接着，张献忠在土地岭休兵三天，将夺得的大批粮食、骡马和各种军资运走，随后他自己也回到大昌和巫山交界的大山中，派出一支骑兵去归州界上迎接罗汝才。虽然罗汝才已经听从了他的劝告，发誓不再投降，但是张献忠对罗汝才不敢完全相信，所以必须赶快将罗汝才接回，在杨嗣昌来到夔州之前，一起奔往川北，寻找机会回到陕西，免得被包围在夔、巫之间的万山丛中。
可当十天后，罗汝才赶到时，张献忠却意外地得到了罗汝才截获的官军的一封塘报。而在这封塘报中，张献忠他们得知：秦良玉亲率三万石砫将士从重庆今夜东来，驰援大昌和夔州，约于二十二日可以开到。
九月，张献忠和罗汝才的农民军突击大宁境内的要冲竹菌坪，秦良玉和张令率部阻截。张令中箭阵亡，所部溃败；秦良玉的白杆兵负隅死战，几乎全军覆没。
老太太带着少数残卒逃回老家，从此固守乡土，不再出兵作战。秦、张两部失利后，其余川军更加不堪一击。张献忠和罗汝才经达州（今达县）、巴州（今巴中）一路向西，于十一月中旬渡过嘉陵江，攻克了川北重镇剑州（今剑阁）和梓潼，转而向南直逼成都。
张献忠、罗汝才流动入川，造成明朝上下一片混乱。杨嗣昌不得不离开襄阳大本营，于八月起亲自入川追剿。但他的行营和本标辎重沉冗、人员庞杂，在四川泥泞的山道上进展迟缓，根本追不上迅疾如雷电的农民军，在各处负责堵截的川军又无力抵挡。
农民军在四川长驱直入，如过无人之境，编了个歌谣说：“前有邵巡抚（邵捷春），常来团转舞；后有廖参军（四川监军道廖大亨），不战随我行；好个杨阁部，离我三天路。”杨嗣昌一面抱怨川军无能，“蜀兵之脆，将领之愚，至不堪言”，一面急调湖广、陕西各路部队入川。
但左良玉抱定了不损失自己实力的主意，对接连八次命令拒不执行，后来干脆带上部队进入陕西兴安（今安康），远远地避开农民军。陕西的贺人龙等部也拖拖拉拉，不想入川作战。最后被逼无奈终于入川，打了几次败仗，就再也不敢同农民军正面接触。
而朝廷中四川籍的官员和四川的地方官却为了张献忠的这次入川大肆诋毁杨嗣昌，说他为了保护自己的家乡（杨为武陵人，明代属湖广省）故意驱敌入蜀，以邻为壑。
杨嗣昌连日在山间奔簸，得到的却只有前线不断失利的坏消息和四川官绅的恶言恶语，真是气极败坏。他把失败归罪于川、陕等处的官军，攻劾他们堵剿不力。
为此，对杨嗣昌绝对信任的崇祯皇帝把邵捷春逮捕治罪，最后斩首于西市。陕西总督郑崇俭被革职，后来也被问成死罪。但就在明朝方面一团混乱的时候，张献忠和罗汝才却连克什邡、隆昌等川中、川南州县，于十二月初攻陷了川南的重要城市泸州。接着又返师向北，破仁寿、逼成都、陷德阳，绕道川北东渡嘉陵江，在崇祯十四年初拿下巴州、通江，最后沿着长江北岸胜利出川，重新回到湖北。