三月十五日，吴畏宣布平叛行动结束，国家重归统一。
三月十六日，北疆发生叛乱，组成蒙回独立军，攻击包头、银川等地，试图威胁中原，吴畏命令放开长城防线，诱敌深入，同时急调第三十，第三十二师进入蒙古，第二十师进入回疆平叛。
四月初，第三十一师围歼进入山西的蒙回独立军一部，同时关闭长城防线，但是仍有部分叛军逃回关外。并且裹胁数万民众，骚扰中原。
六月，吴畏调集中原守军三个师，与第二十、三十、三十二师共同打击叛军，但是收效甚微。
十月，吴畏改变策略，在长城防线以北大量修筑水泥碉堡，中间以简易铁路线连接，使用轻型车辆沿铁路线机动，同时迁移牧民入关。放火焚烧草场。并在下一年开始，派遣大量飞行器向草原深处播撒生物制剂。以上措施交替执行两年后，至一九一零以后，蒙回独立军十余万人再无消息，北疆遂定。