在讨伐令发出后半个月里，春日山城下聚集起两万大军，这个动员速度远远超过东国所有大名，这两万大军被分作两批次，其中五千人将由斋藤朝信作为大将赶赴越中，在那里将与山本时幸、沼田祐光、柿崎景家等人所率领的一万五千军势汇聚在一起，执行吉良义时的讨伐战略。
另外一路则以长尾景虎为总大将，率领一万五千人并携带吉良军团的主力赶赴出羽援救饱海郡内有力国人大宝寺氏，另外信浓方面的设乐贞通、宫部继润以及真田幸隆所部负责扫荡信浓国中一向一揆残党，并发布悬赏令，但有检举一向一揆余孽者一经核实确认便可领取五十文到十贯不等的赏钱。
在贪图利益的乡民配合下，很快就捉拿到千余名一向一揆残党，虽然到最后都没能再捉到武田竜芳，不过还是顺藤摸瓜着捉到几处一向一揆的秘密聚集点，挖出其中藏匿的金银财宝价值数万贯，粮草六千石军械千余套涉案资源大的惊人，由此可见这支力量早就被武田信玄深深的根植在信浓许久。
至于被捉拿的一向一揆残党，被押解到春日山城经过层层审讯确定身份与涉案的层次，主犯全数吊死以儆效尤，从者根据犯下的罪过等级流放至越后各个矿山中挖矿，等待他们的将是永生永世的矿工生活，这是吉良义时学会的新方法，只杀首恶余者不如流配更合适。
信浓如此大规模的清剿境内一向宗很快波及到上野国，很快上野国人也在吉良义时的特许下对国中为数不多的一向宗寺院开刀，抓捕一向宗僧侣流全数流放佐渡岛。霸占一向宗寺产并按比例将夺来的战利品缴纳一半予吉良义时。几乎顷刻之间就将上野国中无辜的一向宗寺院打入完结不复的深渊。
同时吉良奉行众开始发力。三井虎高调任上野奉行主持上野国中检地，撤并村庄拆毁城砦的相关工作，对于上野国人的不满和抱怨，三井虎高解释道：“给你们新的村庄，更安全的居馆还不够好吗？这名山大川上建满土楼山砦与国何益，若有朝一日天下太平你们还继续住在山里吗？”
还有人担心城砦被拆万一遭遇武藏方向的北条军，或者下野方向的进攻就不知该如何抵挡，对于这类有深度的质疑。三井虎高则和颜悦色的告诉他们不用担心，只要主上出马便会战无不胜攻无不克，主上认为据险而守不过插标卖首之辈，只要有人敢打入越后就必须做好遭受猛烈反击的准备。
三井虎高上任第一件事就是推行乐市令全面废止座商特权，并从寺社奉行虎哉宗乙那里取得一张天价罚单，罚没所有与一向宗关联的座商不法财产，从根本上切断一向宗在上野国的一切活动力，信浓的伊奈忠家以同样的手段洗劫所有一向宗的产业，一时间整个信浓只有伊那郡、诹访郡中有几座一向宗寺院苟延残喘，其余寺院及僧众全部被剥夺。
借此机会。寺社奉行虎哉宗乙开始推行僧籍管理制度，将人心惶惶的信浓、上野两国寺社众纳入吉良家的寺社体系内。用软刀子一点点把寺社众手中的富余田产割离出来，再配合禁止土葬制度以及兴建公共墓园的等手段，一手胡萝卜一手大棒硬生生拆掉寺社众那仅有不多的抵抗力。
这一点不得不说善光寺的栗田宽安非常聪明，自家只保留川中岛善光寺本拠一处寺产及少量田地，剩余的寺产全部捐赠出去，他已经决心做一个合格的僧侣而非武士，武士还要见人磕头行礼冒着杀头的危险挣军功，远不如他守着铁饭碗过日子来的轻松自在。
吉良义时对这种识时务者的俊杰非常看重，很快发布新的谕令，凡是愿意主动配合诏令的寺社将给予一定的免税免贡额度，免除额度在总体税赋年贡的三分之一到一半不等，并言明僧人永不加役，保证僧人超凡的地位不被压迫，并允许富裕的寺院用钱雇佣附近的町民或者居住在町内的农民为寺院务农，部分完全放弃耕作权的寺院自然不会收取一丁点税赋。
只要你不耕田不占田不接受挂靠的田地就一文税都不收，只要你想保留田产和耕作权，那么有多少土地就收多少年贡与税收，如果是雇工耕作很可能去掉年贡税赋以及雇佣的费用之后几乎不剩多少收益，遇到灾年可能还要亏上一笔。
长此以往寺社众会自然而然的放弃拥有田产的奢望，有那个功夫还不如钻研怎么开法会赚香油钱，禁止寺院与座商勾结保证吉良家的屋号在信浓、上野国的利益不受损害，并吸收破产小商人的加入逐渐扩大自己的影响力。
同时通过僧籍控制僧人的数量及增长量，允许各寺拥有一定的寺族，就是寺院住持或者院主所生育的后代，同时规定必须招募一定量新僧侣充实寺院的新鲜血液，这多种手段的压制和钳制把寺社众的力量压制到领主可控范围之内。
还是多亏越后、信浓、上野诸国寺社众影响力有限，若是放在畿内或者西国等寺社力量强大的地区，说不定这就要闹出天翻地覆的大事情，吉良义时正是要用这种手段，潜移默化的削弱这个主导中世日本发展的宗教集团，不能让他们肆无忌惮的发挥自己的影响力，这个天下终归是武家的天下。
七月二十七日，斋藤朝信率领五千精锐赶赴越中鱼津城，这五千军势里有两千精锐的“黑龙骑兵”，只不过这支铁骑的旗印从熟悉的九曜巴旗换成足利家的足利二引两旗，自从上杉政虎改名宣布臣从上