从1936年6、7月间开始，阎锡山开始采取一种与过去不同的政策，即由亲日反共、压制人民群众抗日救亡运动，一变而为扶植抗日力量，并企图充当抗日救亡运动的领导者。1936年8月25日，中国共产党发出《中国共产党致中国国民党书》，呼吁国民党“立即停止内战，组织全国的抗日统一战线，发动神圣的民族自卫战争，抵御日本帝国主义的进攻。”这份呼吁书的内容打动了阎锡山的心，并“由阎处翻印数千份散发”。
1936年10月，阎锡山把山西籍共产党员薄一波请回来，参与山西的抗日工作。
从1936年10月中旬开始，阎锡山便通过张学良向共产党表示与红军建立联系的愿望。另外，对是否联合红军抗日的问题上，阎锡山还于11月7日对他最亲近的谋士们进行“民意测验”：
“日伪要攻绥，红军要出绥抗日，如果成为事实，我们守中立呢？还是帮助日本反共呢？或者联合红军抗日呢？”
阎锡山让他的谋士们好好考虑，限期作出答复。几天后对此进行表决，结果到会38人，以31对7票形成决议，赞成联合红军抗日。
阎锡山的联共抗日的意愿正是中国共产党所期望的。红军到达陕北后，为了能达到抗日的目的，与国民党建立抗日统一战线，一开始就把陕西周围的张学良、杨虎城和阎锡山作为统一战线的突破对象。由于阎锡山已同意建立统一战线，共产党的愿望得到了实现。
在“西安事变”中，阎锡山与共产党也进行了一些合作，相互间协调一部分行动。在处理“西安事变”期间，阎锡山曾说：“国人必须抛弃主观的成见，……以远大的国家民族利害为前提，避开个别的异点，趋向共同的同点，缩小异点，以致于无，扩大同点，以致于无穷。”
“西安事变”和平解决后，他又说：“此后，只有希望我民族全体站在一条线上，努力奋斗，挽救希望，复兴民族。”
“我们今天不应当分两条战线，应当都走到一条战线才对。”
可以说，在全国抗日战争爆发之前，阎锡山在考虑其自身利益的前提下，在联共抗日上先于蒋介石迈出一步，在“西安事变”的和平解决和迫使蒋介石放弃“剿共”而联合红军进行抗日方面，阎锡山也都做出了相当大的努力。
在抗日战争的前期，阎锡山与共产党在其所辖的第二战区内也进行了一些富有成果的合作，并在共产党的敦促和协助下，阎锡山进行了比较认真的抗战，他所领导的第二战区在抗战初期一度被誉为“模范战区”。
阎锡山的“帮手”
八路军平型关战斗的胜利，并未动摇日本侵略者占领中国的野心。敌关东军察哈尔派遣兵团于1937年9月27日和28日，先后突破国民党军茹越口、下社村内长城防线，直逼繁峙，威胁平型关、雁门关侧后。同年10月1日，日本政府的外务省发表声明，拒绝国际联盟对中日战争的调解。同日，日军中央统帅部命令华北方面军攻占太原。
10月上旬，身为国民党第2战区长官的阎锡山为保卫太原，决心在五台山至宁武一线依托有利地形和既设阵地，组织忻口防御作战。兵力配置情况是：
以郝梦龄第9军、王靖国第19军以及第72师、第85师、第21师、第94师、第17师等部组成中央兵团，守备忻口山岭及其左侧川道；
以李默庵第14军、第71师、独立第8旅组成左翼兵团，控制云中山；
以刘茂恩第15军的第64师、第65师为右翼兵团，控制五台山；
以朱德、彭德怀的第18集团军，于两翼侧击。
10月6日，毛泽东指示八路军在敌之侧翼和后方积极打击与钳制敌人，配合友军保卫忻口和太原的作战。
当时，在作战中，不但八路军的一些部队经常归国民党军队指挥，而且有一些国民党军队也偶尔交由八路军指挥。为了不引起双方的矛盾，毛泽东还为此发了一个指示。其内容是：
“朱彭任并告林聂罗，贺萧关，刘徐张：
我们对于国民党交给我们指挥之部队应采取爱护协助的态度，不使他们担任最危险的任务，不使他们给养物资缺乏。对作战应使他们主要打几个小胜仗，对动员民众应详告以政策方法，对他们多取商量，表示殷勤爱护之意，力戒轻视、忽视、讥笑、漠不关心及把他们置于危险地位等错误态度。经过上述方针，争取他们与红军团结一致，使他们真心愿意围绕于红军周围。为达上述目的，除作战指挥由上级负责外，对他们应取态度及方法，须向全军指战员进行教育，使此方针能全体彻底执行之。
毛泽东
十月四日”
1937年10月初，国民党第二战区为准备忻口会战，将作战地域划为左中右三个地区。为统一指挥参战部队，阎锡山与周恩来商定，右翼各军，包括国民党军第63师、独立第3旅等10个团归八路军指挥。从这一件事中可以看出，当时国民党军队，特别是阎锡山的第二战区，对八路军还是比较信任的，要不然是不会把自己的军队交给八路军的。
但毛泽东还是处事谨慎，一再嘱咐八路军的领导人要爱护配属给自己的国民党军队，不让他们“担任最危险的任务”，“不使他们给养物资缺乏”。抗日战争开始后，中国共产党对国共合作抱有极大的信心