田承嗣得到这个消息，直笑福王和南京官员还在做梦，想满清得些钱帛子女就退出关外，殊不知这回满清可是来夺大明江山的，而福王和南京官员眼里的大英雄吴三桂，早就剃头成了满清的鹰犬，于是田承嗣给红娘子去信，北使团携带金银财物可以放过，那十万石漕米和百艘大舟一定得扣下。
福王把锦衣卫暂时摆平了，而江北三镇高杰、黄得功、刘良佐在驻地，抢劫村庄杀男霸女，真是比流寇都不如，高杰甚至路过督师史可法的驻地，也是一路抢了过去，当地百姓群情激愤，史可法不得不亲自来到被抢的地区去安抚百姓。
世镇武昌的宁南侯左良玉在崇祯年间就已尾大不掉自行其是，朱由菘监国的诏书颁到武昌，他一度拒绝开读，在湖广巡抚何腾蛟、部下监纪副总兵卢鼎等人的劝说下，才勉强开读成礼，大明的其他将领如郑芝龙、方国安等人，都有各自盘算自身利益，根本不把朱由菘和国事为放在心上。
八月初，清廷以摄政王多尔衮名义写信招降唐通，唐通和吴三桂一样都擅长于见风转舵，大顺军兵败撤出畿辅后，他奉李自成之命镇守同陕西相邻的军事要地保德州、偏关地区，由于大同镇的云俊聪被清军叶臣击败，云俊聪率领数千人出边墙逃往蒙古，唐通估计大顺军和明朝都难以同清廷抗衡，就在八月下旬以保德州为据点发动叛乱，西渡黄河袭击陕西府谷县，同大顺军镇守陕北的亳侯李过激战达半月之久，由于事出意外，李过部损失较大，唐通占领了山西保德州、岢岚州、永宁州、河曲县、兴县、岚县、临县和陕西府谷县、葭州一带。
清朝委任的山西总兵高勋和唐通有一面之交，于九月初三日派人往保德招降唐通，初七日，唐通回信表示愿意归附清朝，十月十一日，他正式拜表投降清廷，改用顺治年号，清廷于十一月将唐通由定西伯加封为定西侯，唐通的叛变不仅使山西北部全部沦入清方之手，李自成大为愤慨，下令把唐通的母亲和儿子处死。
十月初三日，叶臣等部清军攻克山西梳太原，大顺军守将姜瑄、姜有光投降，山西大部分地区归附了清廷，当时河南省的局势相当混乱，大顺军已撤到豫西，其他地区处于河南总兵陈永福、许定国、卜从善、白祁政、土匪李际遇、刘洪起、李好的控制之下，探子回来禀告，说河南全境都向明朝军队投降了。
。李自成大惊失色，同部下们商议对策，制将军副军师李岩主动请缨，表示愿意亲率两万精兵赶到中州，附近的郡县一定不敢再轻举妄动，就是有敢暴乱者，也能及早收拾它；闯王当时没有答应，丞相牛金星要闯王答应李岩的请求，闯王表示要考虑一下。
其实李自成因为李岩姓李，又神兽大顺军和天下百姓爱戴，因此怀疑“十八子主神器”，可能应在李岩身上，而李岩越是显露才华，他越是不高兴，怀疑有一天李岩会取自己而代之，因而早就动了杀机，牛金星嫉妒李岩的才华，也知道李自成的心病。
于是向闯王进言，说李岩、李侔兄弟有心逃离大顺军自立，这使得李自成下了杀李岩的决心，第二天，牛金星以李自成的名义召李岩到军营中饮酒，安排伏兵在营中隐蔽处，李岩和他的弟弟李侔如约来到，牛金星一声令下，营中分兵四起，李岩、李侔之后两个李自成的忠狗，还没有搞清楚是怎么回事，就被冲上来的伏兵斩为肉泥。
南明朝廷派北使团北上京城议和，清军轻易得到畿南、山西、山东大部后，根本不想跟南明朝廷议和，十月中旬，多尔衮决策分兵两路征服整个大明，一路由英亲王阿济格、平西王吴三桂、智顺王尚可喜等统兵取道山西北部和内蒙古进攻陕北，得手后向南推进，摧毁以西安为中心的大顺政权；另一路由豫亲王多铎、恭顺王孔有德、怀顺王耿仲明等率领南下，消灭盘踞江南的南明朝廷。
这时的南明却朝廷陷入了党争，南京附近是人文荟萃之地，官僚们大多是东林—复社人士，趁北都陷没，几乎都投降了大顺伪政权，以不准起用从逆和崇祯钦定“逆案”官员为由，阻挡这些官绅入仕，这样可以为自己人控制朝中地方的全部重要职位。
朱由崧凭借三镇武将的支持上位，形成武将无功封爵，跋扈自雄的局面.四镇的遥控朝政，使东林—复社党人垄断朝政的图谋遭到重大挫折，一贯以清流自命的东林—复社骨干从来不肯承认自己私心自用，而是集中火力攻击投机取巧的马士英和他援引的“阉党”阮大铖，东林党姜曰广、高弘图、张慎言、刘宗周等跟马士英。阮大铖斗得不亦乐乎。
在福王朱由菘交付一百万两银子的粮食财物后，八月十四日，田承嗣放弃了在南京城里的所有府邸，包括聚宝山、芜湖、江宁镇、牛首山的锦衣卫陆军水军，全部向苏州府和崇明岛开拔。
这件事让朱由菘和朝廷官员大大的高兴了一番，田承嗣这个祸害终于离开了，于是大家心意相通停止了争斗，可是劝福王朱由菘进位皇帝，只要朱由菘当了皇帝，大家的好处都是数不清的。
在锦衣卫南京城之际