袁崇焕归心似箭，他于十月二十三日上《三乞给假疏》：“为仰遵明旨，给假奔丧，恳乞俯察臣心，曲存孝道事。除臣力疾设香案，望关扣头谢恩外，窃念皇上刻意求治，简贤择能，凡叨任使之荣，俱庆风云之遇，尚有沉抑下寮，欲效犬马之劳而不可得者。。。。。。。”
虽然袁崇焕连番上疏请假，天启皇帝仍坚持让他遵旨供职，不准给假。
当时，袁崇焕尚未名扬天下，天启皇帝都不肯放他的假，这次宁远之役后就更加不会放了：“袁崇焕移孝就忠，拼身固守，全城挫贼，劳绩可嘉。正当夫图恢复，以收全功，何得遂萌归念，不准辞。满桂、赵率教已经加级，其余文武各官功次，作速勘明优叙。一切善复事宜即与覆行，毋误封疆大计。”
蓟辽总督王之臣认为现在军中冗官很多，真打下来又无兵可用，建议裁撤将领，辽东只设二个总兵官，再设几个协官足矣：“宁远事急，臣意关门有重兵，可分一万，则各将面面相视，此云兵少，彼云马弱。即询车营何在，李秉诚云马帅在时，营已尽废矣。其兵不任荷戈，其车半归朽坏矣。国家何赖此诸将为哉？关上兵不满三万，设一总兵，南北二部设二协；守宁远兵不满二万，设一总兵，前屯、中右设二协，守亦足办矣。各帅或调别镇以尽其才，或回府以需后用。乞敕九卿科道，从长计议。“
天启皇帝怕如此大力度的撤军，会引起军中将领的强力反弹，以奴酋方退，还着从容酌议，让各镇将仍安心供职。
辽东经略高第、蓟辽总督王之臣俱向天启皇帝上疏言及建虏的最新动向，提醒皇上不能松懈：“据塘报，奴酋有待四月草青之时，再去攻城等语。臣驻宁远，与镇、道诸臣图善后之策。因念宁远之守实为孤注，必须在在设防，前有埋伏，后有应援，左右有犄角，而后贼进不敢攻、退无所掠。与诸臣相度形势，宁远以西中右、中后、前屯，俱应选将分兵，无事训练，有警应援。其城或有未修者，或有修而未完者，先修紧要，其余以次渐及。即将难民填实各城堡，分发芜田，给以牛具、籽种，尽力布种，秋成量征其租，以佐军储。”
天启皇帝对建虏的动向也很关注，他可不想再受一次惊吓：“据回乡屡报奴贼造车、修器意图，再逞关外，防御事宜比前倍加毖饬。这条议各款，速与覆行，火药、器械等物即时给发，毋误急需。以辽人守辽土诚为善策，宜尽发出关。”
蓟辽总督王之臣指出应让袁崇焕担任辽东巡抚，宁前兵备道则另选良才：“袁崇焕既已加衔，即当实授辽抚，给以令旗令牌关防，关内关外兵马悉听调度。宁前兵备道员缺，另择真正边材，速为铨补。……”
天启皇帝没有明确表达，将球踢给了兵部：“袁崇焕应否加辽东巡抚职衔，着该部酌议妥当具奏。”
直隶巡按洪如钟说现在有很多骗官骗饷之人，都来到辽东，皇上应该多加提防：“为逆酋虽退，内备宜严。内云一曰缮城，一曰利器，一曰练兵，一曰秣马，一曰款虏，一曰任将。又云骗官骗饷之徒，趋关门如鹜，半属请托，鲜有真实心任事者。非大破情面、换尽肺肠，仍前泄泄，将何所税驾哉？昔人谓兴一利不如除一害，夫除害即所以兴利也。若从兹休息教训，渐次布置，以须挞伐，则袁崇焕自饶为之，非微臣之所能及也。”
天启六年三月初三（丙午日），天启皇帝召开朝会，经略辽东高第再次向皇帝上疏乞求让自己退休，先是，高第镇关门，大反孙承宗政务，折辱诸将，诸将咸解体；高第待杨麒若偏裨，杨麒见高第侮其，心不悦，至是坐视宁远围而不援；天启皇帝同意了高第的辞呈；在初九日的朝会上，天启皇帝正式任命袁崇焕以右佥都御史的身份，巡抚辽东、山海等处；又给袁崇焕铸造了巡抚辽东山海等处、提督军务的关防。
天启六年四月十九（辛卯日），蓟辽总督王之臣查报犒赏优恤，山海、宁前军士用过银一万八千三百六十六两有奇。兵部覆叙宁远功次。先是，巡关御史洪如钟题：据袁崇焕报，......正月二十六日贼见觉华岛有烟火，而冰坚可渡，遂率众攻觉华。兵将俱死，以殉粮料八万二千余，及营房民舍俱被焚。次日，贼引去。是役也，守城力战之功，满桂提督四面，功宜首叙；左辅独当西面，功次之；朱梅当北面，而应援西北角，次之；祖大寿当南面，而应援西南角，次之；徐敷奏又次之。……”
袁崇焕先回顾了宁远之战的过程，然后先引通判金启倧殉国的事例，来说明那些人是直接参与守宁远；：“通判金启倧派城内士民，供守兵饭食，手自击贼，至火伤而死，此为文职首功；程维楧次之，经历孙正气、刘应鹤，训导张大观又次之；而掌印屯捕卫所官民人如裴国珍等，各有可见之劳者也。西夷不抚，奴势不孤，王牧民与朱梅、祖大寿、孙怀忠、王世忠、王喇嘛、李喇嘛，此抚夷有功者也。
袁崇焕又以“中右不坚，宁远失其据”引出来虽然没有直接守宁远，然而对宁远之战有功绩的赵率教等人：“然中右不坚，宁远失其据矣。参将刘永昌力居多苦，马爌挺身赴援松山、锦州，本道令回守中右，与都司尤岱、孔登科、张奇化、王承荫俱与有功。中后不坚，中右亦摇，其壁而劲守者，副总兵杨应乾、王牧民，都司孙怀忠等之力也。中千把等官与马前