第二日，福长安上折劾大纪诡诈，深染绿营习气，不可倚任。兼且另有法、牟利等诸多诸罪状，并及攀龙陈战状不实。
上谕来得也快，不足二十日，就宣旨到了台湾府城，福长安摆下香案跪听上谕：
“大纪驻守诸罗，贼百计攻围，督率兵民，力为捍卫。朕谕以力不能支，不妨全师而出。大纪坚持定见，竭力固守，不忍以数万生灵委之於贼。朕阅其疏，为之堕泪。福长安乃不能以朕之心为心乎？大纪尝奏贼以车载枪攻城，今福长安言得贼攻城大车，又委弃枪，为我军所得，足见大纪前奏不虚。大纪又奏县城食尽，地瓜、花生俱罄，以油糁充食。当时义民助饷，未必遽至於此。但大纪望援心急，以食油糁为词。普吉保、瑞两军尚复观望不进，若云犹有馀粟，则两路赴援更缓。此时县城存亡未可知，安怪大纪过甚其词耶？大纪屡荷褒嘉，在福长安前礼节或有不谨，致为所憎，直揭其短。福长安当体朕心，略短取长，方得公忠体国之道。”
“福大帅，老佛爷见了你的密折，可是相当不高兴哦。”来宣旨的是侍卫阿松泰，与福长安乃是旧交，不得不出言提醒福长安。
福长安点头称是，一边让人款待阿松泰，一边招来许维商谈对策。福长安白白被乾隆训斥了一顿，对柴大纪的憎恨又多了几分。
“许大人，上谕已下，看来老佛爷对那柴大纪恩宠有嘉呀。我就不信扳他不倒，我要再上折弹劾他。”
上谕的内容许维比福长安早上数日知晓，在诸罗府中许维对着墙问候了柴大纪的祖宗十八代整整一宿，这泄恨也泄得差不多了，于是平静地答道，
“大帅，这柴大纪现今圣眷正隆，恐怕一时半会还对付不了他。正所谓君子报仇十年不晚，不如再等上一段时间吧，此刻绝不是弹劾柴大纪的最佳时机。”懂得变通这是许维的长处，对付仇人绝不能一时意气用事，死钻牛角尖。现在关键的还是赶紧剿灭顺****要紧，迟则生变。许维也怕事情拖得越长局势越对自己不利，弄不好和在自己背后捅刀子都说不定。
“也好。就依许大人所言，过阵日子再寻柴大纪的碴。”福长安也只能暂时忍下这口气。
此后的一段日子，福长安照着许维的意见排兵布阵，整个战斗进行得非常的顺利。
十二月初八，清兵进剿斗六门。
甫至马稠后庄，顺天军据山放炮。参赞许维自山梁进攻。嘉勇侯福长安直前冲击，迫至大竹排。顺天军于溪沙下仔筑隘壅水，以阻清兵。巴图鲁侍卫首先跃溪随决放水，杀退顺天军。
二十日，顺天军遂退守大埔林、中林、大埔尾等处，被总兵普吉保、将军鄂辉、总兵袁国璜分兵攻破。
二十一日，清兵攻克斗六门，许维率先登上城楼。
二十二日，分兵剿捕虎仔溪、万丹庄、南投、北投等地，顺天军皆溃。
元月二十四日，进剿大里。许维已经调地丞相林素领军固守早已被大火烧得不成样的村寨，这是特意摆出来给清军将领看的。
清军分西南、西北两路夹攻，许维自领一军从西北向杀入，并当场射杀了顺天将领林素、林成、林快、江近等二百余人。
而福长安则生擒了伪将军张火、蒋挺、林茂、何从龙等近百余人。讯知林爽文已携其家眷由火焰山入内山而逸。随即率兵分路搜剿，截守要隘。获大小炮一百六十余位，鸟枪二百三十余杆，稻谷数千石，牛八百余头，其余器械不可胜计。
二月四日，大兵自平林出发，克复集集埔，林爽文之父林劝、母曾氏，弟林垒、妻黄氏均被捕。
三月四日，获北路贼首林爽文于老衢崎，及春丞相何有志，其弟林跃兴同时擒获，随即押送京师伏诛。
四月四日，福长安及许维进剿南路。
二十四日，冒雨攻击凤山城，城破杀顺天军将领郑其仁。
五月五日，攻破琅桥，擒杀二、三千顺天兵，获南路贼首庄大田及大田弟庄大韭、许光来、许尚等四十余人，又获大田母黄氏。
庄大田重病缠身，被常青下达凌迟处死，其余各犯均押送京师。台湾平。
五月初十，许维在诸罗卫府中收拾行李，颇有些舍不得离开。可不是，在台湾也呆了足有两年时光，感情都培养出来了不少。
“少爷，多谢你帮我报了家仇，奴婢我真不知该如何感谢你才好。”银雪在旁小声地又再次谢起了许维。
“你已经都说了千百遍了，以后不许再说这些话。我与你之间还有什么谢与不谢的。这姓柴的被革职收监，离死已不远，雪儿你就放心吧。”许维真心想帮银雪，所以这内心确实是坦荡荡的，并无任何交易的念头在内。
原来四月初的时候，许维认定时机，单独上折弹劾柴大纪营私玩寇，纵恣自大，居官贪黩，将守台兵丁私令渡回内地，贸易牟利，驻守之兵所存无己，因而林爽文举事时不能即时搜捕，遂酿成事端。
时革职提督任承恩尚在刑部狱，乾隆帝询问之后，知大纪所犯皆实，便下诏让总督李侍尧、将军福长安查明指参。
以福长安的性格，岂能轻饶了柴大纪。谕旨下达第二日，便遣派郎中长龄至嘉义（诸罗于五十二年改名嘉义县）逮大纪至郡城。三日内收集齐罪证，便上旨答复。寻以大纪纵弛贪黩、贻误军机，议斩，送京师。
乾隆命军机大臣覆谳，柴大纪频诉冤苦，并言许维有