在神奇宝贝研究学院重新遇到小智等人，智辉就算是想把他们甩开，也暂时没有机会，只好等着到枯叶市，再把小智甩开。
不过带着小智，智辉也的确感觉到了一丢丢的不方便。
遇到好的神奇宝贝，不好意思跟弟弟抢。
然后这一路上吧，还真就遇上了几只好的神奇宝贝。
不是别的，就是动画里的妙蛙种子、小火龙、杰尼龟，小智的元老御三家，后期战斗力，一个比一个过分，智辉看的心动，可是结果，自然是一只都没抓地给了小智这个到现在都还没有凑齐六只神奇宝贝的家伙。
不过，因为智辉加入的缘故，剧情还是发生了不小的变化，动画里，小智收服了杰尼龟军团的老大，然后剩下四只留在当地成立杰尼龟消防队。
可是因为智辉插一手的缘故，老大还是给小智收服了，可是剩下四只也没留下来，小霞小刚各要一只，小次郎也手快地抢了一只，最后一只，送给科拿了。
你说，为什么智辉不收服啊？
杰尼龟老大，江湖方丈哥一心跟着小智，你让智辉收他手下，以后两兄弟比试，各自放出神奇宝贝，然后智辉的杰尼龟还没打，就先敬个礼，鞠个躬，说声老大好？
那样子，智辉这个做哥的面子在哪里？
果断放弃，以后如果想要的话，再去橘子群岛的水箭龟王国抓一只卡咪龟不更靠谱？
一路上走走停停的，一行人总算是走到了正辉灯塔。
“哥，这就是你目的地啊？正辉博士，是个怎么样的博士啊？很厉害吗？”小智道。
“厉害当然厉害，能当的上博士这两个字的，就没有差的，至于这个人怎么样吗？你见了面就知道了。”智辉想起正辉的特殊爱好，表情古怪道。
走到灯塔前面，智辉朝站在门口和里面的正辉通信，大门自动打开，一群人走入其中，第一次来的小智三人组好奇地东看看西看看，紧接着高台上忽然一道光芒爆发，一个一人高的化石盔坐在上面。
“这是什么神奇宝贝啊？”小智一脸惊讶道。
“这是化石神奇宝贝化石盔吧，相传不是已经灭绝了吗？”小刚也惊讶道。
“以后你们多走走就会发现化石盔这玩意，其实压根儿没灭绝，另外这货也不是化石盔。”智辉表情古怪地看着“化石盔”道，“正辉，你这coy的爱好还没有玩腻啊。”
“什么coy，我这是用神奇宝贝的方式生活，然后用心体验神奇宝贝。”高台上的化石盔也就是正辉反驳道。
“穿上神奇宝贝的皮套就是用神奇宝贝的方式生活啦？别开玩笑啦，另外，你每次穿皮套容易，脱下来难，现在坐在上面没动，是不是脱不下来了？”智辉一副看透你的表情。
契约夫人
“这样啊。”小智不好意思道。
“你以为呢？小茂现在收服了四十五只的神奇宝贝，一出门收服这么多，不说重复的，就说小拉达这样的神奇宝贝，小茂怕是一辈子都不会用上两次。”智辉道。
“哥，可是你不是说没有弱小的神奇宝贝，只有弱小的神奇宝贝训练家吗？”小智道。
“没错，只要训练家培养得够好，倾注足够多的资源，即便表面弱小的神奇宝贝也有非凡的战斗力，曾经就有一个训练家用一只拉达用必杀门牙解决过一只班吉拉，但这是因为那只拉达是从小陪他一起到大，投了不知道多少的资源，实际上一般训练家求快，在有资质更好的神奇宝贝的情况下，通常是不会训练一般的神奇宝贝的。而你吧，除了皮卡丘之外，我看你万物都可放生。”智辉道。
“皮卡”皮卡丘兴奋地叫了声。
“那正辉博士说的神奇宝贝是什么神奇宝贝啊？在海边，是水系神奇宝贝吗？”小霞问道。
“不知道，那是一只独一无二，而且无比巨大，可能是世界上最大的一只神奇宝贝。”
正辉接过智辉的炒面，飞快地吃着，等三五口吃完之后，才走到门外道：“没有人真正见过那只神奇宝贝，但是已知的是，那只神奇宝贝正为了寻找自己的同伴，而徘徊全世界。”
“难道那只神奇宝贝没有家人或情人吗？”小霞道。
“就是因为没有才徘徊啊。”正辉道。
“正辉，不要说得这么武断，你不知道，怎么知道没有？如果说没有的话，就不会寻找，只能说失散。”智辉道。
“也对，总之啊，那是一只很神奇的神奇宝贝，有一天，我就从大海对面听到一种奇怪的声音，我的第一感觉是‘我好想你，好想你’，然后我就建造了这个灯塔，把这个声音记录下来并传播回去，然后在某个白雾的一天，我就又听见了，应该是‘我想见你，我想见你’的意思，于是我肯定，在某一个白雾的一天，他会过来见这个失散的同伴。”正辉道。
“你是想要收服吗？”小智问道。
“收服它干什么呢？我只是想要见到它，只要见到了它，就等于认识了整个世界。”正辉道。
“不过，正辉啊，我想说，你考虑过那只神秘神奇宝贝的心思吗？如果是我，找了一个世界的同伴，然后发现有人骗我，我会毫不留情地弄死他。”智辉道。
“会吗？我没想欺骗他啊。”正辉后知后觉道。
“但你做了这样的事情。”智辉耸了耸肩。
“老大，对面有一个很大的黑影。”小次郎忽然叫起来道。