另外，在来到这里赴任的时候，他还带来了近于全部的他的原有部属。这些亲附于藩主的藩臣们，马上就占据了藩内所有的职位。
而旧领主有马直纯的部属们，也就失去了原本的俸禄，并且被排除出了统治阶级之外。他们迫于生活，只能靠种田养活自己的妻子儿女，变成了藩内的农民。不过这些人虽则名为农民，实际上却是熟习武艺的战士，也成为了危险的种子。
在藩内藩民的辛苦血泪当中，新的藩城岛原城总算建好了，从那时候起日野江藩就该名称为了岛原藩。
可是在松仓重政死后，他的儿子、继承了藩主之位的松仓胜家并不以此为满足，他和父亲一样残暴不仁，对这些新农民和其余的农民，一再加重赋税，逼迫农民缴出他们所不可能负担的高额贡米，以便维持自己和藩城的生活，以至于农民只能吃树皮草根以充饥。
为了方便催逼藩民，他以下令，将那些没有缴出钱粮的农民，穿上“蓑衣”受刑。“蓑衣”是用粗草编成的，这种草有着长而阔的叶子，船夫和农民们一般都将蓑衣用作雨衣。
受刑时，蓑衣捆在农民的颈上与身上，另用绳索反绑双手，然后在蓑衣上点起火来。受刑的人，不仅烧伤，且有烧死的；有的人在燃烧时，狂窜乱跳碰地而死，有的人在燃烧时，跳水丧生。这种令人不忍卒睹的惨剧，就被他叫做蓑衣舞，并且很得他的欢心。
可想而知，这样的残酷压迫会引发多少愤慨和不满，藩民们一直忍受着这样的暴政，但是一有机会就会想要反抗，摆脱这样暗无天日的日子。他们觉得与其眼看折磨致死，还不如一下子拼命而死。
农民们生活在死亡边缘，已经沉寂很久的天主教信仰随之再度抬头，秘密信教以逃避残酷现实的百姓越来越多。此事为松仓胜家所查知，就在领内搞了一次大清洗，逮捕了很多教徒，要他们举行“踏绘”的仪式。所谓“踏绘”，是指将刻有耶稣受难像的木牌扔在地上，让怀疑为教徒者用脚去踩，肯乖乖从命的定非天主教徒，或者虽是教徒却有心悔改，否则就将被处以火刑。
在这样的情况下，原本就已经十分激烈的矛盾至于无法控制了，藩内开始出现零星的骚乱，眼看就要演变成战国时代的一揆暴动了。
正当藩内的矛盾已经鼎沸，即将达到要爆发的程度时，大汉的军队也打过来了，在大汉的兵锋面前，福冈藩、久留米藩、小仓藩等等大藩不堪一击，很快就被打得狼狈鼠窜，最后被统统予以消灭，而岛原藩虽然不是大汉的攻击方向，但是藩内也极受震动。
藩主松仓胜家虽然在接到了幕府的命令之后就召集了藩兵到藩城集结，但是他在看到了这些大藩出兵抵御大汉军队，并且一触即溃的下场之后，早已经是心惊胆战，哪里还有再和大汉大战的勇气？
不过因为世代受幕府恩惠、而且情势不明朗的缘故，他也不敢向大汉投降，思前想后，觉得走投无路的他干脆做出了逃亡的决定。在大汉四处进兵，并且把幕府老中内藤忠重包围在久留米藩城内的时候，他带着自己的一群藩臣直接从逃跑，从此不知所踪。
几乎在他从藩内逃离之前，藩中的教民就已经开始举事了，因为藩内的藩臣武士们大量逃亡，再也没有人制止他们，这些藩民很快就占领了几乎整个岛原藩，并且将岛原城当成了自己的据点。
岛原藩的教民起事成功之后，消息很快就传遍了九州的西部和南部，各地的天主教民也纷纷起来响应，很快就变成了席卷一方的熊熊烈火，而当时因为大汉军队还在忙于攻击幕府军队尽快结束战事、其他的藩主也纷纷参觐大汉将军，并且带着自己的藩兵参阵，一时间无人镇压，竟然让这种教民一揆出现了星火燎原的气象。
不过，等到大汉军队打下久留米藩城、老中内藤忠重和藩主有马忠赖自杀殉国之后，大汉和这些亲附于大汉的藩主们，终于可以腾出手来解决这个问题了。
大汉最初并不想要在这种镇压平民暴乱的小规模低烈度战争当中浪费自己的兵力，所以只是下令各藩出兵镇压教民，而各个藩主们为了在大汉面前讨好，也纷纷派兵参阵，南下或者西向镇压。
最初镇压的战事还算顺利，但是很快，在打到了岛原藩境内的时候，镇压军队就遭遇到了激烈的抵抗，最后竟然难以有寸进，战事变得胶着了起来。
虽然这些暴乱的天主教民当中有些是旧日岛原藩的武士，但是经过了多年的平民生活后他们的军事技能早已经退化，再加上这些教民的武器装别也十分低劣，大部分人甚至只能用锄头、锹镐来抵御敌人，可就是这样也还是抵抗住了各藩联军的进攻。
这一来是因为这些教民早已经受够了残酷的信仰和阶级压迫，导致他们心中仇恨很深，士气高昂，甚至有些人是杀了自己家人之后再起来暴乱的，早已经存了死意；二来是因为各藩藩军在几十年的承平之后早已经战力退化，更无死战之心；三来是因为各藩藩军谁也不服谁，难以做到有效的统御指挥，都只想着保存自家的实力