随后大军行至三河关受阻，三河关为佛坪县大河坝乡三河口村，蒲河、汶水河、椒溪河汇合处，关隘在三河口大坝处，三河关把总陈玠琦拒不投降，且三河关大部分人皆姓陈，都算是家丁，一呼百应，加上关口墙、垛均为石头砌成，地势又利，易守难攻，三水汇合之地，河道纵横，沼泽遍地，大军又不好展开。
高迎祥率部攻了四天才攻破关口，但是三河关把总陈玠琦派人去给正在西安操练兵马的孙传庭送。
此时的距孙传庭到任还不到三个月，手上的军队也只有离京时的三千人，在接到求救文书后，决定一方面立刻派人前往洪承畴、卢象升处求援，一方面派人继续探查高迎祥接下去的进兵路线，准备等待洪承畴大军一起擒住这个贼首。
而洪承畴在接到孙传庭的求援以后，立刻率大军前往西安救援，并派遣了贺人龙为前锋。
孙传庭汇合贺人龙部，兵出西安，他料定高迎祥要走这条道，亲率一万精兵，以逸待劳，布下埋伏，早已等候多时。
他们仇人相见，啥也不说，抽刀便砍，一开战就是好几天，流寇不敌，最终高迎祥的军队被包围。
名将孙传庭真不是等闲之辈，吩咐手下，竖起一面白旗，和一面红旗对敌军进行分化瓦解，愿意投降的可以去白旗那，愿意打的去红旗那送死。
这招瓦解敌人的招数果然有用，高迎祥在黑水峪虽然奋勇抗敌，终究是大败，全军覆没。
孙传庭，初任陕西巡抚，主要任务就是剿灭流寇，而这位孙传庭仿佛就是高迎祥的克星，孙传庭到任之后，重新组建军队，在榆林镇招募乡勇，组建了秦军。
这支军队只经过短暂的训练，开赴战场，却展现了强大的战斗力，成为与关宁铁骑等齐名的精锐部队，而且孙传庭下决心稳定陕西局势，恢复生产，其首要任务就是剿灭流寇。
但是令人意外的情况出现了，这就是孙传庭经过短暂训练的这一支军队，居然爆发出强大的战斗力，跟高迎祥他们的身经百战的流寇精锐军队，居然不相上下，双方在子午谷附近，杀了一个天昏地暗。
高迎祥他的大军本来就是丧家之犬，一直被人东赶西赶，现在更是走投无路了才寻思量冒险，偏偏他们又不走运，遇上了天下大雨，缺粮缺的厉害，结果他们被孙传庭大军打了一个措手不及。
高迎祥他的大军都被对方给冲散了几次，好不容易集结起来，也都被孙传庭使用大军把他们的冲散，后来高迎祥他与主力部队都失散了，与十几个手下走进了一个山洞里，结果被追赶上来的明军发现，直接就把他给生擒了。
高迎祥的被生擒，给这支军队以致命的打击，本来流寇大军因为主帅还在他们还在苦苦的抵抗，但是因为高迎祥的被生擒，他们顿时就没有了士气，这支五万人的大军，不是投降了，就是逃进了山里，这逃进山里面的，就包括李自成和罗汝才等等。
可以说高迎祥他这一次冒险的举动，给自己带来了灭顶之灾，致命的危机，也把他这一支好不容易才从中原逃出来的流寇大军，陷入万劫不复之地。