帕巴拉活佛（vps-pa-lha）系统的称谓，是以印度佛教史上著名的圣天大师的名字命名的。藏文(帕巴拉）是圣天的意译。历代帕巴拉活佛的驻锡地为昌都强巴林寺，现已转世第11世帕巴拉活佛。
嘉木样活佛系统的称谓，是以创建甘肃拉卜楞寺高僧的尊号命名的。因为这位博学的高僧成为第一世嘉木样活佛，其全称在藏文中写作vjas-bzhad-pa(嘉木样协巴），意为文殊，从而不难理解，嘉木样活佛系统是文殊菩萨的化身。现转世至第6世嘉木样活佛，驻锡地为拉卜楞寺。
贡唐活佛（gung-t）系统的称谓，是以贡唐寺的名称命名的。第一世贡唐活佛的晚年是在西藏贡唐寺度过，并在该寺开始成为转世活佛，所以贡唐活佛与贡唐寺有着密不可分的因缘关系；从第二世贡唐活佛开始迎请到拉卜楞寺驻锡，故历代贡唐活佛的驻锡地为拉卜楞寺，而不是西藏的贡唐寺。现已转世至第六世贡唐活佛。
此外，还有其它许多活佛系统，诸如章嘉活佛（章嘉呼图克图）、哲布尊丹巴活佛（哲布尊丹巴呼图克图）、夏茸尕布活佛、热振活佛（热振呼图克图）、多杰札活佛、夏日东活佛、策墨林活佛、第穆活佛（第穆呼图克图）、司徒活佛（八邦寺司徒）、降阳钦则活佛、土观活佛（土观呼图克图）、智合仓活佛、卓仓居巴仓活佛、卓仓曼巴仓活佛、悟嘉活佛、红帽系活佛等等。