他们在研究所经过了重重的困难之后，发现居然这里关押着自己的老朋友，摩尔根，皮埃尔和范德华。
几人团聚之后，范德华告诉他们，诺贝尔本来也在这里，但是被用来与工程兽做测试很久之后，有一天似乎发现了什么，然后就变得精神很不稳定，最后就在一次实验当中自杀式bào zhà试图杀死当时在场的梅契尼科夫和朗道，结果没有成功，还把自己给弄死了。
普朗克再一次出现，告诉众人恩加恩加内陆的琥珀弓实验室，是梅契尼科夫现在最大的王牌，他马上要在那里利用安的身上，理查德留下的特殊工程体，制作出超级工程兽和第三代末日病毒，如果他成功，人类将在劫难逃。
于是蒂勒梅达瓦一行便出发来到了恩加恩加。
就在羽才不知道为什么自己的夫人的冷冻仓会出现在这里时，凯瑟琳在自己的房间里，发现了理查德的遗书。
这封遗书告诉了凯瑟琳他多年的担忧，以及对自己如此对待两个女儿的悔恨，并希望自己清除了凯瑟琳体内的工程体之后，她能够有自己的选择。
但最重要的就是这个选择暗示了理查德在波斯达迪奥的一个天桁的实验室里，藏了两份超级工程体，可以让凯瑟琳再一次的变成御者，但不足以让凯瑟琳成为蜂后，这个实验室里有另一份特制的工程体，能够让使用的人，成为蜂后，但是使用之后，这个过程是无法逆转的。
这时羽才意识到，如果能够恢复麟儿和凯瑟琳的能力，然后把白雯通过蜂后制剂复活，是最好的选择，凯瑟琳为了这个疯狂的世界已经牺牲了太多了，如果再一次作为蜂后，恐怕安会杀了他。
于是众人决定将夺回安的工作先交给蒂勒和梅达瓦，自己先去南美，寻找理查德遗产。
最终羽才一行在成功的通过理查德给他的女儿所设下的重重验证之后，进入了位于亚马逊丛林深处的天桁阿列夫级{alef}实验室，湛蓝之心{heartofaquamarine}。
在湛蓝之心里，羽才再一次收到了陈华的消息，陈华告诉他，梅契尼科夫很快就会去杀他，但是羽才不用担心，这一切已经在他的预料之中，而且白雯也是他告诉蒂勒带过去的，但是林白雯如果被制成了蜂后复活，白雯会变成什么样子，是说不定的，他看不到这个结果，让羽才好好考虑之后，再做决定，不要犯他的老错。
然后陈华向羽才道别，说这是他在时代舞台上，最后一个任务了，以后的世界，是属于你们孩子们的。
羽才与父亲告别之后，觉得哪里不对，但是还是没有原谅他，于是决定隐瞒白雯的信息，强行的将蜂后血清注入了白雯。
白雯复活了，但体内的自我意识与蜂后的意识不断的冲突，让白雯深陷巨大痛苦之中，与此同时，她的身体还在不断的瓦解。
原来凯瑟琳是经过了多年的试验，被选定的蜂后，而麟儿则是一个临时容器，没有放入蜂后的全部意识，只是作为一个通道，而白雯却不一样，她毫无准备的被注入了整个蜂后的意识，而且一次又一次的被控制，蜂后已经产生了巨大的变化，白雯的身体完全受不了，最后很快便崩溃了。
羽才再一次失去了白雯，意识到自己的愚蠢之后，想试着向陈华和解，却发现陈华已死，还是被梅契尼科夫杀死的，而且外面的世界，似乎发生了什么大事。
现在羽才，麟儿和凯瑟琳已经背水一战，只能去找梅契尼科夫，结果他们刚刚走出实验室，便发现世界已经陷入末日了，大量的特异化的兽形已经横行整个世界，人类濒临灭绝，而这一切的一切，似乎都是源于他们在实验室里制作白雯这个蜂后期间，发生在恩加恩加的某个事故
这里是一切的终点，羽才历经千辛万苦来到这里，发现了奄奄一息的梅达瓦，梅达瓦告诉了羽才，这里在几个月之前，他们到来的时候发生的惨剧。
当他们到达这个实验室的时候，已经晚了，梅契尼科夫已经开始了对安体内工程体的抽取，于是众人决定想办法击败梅契尼科夫，解救安，但是谁知在几次交锋之后，由于蜂后的突然消失，安体内的工程体被梅契尼科夫大量取出产生的压力之下，安暴走失控，几乎当场杀死了所有人，梅契尼科夫因为自己有超级复原力，得以逃出生天，而梅达瓦他们经过长时间的苦战和劝说，除了梅达瓦之外的所有人都被安所杀。
然而可怕的是，因为安的暴走，实验室当中被破坏的设备泄露的大量的超级病毒，这些病毒迅速侵蚀了安的身体，她的身体为了抵御这些病毒，进入了一个不断自我再生而又不断重病的循环，这个过程中释放出了海量的变种工程体{Ds}，污染了整个大气，随着大气圈的流动，感染了海量的人类，也产生了大量的异化兽形，也就是多年之前天桁预测过，但没有公布过的第二，第三阶段兽化。
这些异化兽形非常强大，对环境的适应能力非常强，不仅普通武器没什么用，他们还抗辐射，几颗核弹之后人们很快意识到自己比兽形在核武器之下伤亡更大。
这个阶段，工程体已经完全进入了超进化期，越强烈的刺激，人类越是反抗，蜂后就学会的越多，进化的越快，本来一个新策略可以用好几