商周祚给天启皇帝的奏折中写道：“荷夷突驾五舟犯我六敖。六敖逼近漳浦，势甚岌岌。该道程再伊、副总兵张嘉策多方捍御。把总刘英用计沈其一艇，俘斩十余名。
中左所（今属厦门）为同安、海澄门户，洋商聚集于海澄，夷人垂涎。又因奸民勾引，蓄谋并力，遂犯中左，盘据内港，无日不搏战。又登岸攻鼓浪屿，烧洋商黄金房屋船只。已遂入泊圭屿，直窥海澄。我兵内外夹攻，夷惊扰而逃。已复入厦门，入曾家澳，皆实时堵截，颇被官兵杀伤。”
商周祚应对荷兰人进攻毫无章法，引起天启皇帝的不满，于是火速换上了南居益，南居益到福建后，很快发现局面不容乐观，南居益在给天启皇帝的奏章中提及：“红夷倡乱已占据彭湖，又筑城营垒，伪立不拔之基。乘汛出没，虏掠商艘，焚毁民庐，杀人如麻，与国为敌。沿海震惊，官兵观望，但恃抚谕一道，以图徼幸。而海上奸民，且利夷金钱，交通接济。法纪既已荡然，封疆几为沦没。当时南北台省交章论闽事者，无不谓东南半壁，岌岌乎有荐食之卢矣。”
南居益又描述荷兰舰队的战船道：“舟长二十余丈、高数丈，双底。木厚二尺有咫，外鋈金锢之。四桅，桅三接，以布为帆，……中横一杆，桅上有斗，斗大容四、五十人，系绳若梯，上下其间，或瞭远，或有急掷矢石。舟前用大木作照水，后用柁。水工有黑夷者，最善没，没可行数里。左右两樯列铳，铳大十数围，皆铜铸；中具铁弹丸，重数十斤，船遇之立粉。器械精利，非倭寇等诸夷可比。”
南居益最后表现出对战事的信心不足：““夷舟坚铳大，能毒人于十里之外，我舟当之无不糜碎。即有水犀十万，技无所施；而彼方（荷兰）依大海波涛之险，挟巨铳坚舟之利，盘据以筑城，勾连以内向。而我积衰之兵、不完之器，汪洋澎湃之中，一彼一此，能操其必胜乎？”
当时，继辽东的建虏、陕西等地的流贼、奢安之乱后，原来是大明传统税源地之一的福建亦响起了警报，天启皇帝启用抗倭名将俞大猷之子俞咨皋出任总兵，同时他向俞咨皋灌输了一个道理，西夷生性凶残、霸道、欺软怕硬；大明跟荷兰人之间开展正常的贸易往来，没有武力的依仗是不行的。
天启皇帝对南居益、俞咨皋谕曰：”此战在所难免，朕不惜一切代价，也要将红夷打痛打怕，卿等放手而为！“于是南居益申明大义，奖率三军，就见在营寨之兵，聊为战守之具。檄行各道将，略抽水兵之精锐五千，列舰海上，以张渡澎声讨之势。仍分布水陆之兵，连营信地，以为登岸豕突之防。俞咨皋发动的奇袭战果丰硕，焚毁战般一艘，活捉夷将高文律在内的五十多名俘虏，斩首八级。天启皇帝祭告郊庙，御门受俘，将高文律斩首，传首九级，震慑蛮夷。
荷兰人于是向南居益求和，南居益表示澎湖乃是朝庭信地，不可以让你们逗留；荷兰人苦苦哀求在台湾大员逗留，南居益口头上同意了这个请求，他在给天启皇帝的奏折上表功道：“向非本院排众议于纷纭，独建渡澎之策，运神机于帏幄，屡尽推毂之奇，何以能蓦奏肤功，复祖宗百年疆土，弘敷远略，舒庙堂宵旦焦劳，有如今日者哉？”
“是役也，不折一矢，不缺一刃，徒以命将出师，声灵遐鬯，能使数年逋寇，一旦惊逃，海波不扬，边鄙无耸，视彼功成而骨为枯、虏灭而水尽赤者，不啻倍之。同思数年枕戈露宿于鲸涛鳄浪之中，不知死者几人，生者几人，才为国家复得澎湖一块疆土，为闽人除却百年隐祸。红夷寄泊于瑶波碧浪之中，暂假游魂出没，不足问也。”天启皇帝允之。胡子睿知道，后来荷兰人抓往没有书面文件的漏洞，宣称台湾是大明皇帝赐给自己的，这就是大明人缺乏法律意识的恶果了，当然这也是后话了。
郑芝龙以中立者的身份罢身于明荷战争外，他埋头做生意，置苏杭细软、两京大内宝玩，兴贩琉球、朝鲜、真腊、占城、三佛齐等国，以等侯时机。
天启六年--七年，福建一带发生了极为罕见的旱灾，几个月都没有下过一场雨，赤地千里，一向富裕的福建人，此时连草皮、树根都吃尽了，郑芝龙趋机招揽了大批饥民赴台湾，用海舶载至台湾，令其芟舍开垦荒地为田。厥田为上，秋成所获，倍于中土。其人以衣食之余，纳租郑氏。
郑芝龙发展壮大后，又乘机进攻福建、广东沿海等地，一时间声威大振，郑芝龙略有纪律，不许掳妇女、屠人民、纵火焚烧、榨艾稻谷。比乘风横行，羽檄飞报，沿海戒严。当事者咄咄，一筹莫展。工科给事中颜继祖在给崇祯皇帝的奏折中就写道：“海盗郑芝龙，生长于泉，聚徒数万，劫富施贫，民不畏官而畏盗。”
郑芝龙知道自己想在海上成就一番事业，离不开大明的支持，他所到地方但令百姓报水（即通报官府消息），而未尝杀人。有彻贫者，且以钱米与之。郑芝龙曾经向熊文灿表达曰：“苟得一爵相加，当为效死力，东南半壁可高枕矣。”
于是，熊文灿向崇祯皇帝为郑芝龙请命，崇祯皇帝知道郑芝龙说的是大话，郑芝龙串起太快，不要说荷兰人仍然坚船利炮，不可憾动；就是李旦、颜思齐手下也有不少海盗并不服他，此时的郑芝龙还不是日后那个横行四海的枭雄，当然，郑芝龙被招安，让他去和海盗