复国之时翻然背叛先主，投靠我朝。足见此人心术不正，信看似有些做假之嫌，这也正符合让截获之人误以为造假。而不去追究”。一名文官出列说道。
接下来更多的文人出班弹劾吴三桂，史可法看到这里不由得摇了摇头，出列道：“陛下，光凭这些从未上过战场的腐儒一面之词，妄断朝中大将，乃是兵家大忌”。话音刚落，一名文官出列愤然道：“陛下明见，忠臣不事二主。而这吴三桂居然事三主，与我中原德相悖，其是蛮崽，受番外教化，亦非我中原传承。先祖有令，以文治军，武不可为帅”。
争吵持续了整整三天，朱慈烺也没最后给个结论。但架不住文臣集团一轮又一轮的进谏，尤其是死灰复燃的东林党人。半个月后先是史可法被削职为民，接着是吴三桂被以商议国家大事为由，回南京议事，北地都御史暂由史可法代领。
丝毫未曾察觉的吴三桂刚一过江，即被捉拿下狱，交由大理寺候审。跟随吴三桂入京的部将张勇找了一个空档逃出了南京，回到山西，召集吴三桂原来部将，以李本深为统帅，领兵二十万，以清君侧为名，从太原起兵南征。在石门大败前来拦截的洪承畴，追赶着残兵败将一路南下，与商丘遭遇史可法拦截，经过两天的大战，史可法大败。李本深再次收降兵七万，兵分三路南下。张勇在合肥大败明军，占领合肥，李本深在徐州重创由文安之这个进士出身文官领军的十万南明军，收降南明军四万人，进战徐州，追赶残兵，攻占了滁州，陈兵江北，另一路由王屏藩领军，在淮安重创明军，挥师南下，先后占领盐城、泰州、在扬州与李本深合兵一处。采用吴三桂在传授的抢滩登陆之法，强行过江。与在铜陵过江的张勇合围南京，要求释放吴三桂，否则发起对南京的进攻。
就在兵围南京之时，多尔衮也对山海关发起了进攻，怎奈有华夏陆军镇守于此，在城下扔下数万具尸首撤回了盛京，多铎被华夏榴弹炮炸得尸骨无存，多尔衮的左臂也被华夏军炮火炸断，一颗仇恨的种子也就此种下。中原的内乱华夏驻军按照保护国的原则没有干预，也不想干预。甚至两方在徐州交战时，华夏驻军就在城头上举着望远镜观战，对吴三桂训练的军队和明军进行了点评。从吴三桂的兵马行军步阵，作战组成和作战方式看，也是深得华夏军精髓。明军还是老一套方式，不败才怪。
公元一六四六年六月七日，困在南京城如热锅上蚂蚁的朱慈烺为兵部侍郎张瑾瑜刺杀，释放了在大理寺牢狱中奄奄一息的吴三桂，开城放大军进城。李本深在看到昏迷中的吴三桂时，雷霆大怒，下令诛杀了三百余名朝官。三天后吴三桂方才在精心治疗下醒转了过来，一个月后在众人推举下登基为帝。定国号为大周，定都南京。发布檄文，历数明王朝种种不是，安抚各地守军。经过吴三桂多次劝降，史可法在池州接受招降，洪承畴在开封接受投降。吴三桂相继派兵三十万征讨各地不臣及叛乱。
刚刚上任的吴三桂做得第二件事即是向华夏递交国书，申请宗属国地位。得到的条件依旧是废儒，吴三桂想都没想即签署了宗属国条约。在全国范围内废儒，以法治国，以道立民，实行全民义务教育。将上海设为自由贸易区，承认南明王朝签订的租界条约。
吴三桂条约刚一签订，即受到了洪承畴、史可法等人的强烈反对。他们的核心思想就是：德可约行，何来法哉？全民义务教育，读书为何？。
吴三桂毕竟是华夏自小教育出来的人，见过大世面，观