虽然战乱纷飞的初平二年（191年）已经过去了，但是对这个战乱的年代，诸侯争霸、地方割据每时每刻都在发生，就在关东群雄虎视眈眈的时候，远在长安城的朝廷之中也是阴云暗布、暗流激荡！
董卓回到长安后，威福更盛，盗用天子车服，并命尚书以下众官有子皆至其相府禀报。又以其弟董文为左将军，从子董璜为侍中、中军校尉，皆典兵事。大封其宗族，董氏襁褓中婴儿皆得封，男皆封侯，女为邑君。于长安筑郿坞（今陕西眉县东北），高、厚各七丈，其中积谷可用三十年。董卓又残暴好杀，诸将稍有言语差失，立即处死，又以叛逆之名，大杀关中旧族。其倒行逆施引起朝臣强烈不满。
而征讨董卓的斗争并没因为以袁绍为总盟主的关东联军撤退的停止，更是在关东诸侯在中原之地大打出手的时候，长安城中针对董卓的刺杀也是层出不穷。
其中，越骑校尉伍孚对董卓的倒行逆施十分痛恨，发誓要亲手杀死董卓。一天，伍孚身藏佩刀，前来拜见董卓。交谈完毕后，伍孚便告辞离去。董卓起身出门相送，用手轻轻拍着伍孚的后背，表现出极其亲切的样子。伍孚瞅准机会，猛地抽出佩刀向董卓刺去。由于杀人心切，用力过猛，失手没刺中要害。董卓大惊，慌忙奋力反击，并急呼警卫出手相救，这才脱离危险。伍孚在与警卫斗争过程中，由于寡不敌众，被乱剑刺死。事后，董卓大骂伍孚包藏祸心，不讲仁义。
初平三年（192年）四月，司徒王允、尚书仆射士孙瑞与董卓的亲信吕布共同密谋诛杀董卓。之前，王允先后与司隶校尉黄琬、尚书郑公业、执金吾士孙瑞等人多次商议诛杀董卓的事情。
王允与士孙瑞、杨瓒借登台拜神为名，又一次秘密商量废除董卓的事宜。士孙瑞说：“自从去年年底以来，太阳不照，淫雨不断已达六十多天，我们应该让这种不利国家和老百姓的时期尽快结束。现在，时机大好，我们正可趁天下沸腾之际，主动采取措施，消灭罪魁祸首！”
士孙瑞意在提醒王允可借天时地利人和之机除掉董卓。王允同意士孙瑞的意见，可是考虑到董卓平时戒备森严，而且他本人武力过人，如果不采取周密措施，恐怕不易得手。于是，王允便物色了董卓的亲信吕布作内应。
而吕布年青勇猛，武力超群。起初董卓对他深为喜爱和信任，收他为义子，并提拔他担任骑都尉。后来，董卓又迁吕布为中郎将，封他为都亭侯。董卓把吕布当作自己的贴身侍卫。不管董卓走到哪里，吕布总是形影不离，负责保护董卓的生命安全。
一次，吕布不小心得罪了董卓，董卓大怒，随手抽出刀戟向吕布掷去，幸亏吕布，才得以幸免。当时，吕布并没直接顶撞董卓，而是立即向他谢罪道歉，董卓便不再追究，以后也根本没把这件事放在心上。[
可是，吕布却从此心怀私恨，虽然貂蝉已经嫁给了魏延，但是生性fēng_liú的吕布又与董卓的婢女私通，心中十分不安。王允把诛杀董卓的计划告诉吕布，并要求他充当内应。起初，吕布不同意，他说：“奈何（我和他）如同父子一样！”王允开导说：“你姓吕，他姓董，又不是骨肉亲情。况且董卓现在是人人得而诛之的国贼，你难道还认他作父亲吗？他向你掷刀戟的时候，把你当儿子看待吗？”不过这吕布也是生性凉薄之人，在此前更是有杀死自己义父丁原丁建阳的前科，此时在王允的敦促下，吕布最终就是顺阶而下的答应了。
在一切准备就绪，正好逢上皇帝大病初愈，朝中文武大臣都集会于未央殿，恭贺天子龙体康复。吕布借此机会，事先安排同郡骑都尉李肃等人带领十多名亲兵，换上卫士的装束隐蔽在宫殿侧门的两边。董卓刚到侧门，便遭到李肃等人的突袭。董卓大骇，慌忙向吕布呼救。吕布正襟危坐，大声道：“我们是奏诏讨杀乱臣贼子，你死有余辜！”绝望中的董卓虽然奋力反抗，但已济于事，当场被杀，并诛连三族。
在董卓被杀，朝廷上下一片欢腾。董卓祸国殃民的行径，激起了天下人们的极度痛恨，铲除董卓，不仅顺应时代潮流，而且合乎天下民心。它的意义不仅仅只在于谋杀董卓一名国奸臣，而且还深刻影响着东汉末年的历史进程。司徒王允，用自己对朝廷的赤诚和一身正气赢得了铲除董卓斗争的胜利和世人的称赞。董卓被杀后，王允“录尚书事，总朝政，遣使张种抚慰山东”。
作为诛杀国贼的首要功臣，王允自然少不了朝廷的嘉赏和广大人民的称赞。于是，王允态度开始发生改变，似乎有些飘飘然起来：“连董卓这样不可一世的大奸贼都死于我的手下，我还有什么可惧怕的呢？”他便对任何人、任何事情都所谓，毫不在乎，甚至居功自傲。“及在际会，每乏温润之色，杖正持重，不循权宜之计，是以群下不甚附之。”每当群臣集会，王允很少像以前那样和大家心置腹，共同商讨权宜之计，而是正襟危坐，面和悦之色。慢慢地，群臣也不再像以前那样崇和拥护他了。
董卓死后，王允在如何安排和处理他的旧部时，反复常，态度极不慎重，而这正是王允最后走向灭亡的最重要和最直接的原因。
他先是想全部赦免董卓的部下，可继而又对群臣解释说：“本来，他们是没有罪的，只是身不由己，跟随董卓，所以不得已听从