东罗马舰队指挥门德斯元帅此刻还不知道负责断后的神圣罗马舰队已经溃不成军。
依然对突围保有一份希望的元帅正竭尽全力抵挡来自空中的魔偶军团的攻击，这时指挥东罗马浮空舰队的纳尔西斯终于有了回覆，但对方却表示派出的浮空舰队因为大雾的关系无法找到地点，现在已经折返了。
就在门德斯无可奈何的时候，忽然听到后方传来一片震耳欲聋的密集爆炸声！元帅大吃一惊，连忙向左右喝道：“后面是怎么一回事，难道敌人已经杀上来了吗？马上派人去查清楚！”
传令兵立即转身而去，没一会儿之后，又脸色苍白地跑回指挥室，颤抖着声音说：“报告元帅，负责断后的神圣罗马舰队已经全军覆没了！阿开俄斯身受重伤陷入昏迷，现在敌军舰队从后方冲了上来，炮火十分猛烈，后面的兄弟们要顶不住了！！”
“什么？！”
元帅听到这个噩耗，只感到眼前忽然一阵发黑，差点晕了过去。他连忙扶着控制台深呼吸了几口，才算勉强恢复清醒。门德斯万万没有料到神圣罗马舰队竟然败得如此之快，现在东罗马舰队被困在狭窄的海峡内动弹不得，后有追兵前有堵截，天上还有无数魔偶狂轰滥炸，这样险恶的局面，简直令人感。 到绝望！
就在这个时候，门德斯终于下定了决心，他抬起头来。恶狠狠地下令道：“告诉那些畏敌如虎的斯拉夫人！东罗马舰队从现在开始攻击一切挡在前面的物体，不管是敌舰还是友舰，只要挡路的一概击沉！！让他们立即向前冲锋或者让开一条路来。否则不要怪我冷血无情！！”
命令传达下去之后，门德斯随即指挥东罗马主力舰队继续前进，同时对着前方进行无差别开火。几艘躲避不及的斯拉夫战舰冷不防被来自后方的友军炮火击中，在一片惨叫声中沉到海里。剩余的斯拉夫战舰没有办法，面对着不是被敌人杀死就是被友军杀死的威胁，他们只好硬着头皮向前冲去。
在海峡出口处严阵以待的伊利里亚海军及人鱼王国的虎鲨部队排列成一个半环形的包围圈，一旦有敌军战舰冒出头来。立即便遭到来自三面的密集炮火打击。而在同时，埃尔伦斯率领的魔偶军团在天空中不停地猛烈攻击，一艘接着一艘的敌舰惨被击沉。虽然如此。已经被逼上绝路的敌军舰队还是前赴后继地不断冲来！
惨烈无比的海战在震耳欲聋的炮火声和惨叫声中一直持续到深夜，萨拉米斯海峡出口处附近被击沉的战舰堆积如山，几乎将整个出口堵死，海面上到处是战舰的残骸和水兵们的尸体。就连海水也被鲜血染红。
东罗马舰队虽然付出了极为惨重的代价。但凭着数量上的优势，他们最终还是冲进了包围圈。随着越来越多的战舰冲了出来，双方犬牙交错地混战在一起拼死厮杀，萨拉米斯海峡内一整个晚上杀声震天，到了清晨时分，东罗马舰队终于从包围圈中杀出一个缺口。
元帅门德斯顾不上疲惫，马上率领残存的战舰仓惶向北逃窜而去，还有大量因受损而行动缓慢的战舰无法逃脱。惨被抛弃在战场上，最后不得不投降。
萨拉米斯海战结束之后。双方海军都是伤亡惨重，暂时丧失了战斗能力，琴之海上难得地恢复了短暂的平静。但奥林匹亚联盟完成了重创敌方海军的既定目标，而东罗马及神圣罗马联军则一无所获。不但如此，负责断后的神圣罗马海军及被迫打头阵的斯拉夫海军几乎全军覆没，顺利逃回去的战舰不足十分之一。至于东罗马舰队，虽然最终摆脱了被全歼的厄运，但成功冲出包围的战舰也只有约三分一，剩余的不是被炸沉就是已经投降了敌人。
即使是那侥幸逃出生天的数十艘战舰，舰体也是受损严重，需要入厂大修才能重返战场。而在惨烈的战中幸存下来，此时仍惊魂未定的海军将士则完全丧失了斗志，当初出战时的十万水兵，只逃回来不足两万人，而且个个带伤，精神极度脆弱。
另一方面，负责堵住萨拉米斯海峡出口的伊利里亚海军在东罗马人的拼死突围下也是全军覆没，就连指挥官阿多尼斯也战死沙场，直到战至最后一人才让敌军突围成功。但伊利里亚海军的杀敌数超过己方伤亡数的三倍，可谓是虽败犹荣。此外，人鱼王国的虎鲨骑士团以及提洛岛的帕耳特农魔偶军团虽然也有近半损失，但仍保有继续作战的能力。而深渊海龙利维坦及黑龙埃尔伦斯因在激战中多次被密集的炮火击中而受伤，需要一段时间休息。至于奥林匹亚联盟海军元帅托勒密所指挥的南方海军舰队则大获全胜，由于他们的任务是攻击敌人的背后，因此损失相对微弱，基本保持了战斗力。
经过萨拉米斯海峡之战后，琴之海的海上力量对比被彻底打破。原本占据极大优势，拥有三百多艘战舰、十多万海军人员的东罗马及神圣罗马联合舰队被彻底击败，只余下数十艘残破战舰以及不足两万士气低落的兵力，只好龟缩回北方占领区的港口内舔伤口，再也无力南下。只能勉力维持着连接安纳托尼亚大陆及巴尔干大陆的马尔马拉内海的巡逻，除此以外原本受其控制的各条海上航道只能拱手相让。
奥林匹亚联盟海军虽然也有约三分一的损失，但主力南方海军仍有约一百艘战舰，经过短时间整编后随即全面出击。获得制海权的南方海军很快控制了琴之海两岸各主要航道及战略