一次朱元璋便服外出私访，在街上猜灯谜处听到一人在解释谜底，内容是讥讽马皇后的一双大脚。旁边还有人说：”老头儿的皇后是个贤后，她那双大脚帮他稳坐江山呢！”太祖听了怒气冲天，回到宫中向马皇后说起此事，决定要处死取笑皇后和叫他老头儿的那些人。马皇后劝说：”当初你在怀远打仗，兵败负伤，追兵赶来，你难以行走，若不是我这双大脚背负你逃到山中躲藏，你怎有今天。我这双大脚素有名气，当时的军中，人家叫我大脚婆，你也并不生气。我有这双大脚引以为荣，如今，你却为此生气，又何必呢？”朱元璋听了马皇后这番话，怒气就消了许多，于是从轻发落了这些人。
马皇后身为女知识分子，除了仁慈宽厚之外，还有更深刻的一面。明朝将领攻克了元朝的首都后，把缴获的金宝美玉送回南京。朱元璋看到这些宝物喜形于色，马皇后却在一边泼凉水：“元朝有这些财宝却不能保住国家，我想，大概真正的帝王们另有其他宝物吧？”朱元璋一愣，沉思片刻，说：“我懂了，皇后的意思是人才是宝。”马皇后接着说：“陛下说得对。
我与陛下从贫贱出身而能有今天，我常担心骄横纵恣由奢侈而生，国家危亡皆细小之处而起，所以希望广召人才以共同治理天下。”马皇后接着又说：“法屡更必弊，法弊则奸生；民数扰必困，民困则乱生。”皇帝一听，真是至理名言呀，马上叫来女史录入史册。
在她生命的最后关头，她还是进谏不止。洪武十五年（1382年）八月，马皇后得了重病，卧床不起。皇后知道朱元璋的坏脾气，害怕治不好而连累医生，竟坚持不肯服药。弥留之际，朱元璋问她还有什么话讲。她说：“愿陛下求贤纳谏，慎终如始，子孙皆贤，臣民得所而已。”
史书上还说，马皇后出殡那天，南京百姓几乎倾城而出，自发为她送葬。时值盛夏，史载那天忽然电闪雷鸣，下了一场瓢泼大雨，那扶老携幼的万千百姓在大雨中恸哭，竟然没有一个回家躲雨的。
然而，自从马皇后死了以后，朱元璋愈加孤独，脾气也越来越暴躁，打大臣的屁股更频繁了，大臣们的脑袋也更容易掉了。那些倒霉的大臣宫女妃嫔，恐怕比朱元璋更加想念马皇后。
马氏作为一个平凡女子，生在乱世，有胆有识，在艰难逆境中帮助朱元璋成就大业；在大富大贵时，不奢不骄，始终不忘民间疾苦，不改勤俭本色，并用自己的言行来规劝、影响皇帝朱元璋，做出极不平凡的业绩。马皇后对后世影响极大，明、清诸后乃至命妇民妇皆以其为楷模，争相仿效。