去年冬天，孙白孤同洪演一起率师勤王，来到京师近郊。那时卢天雄已经战死，朝廷便升他为总督，挂兵部右侍郎兼右佥都御史衔，代替卢天雄总督诸路援军，并赐尚方剑。看起来是要大用他的意思。然而孙白孤却跟着别人上书，指责杨肥部署失误，导致金军入寇。一下子便将杨肥得罪了。接着他又上书说卢天雄被金军围攻的时候，监军太监高起潜顿兵不战，坐视卢天雄全军覆没，罪不容诛。于是又得罪了御马监太监高起潜。
紧接着，当朝廷打算让洪演出任蓟辽总督的时候，洪演提出，希望能将一部分勤王的秦军调给他，带过去防备金军。孙白孤又上书反对，他在奏章中说，这一部分秦军决不可转入辽东，倘若他们去了辽东，陕西的“贼寇”就会重新滋蔓，结果无益于蓟、辽边防，只是替陕西的“贼寇”清除了官军。又说这些秦军的家人和财产都在陕西，若是让他们久留辽东，只怕这些人“非哗则逃，将不为吾用而为贼用，是又驱兵从贼也”。这完全就是在拆他的老上级洪演的台嘛。
老实说，孙白孤的看法也不是完全没有道理。只是崇德皇帝却拿着他的想法去问杨肥和洪演。洪演知道，孙白孤说的话不是完全没道理，但辽东的关宁军尾大不掉已经很久了。自己去做这个蓟辽总督，手里面要是一自己的兵都没有，却让他这个蓟辽总督却怎么当？自然不会赞同他的看法。于是他指出，此前秦军调动到其他地方围剿流寇，也不是没有先例。便是关宁军，也多有入关围剿流寇的。难道这便不是调动。而且远在四川的白杆兵，都能远行近万里到辽东戍边，偏偏秦军就一定要哗变溃逃，天下哪有这样的道理？
至于杨肥，他回答得就更加的诛心一些。他说孙白孤说这个话，多半是出于私心。孙白孤见洪演去担任蓟辽总督，便自以为自己肯定会接任洪演的三边总督的位子，所以他自然希望把这些能战之军留在自己身边。“孙总督的想法不是完全没道理，只是多少有些因私废公了。”最后杨肥淡淡的给了他这样一个评价。
当然这还不是最为致命的。最为致命的是，这时候贺大龙突然给朝廷的上书。贺大龙首先请罪说，此前勤王的路上，士兵误听人言，以为要从此改戍辽东，因为挂念妻子家产，所以纷纷哗变潜逃。以至于他没能依照圣旨进京勤王。接着又自己表功说，陕西的黄自得余部听说朝廷大军去勤王去了，便又出来劫掠。幸好他回去了，带兵痛剿，一战而胜，斩首五百余级。
贺大龙一直在孙白孤的麾下，如今他的这份上书，在皇帝看来，就完全变成了他和孙白孤勾结，为了一己之私，而破坏朝廷大计的铁证。
然而这些事情，孙白孤自己却是一点都不知道。他这次来陛见，还以为皇帝要听他的方略，所以为了防备一时忘了什么要点，他还用蝇头小楷将这些要点细细的都写在了手中的象牙朝笏上。如今虽然听到皇帝语气严厉，但他也只以为这是要在让他担任三边总督这样的重任之前，要敲打敲打他，免得他骄傲自满。接下来，想来皇帝还是要细细的问问他的剿匪方略的。于是他虽然跪在地上低着头，却也还抽空看了看自己写在象牙朝笏上的要点。
这时候，他的耳边却突然传来皇帝的这样一句话：“孙白孤，你可知罪！”