这年四月，正当王允等人准备采取行动的时候，正逢天子大病初愈。朝廷百官在未央宫集合，恭祝天子龙体安康。事前，吕布派同郡骑都尉李肃等人带领十多名心腹亲兵，穿上宫廷侍卫的服装，潜伏在宫殿侧门两边。当董卓大摇大摆地出现在侧门外时，立即遭到潜伏在门后的李肃等人的突然袭击。董卓急呼吕布，吕布手捧圣旨，大呼：“奉旨杀贼！”董卓在绝望中被吕布所杀，并且株连三族。…
董卓被杀，朝廷上下一片欢腾。董卓祸国殃民的行径，激起了天下人们的极度痛恨，铲除董卓，不仅顺应时代潮流，而且合乎天下民心。它的意义不仅仅只在于谋杀董卓一名国奸臣，而且还深刻影响着东汉末年的历史进程。司徒王允，用自己对朝廷的赤诚和一身正气赢得了铲除董卓斗争的胜利和世人的称赞。
作为诛杀国贼的首要功臣，王允自然少不了朝廷的嘉赏和广大人民的称赞。于是，王允态度开始发生改变，似乎有些飘飘然起来：“连董卓这样不可一世的大奸贼都死于我的手下，我还有什么可惧怕的呢？”他便对任何人、任何事情都无所谓，毫不在乎，甚至居功自傲。“及在际会，每乏温润之色，杖正持重，不循权宜之计，是以群下不甚附之。”每当群臣集会，王允很少像以前那样和大家推心置腹，共同商讨权宜之计，而是正襟危坐，面无和悦之色。慢慢地，群臣也不再像以前那样推崇和拥护他了。
蔡邕曾是董卓的旧臣，当听到董卓被杀的消息时，蔡邕正好和王允在一起。当时，蔡邕感到很突然，不禁脸色大变，不由自主地发出一声叹息。王允勃然大怒，严厉指责蔡邕：“董卓是国家的罪人，祸国殃民的罪行不可饶恕，你身为天子臣民，应该从大局考虑，从国家出发，共同声讨国贼，不想你念及他对你的一点私人恩惠，竟然为他感到痛惜，这难道不是与董卓同一鼻孔出气吗？”说完，便不容分辩，立即将蔡邕押至廷尉处问罪。蔡邕有口难辩，但作为家和史官，他为了完成自己未完成的事业，继续写成汉史，便陈辞谢罪，自己愿意承受刺剑削足的酷刑以保全余生。士大夫们都十分同情怜悯蔡邕的遭遇，设法营救蔡邕，可毫无结果，太尉马日磾专程前往王允住处，替蔡邕说情：“伯喈（蔡邕字）是难得的旷世奇才，学问渊博，见多识广，特别是对本朝故事了解颇多，应当给他机会，让他继续写成史书；况且伯喈以忠孝闻名于士大夫之中，现在以莫须有之名给他判罪，恐怕有失众望，不服人心吧！”王允根本不听劝告，反驳马日磾说：“先前汉武帝不杀司马迁，让他写成谤书，流传后世，现在国事衰败，社会上缺乏时代精神，不能让蔡邕像司马迁那样，毁谤和诬蔑幼小的天子，因为这既对神圣的道德教化毫无益处，而且还使我们这些人遭到批评和指责！”马日磾无奈，只得退出，感慨地对别人说：“王允这种作法恐怕不行吧！善待人才，这是一个国家得以维持和发展的命脉，而让国家经典得以流传，则是重视国家制度和创作的保障。如今。像王允这样不重视贤才，切断国家的命脉，阻碍国家经典的流传。难道能维持久远吗？”可怜蔡邕最后冤死狱中。之后，文武百官和士大夫对蔡邕的死议论纷纷，王允这才真正明白蔡邕的确罪不及死，后悔莫及。
董卓死后，王允在如何安排和处理他的旧部时，反复无常，态度极不慎重。而这正是王允最后走向灭亡的最重要和最直接的原因。他先是想全部赦免董卓的部下，可继而又对群臣解释说：“本来，他们是没有罪的。只是身不由己，跟随董卓，所以不得已听从董卓差遣，犯了错误。现在如果给他们突然加上恶逆的罪名。而且特定赦免他们。恐怕反而使他们猜疑恐惧，心理承受不了，所以，赦免他们无罪不是使他们安心的上上之策，还不如让他们承受惩罚。”凉州兵是董卓的嫡系部队，战斗力强，而且对董卓最忠心。董卓死后，如何处置凉州兵。是关系王允本人和东汉政权的大事。王允企图削夺凉州兵将领的兵权，取缔全部凉州兵。并且计划利用关东兵去控制他们。可是后来有人对王允说：“凉州兵素来害怕袁绍，畏惧关东兵，而今，如果派关东兵去解散他们，凉州兵人人都会担心性命不保，这样，很容易引起兵变和混乱。还不如任命皇甫嵩（字义真）为将军，去担任凉州兵的统帅，并让他长期留在