对于土、肥二藩德川庆喜被没有过分为难他们，只是将领地缩小为原来的一半，对于其他落井下石的藩国幕府凭借现在强大的军力直接没掉，收回领地。萨摩、长两个祸首也是如此，藩国直接被抹除，以后归幕府直辖，两藩自然不从，但没了英国人的支持加上精锐全部陷在京都，不到半个月两藩就被征服。
至此，日本内战结束，在中华帝国的支持下幕府取得了胜利，明治沦为阶下囚，昔日的三百个藩国只剩下四十个，其中大部分领地都落入幕府手中。
德川庆喜对于中华帝国自然感激非常，他从各藩搜刮的财物分出一半送给刘峰，这批财物价值一千万龙圆，并将近五万的俘虏也一并到中华，这些人将为日本偿还贷款。