刘秀称帝后，封邓禹为大司徒、酂侯。后改封高密侯，进位太傅。永平元年(58年)去世，谥号元侯。
《后汉书》中，邓禹与寇恂同列一传，并评价道：
论曰：夫变通之世，君臣相择，斯最作事谋始之几也。邓公嬴粮徒步，触纷乱而赴光武，可谓识所从会矣。于是中分麾下之军，以临山西之隙，至使关河响动，怀赴如归。功虽不遂，而道亦弘矣！及其威损栒邑，兵散宜阳，褫龙章于终朝，就侯服以卒岁，荣悴交而下无二色，进退用而上无猜情，使君臣之美，后世莫窥其闲，不亦君子之致为乎！
赞曰：元侯渊谟，乃作司徒。明启帝略，肇定秦都。勋成智隐，静其如愚。
(本章完)