明代初期，书院仍维持着元代的规模。到嘉靖年间，随着科举制度弊端丛生，官学日益腐败，一批士大夫重新提倡自由讲学，书院才又兴盛起来。当时著名理学家王守仁、湛若水先后在各地广收门徒，传道授业，兴办书院，将书院办成既是学术研究中心，又能进行教学的机构。由于王、湛等人的大力倡导，书院建设进入了鼎盛时期。但由于统治阶阶级重视科举制度，只号召天下学子精研儒经，不提倡广泛涉猎、率性读书。受此社会大环境的影响，所以书院虽多，藏书丰富的却并不多见；另外，明代书院教育以“会讲”为特点，重清谈，轻读书，藏书事业因此也受到了一定程度的忽视。王、湛的学生继承其志向，在各地纷纷建立书院，于是书院越来越多，弥漫了自由讲学的风气，一些著名的书院往往终于成为社会舆论的中心，针砭时事，评议政治。这样就遭到了当权者的猜忌，发动了四起禁毁书院的案件，其中以权宦魏忠贤迫害东林党人一案为最，天下的读书种子霎时好像都被剿灭尽了。东林案后，明代书院就此一蹶不振。
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