京城学府的前身是京师大学堂，1898年12月正式开学。当时的京师大学堂既是天朝的最高学府，也是天朝最高的教育行政机关。1912年5月京师大学堂改名为京城学府。1917年，著名的科学家、教育家、民主主义革命者蔡元培先生出任校长，使京城学府的面貌发生了根本的变化。到1919年，京城学府发展成为一所拥有14个系，2，000多名学生的大学，是当时规模最大的高等学府。
1919年天朝爆发反帝反封建的“五四”运动，京城学府是“五四”运动的发祥地。
抗日战争时期，京城学府曾先后南迁长沙和昆明，与清华、南开，共同组成西南联合大学。
1966年开始的“文化大革命”给京城学府带来了深重的灾难。1977年，随着高考制度的恢复，京城学府进入了一个新的发展时期。1984年，学校设立研究生院，研究生教育进入蓬勃发展阶段。
至今，成为天朝最著名的学府之一。